Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0064_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0064_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0064_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0064_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGTTATGGTACCTTAC-P0064_2, AATTGACGTCCTAAGA-P0064_2, CGCTAACCATATAACC-P0064_2, CAATATGTCGCTAAGT-P0064_2, AATGTCATCTTAGGGT-P0064_2 (top 5 of 2268 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
180,469,827
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 180469827
chr1 14163119
chr2 12098639
chr3 9395495
chr4 10175489
chr5 13653239
chr6 9349136
chr7 11336605
chr8 7543128
chr9 9057482
chr10 9672599
chr11 9401990
chr12 9205763
chr13 7163905
chr14 6997313
chr15 6835802
chr16 5642334
chr17 4299400
chr18 3413866
chr19 3713551
chr20 3381517
chr21 2702192
chr22 6252963
chrUn_NW_026528016v1 24
chrUn_NW_026528017v1 54
chrUn_NW_026528021v1 691
chrUn_NW_026528026v1 482
chrUn_NW_026528029v1 488
chrUn_NW_026528038v1 492
chrUn_NW_026528039v1 653
chrUn_NW_026528065v1 209
chrUn_NW_026528075v1 182
chrUn_NW_026528103v1 49
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 105
chrUn_NW_026528140v1 508
chrUn_NW_026528210v1 126
chrUn_NW_026528215v1 212
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 10
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 44
chrUn_NW_026528226v1 77
chrUn_NW_026528228v1 176
chrUn_NW_026528230v1 178
chrUn_NW_026528232v1 2486
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 478
chrUn_NW_026528285v1 45
chrUn_NW_026528292v1 23
chrUn_NW_026528295v1 308
chrUn_NW_026528296v1 10599
chrUn_NW_026528310v1 101
chrUn_NW_026528320v1 23
chrUn_NW_026528327v1 24
chrUn_NW_026528332v1 15
chrUn_NW_026528335v1 6
chrUn_NW_026528338v1 31
chrUn_NW_026528339v1 21
chrUn_NW_026528345v1 23
chrUn_NW_026528347v1 9
chrUn_NW_026528350v1 16
chrUn_NW_026528353v1 32
chrUn_NW_026528356v1 17
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 179
chrUn_NW_026528370v1 187
chrUn_NW_026528371v1 1080
chrUn_NW_026528372v1 210
chrUn_NW_026528373v1 735
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 6
chrUn_NW_026528384v1 8
chrUn_NW_026528385v1 28
chrUn_NW_026528390v1 19
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 16
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 11
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 6
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 49
chrUn_NW_026528431v1 278
chrUn_NW_026528432v1 445
chrUn_NW_026528433v1 3353
chrUn_NW_026528440v1 8
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 431
chrUn_NW_026528558v1 1688
chrUn_NW_026528559v1 67
chrUn_NW_026528561v1 3
chrUn_NW_026528588v1 8
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 1150
chrUn_NW_026528596v1 3154
chrUn_NW_026528609v1 26
chrUn_NW_026528611v1 10
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 263
chrUn_NW_026528631v1 119
chrUn_NW_026528634v1 221
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 15
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 4
chrUn_NW_026528661v1 23
chrUn_NW_026528668v1 16
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 11
chrUn_NW_026528708v1 12
chrUn_NW_026528719v1 576
chrUn_NW_026528737v1 19
chrUn_NW_026528739v1 3
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528754v1 10
chrUn_NW_026528755v1 103
chrUn_NW_026528772v1 14
chrUn_NW_026528775v1 9
chrUn_NW_026528777v1 5
chrUn_NW_026528784v1 4
chrUn_NW_026528785v1 13
chrUn_NW_026528786v1 13
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 132
chrUn_NW_026528795v1 83
chrUn_NW_026528796v1 307
chrUn_NW_026528797v1 4086
chrUn_NW_026528798v1 1280
chrUn_NW_026528799v1 400
chrUn_NW_026528880v1 25
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 7
chrUn_NW_026528887v1 55
chrUn_NW_026528888v1 17
chrUn_NW_026528889v1 14
chrUn_NW_026528891v1 41
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 385
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 7
chrUn_NW_026528900v1 111
chrUn_NW_026528902v1 138
chrUn_NW_026528903v1 759
chrUn_NW_026528917v1 289
chrUn_NW_026528926v1 93
chrUn_NW_026528928v1 978
chrUn_NW_026528937v1 50
chrUn_NW_026528938v1 2
chrUn_NW_026528950v1 14
chrUn_NW_026528952v1 14
chrUn_NW_026528957v1 863
chrUn_NW_026528960v1 528
chrUn_NW_026528975v1 252
chrUn_NW_026528984v1 25
chrUn_NW_026528985v1 7
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 128
chrUn_NW_026528989v1 16
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 38
chrUn_NW_026529007v1 480
chrUn_NW_026529008v1 2997
chrUn_NW_026529013v1 72
chrUn_NW_026529015v1 126
chrUn_NW_026529016v1 1175
chrUn_NW_026529060v1 1757
chrUn_NW_026529081v1 179
chrUn_NW_026529085v1 487
chrX 4922662
chrX_NW_026527892v1_random 441
chrX_NW_026527894v1_random 802
chrX_NW_026527897v1_random 239
chrY 20413
chrY_NW_026527911v1_random 28
chrY_NW_026527913v1_random 46
chrY_NW_026527914v1_random 645
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527919v1_random 25
chrY_NW_026527927v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 10
chrY_NW_026527938v1_random 548
chrY_NW_026527939v1_random 43
chrY_NW_026527942v1_random 6
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 1974
chrY_NW_026527950v1_random 818
chrY_NW_026527951v1_random 99
chrY_NW_026527955v1_random 44
chrY_NW_026527956v1_random 1859
chrY_NW_026527958v1_random 996
chrY_NW_026527960v1_random 63
chrY_NW_026527961v1_random 177
chrY_NW_026527966v1_random 8705
chrY_NW_026527967v1_random 153
chrY_NW_026527968v1_random 1174
chrY_NW_026527969v1_random 12
chrY_NW_026527980v1_random 75

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 180469827 1 5039 156.3 138
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0064_2.h5ad.gz 1.64 GB 3b14320453a5bf1774baa2075f9aa8ce
P0064_2.h5ad.gz.tbi 947.55 KB 8985f683c7fc4271701d871d76cf0f19
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 08f4d6a39ddcce8104808fcd31f45a5e
statistics/