Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0064_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0064_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0064_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0064_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AACTTAGTCCTCAGCT-P0064_1, CAATGTGGTTAGACCA-P0064_1, TACTAAGTCCTCAGTC-P0064_1, CCTATATTCATTGTTC-P0064_1, TTTGTCTAGTTAGTGC-P0064_1 (top 5 of 4546 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
281,059,181
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 281059181
chr1 22085409
chr2 19007685
chr3 14599535
chr4 15805281
chr5 21306403
chr6 14435591
chr7 17749803
chr8 11549879
chr9 14158531
chr10 15040671
chr11 14617909
chr12 14278246
chr13 11117013
chr14 10857964
chr15 10744744
chr16 8807547
chr17 6648692
chr18 5324709
chr19 5792869
chr20 5271306
chr21 4242446
chr22 9885269
chrUn_NW_026528016v1 37
chrUn_NW_026528017v1 120
chrUn_NW_026528021v1 1146
chrUn_NW_026528026v1 712
chrUn_NW_026528029v1 793
chrUn_NW_026528038v1 816
chrUn_NW_026528039v1 994
chrUn_NW_026528065v1 352
chrUn_NW_026528075v1 237
chrUn_NW_026528103v1 62
chrUn_NW_026528123v1 8
chrUn_NW_026528125v1 112
chrUn_NW_026528140v1 757
chrUn_NW_026528210v1 236
chrUn_NW_026528215v1 270
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 18
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 7
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 87
chrUn_NW_026528226v1 116
chrUn_NW_026528228v1 257
chrUn_NW_026528230v1 282
chrUn_NW_026528232v1 3959
chrUn_NW_026528259v1 11
chrUn_NW_026528278v1 727
chrUn_NW_026528285v1 66
chrUn_NW_026528292v1 24
chrUn_NW_026528295v1 375
chrUn_NW_026528296v1 16594
chrUn_NW_026528310v1 157
chrUn_NW_026528320v1 34
chrUn_NW_026528327v1 36
chrUn_NW_026528332v1 36
chrUn_NW_026528335v1 16
chrUn_NW_026528338v1 60
chrUn_NW_026528339v1 45
chrUn_NW_026528345v1 52
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 25
chrUn_NW_026528353v1 54
chrUn_NW_026528356v1 22
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 286
chrUn_NW_026528370v1 217
chrUn_NW_026528371v1 1873
chrUn_NW_026528372v1 341
chrUn_NW_026528373v1 1037
chrUn_NW_026528378v1 8
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 27
chrUn_NW_026528385v1 34
chrUn_NW_026528390v1 27
chrUn_NW_026528393v1 11
chrUn_NW_026528396v1 7
chrUn_NW_026528397v1 25
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 12
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 11
chrUn_NW_026528409v1 15
chrUn_NW_026528412v1 21
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 73
chrUn_NW_026528431v1 399
chrUn_NW_026528432v1 642
chrUn_NW_026528433v1 5363
chrUn_NW_026528440v1 8
chrUn_NW_026528480v1 772
chrUn_NW_026528558v1 2432
chrUn_NW_026528559v1 72
chrUn_NW_026528561v1 7
chrUn_NW_026528588v1 12
chrUn_NW_026528589v1 29
chrUn_NW_026528590v1 1653
chrUn_NW_026528596v1 4742
chrUn_NW_026528609v1 30
chrUn_NW_026528611v1 16
chrUn_NW_026528615v1 18
chrUn_NW_026528621v1 508
chrUn_NW_026528631v1 206
chrUn_NW_026528634v1 291
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 24
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 36
chrUn_NW_026528668v1 28
chrUn_NW_026528677v1 25
chrUn_NW_026528708v1 16
chrUn_NW_026528719v1 839
chrUn_NW_026528737v1 32
chrUn_NW_026528739v1 4
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 15
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528750v1 21
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 16
chrUn_NW_026528755v1 149
chrUn_NW_026528772v1 11
chrUn_NW_026528775v1 7
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 15
chrUn_NW_026528786v1 17
chrUn_NW_026528788v1 14
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 188
chrUn_NW_026528795v1 134
chrUn_NW_026528796v1 483
chrUn_NW_026528797v1 5787
chrUn_NW_026528798v1 1976
chrUn_NW_026528799v1 585
chrUn_NW_026528880v1 36
chrUn_NW_026528882v1 12
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 17
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 80
chrUn_NW_026528888v1 23
chrUn_NW_026528889v1 11
chrUn_NW_026528891v1 66
chrUn_NW_026528893v1 14
chrUn_NW_026528894v1 615
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 22
chrUn_NW_026528900v1 176
chrUn_NW_026528902v1 191
chrUn_NW_026528903v1 1163
chrUn_NW_026528917v1 377
chrUn_NW_026528926v1 156
chrUn_NW_026528928v1 1370
chrUn_NW_026528937v1 62
chrUn_NW_026528938v1 5
chrUn_NW_026528950v1 28
chrUn_NW_026528952v1 21
chrUn_NW_026528957v1 1172
chrUn_NW_026528960v1 852
chrUn_NW_026528975v1 252
chrUn_NW_026528984v1 66
chrUn_NW_026528985v1 11
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 195
chrUn_NW_026528989v1 14
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 45
chrUn_NW_026529007v1 784
chrUn_NW_026529008v1 5056
chrUn_NW_026529013v1 104
chrUn_NW_026529015v1 170
chrUn_NW_026529016v1 1716
chrUn_NW_026529060v1 2933
chrUn_NW_026529081v1 231
chrUn_NW_026529085v1 825
chrX 7591102
chrX_NW_026527892v1_random 652
chrX_NW_026527894v1_random 1167
chrX_NW_026527897v1_random 351
chrY 32322
chrY_NW_026527906v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 34
chrY_NW_026527913v1_random 79
chrY_NW_026527914v1_random 933
chrY_NW_026527915v1_random 5
chrY_NW_026527919v1_random 31
chrY_NW_026527927v1_random 8
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 8
chrY_NW_026527938v1_random 812
chrY_NW_026527939v1_random 62
chrY_NW_026527942v1_random 10
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 3238
chrY_NW_026527950v1_random 1228
chrY_NW_026527951v1_random 127
chrY_NW_026527955v1_random 98
chrY_NW_026527956v1_random 2788
chrY_NW_026527958v1_random 1289
chrY_NW_026527960v1_random 86
chrY_NW_026527961v1_random 270
chrY_NW_026527966v1_random 12348
chrY_NW_026527967v1_random 254
chrY_NW_026527968v1_random 1861
chrY_NW_026527969v1_random 10
chrY_NW_026527980v1_random 137

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 281059181 1 5039 139 111
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0064_1.gz 2.59 GB bb508806a9db7c50ec1d213d69ea3811
P0064_1.gz.tbi 1.17 MB 1028af4bf5425ce73809da41b892ed14
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 2f74480068263591a99be089b3961c79
statistics/