Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0064_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0064_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0064_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0064_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGTTATGGTACCTTAC-P0064_2, AATTGACGTCCTAAGA-P0064_2, GAGGGAGCACTAAGTT-P0064_2, CGCTAACCATATAACC-P0064_2, CAATATGTCGCTAAGT-P0064_2 (top 5 of 2326 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
185,531,261
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 185531261
chr1 14565735
chr2 12439306
chr3 9653211
chr4 10480855
chr5 14029000
chr6 9623526
chr7 11650018
chr8 7753627
chr9 9313282
chr10 9938026
chr11 9658307
chr12 9460041
chr13 7366079
chr14 7189007
chr15 7030398
chr16 5808230
chr17 4417786
chr18 3505138
chr19 3821171
chr20 3468810
chr21 2778647
chr22 6419757
chrUn_NW_026528016v1 25
chrUn_NW_026528017v1 57
chrUn_NW_026528021v1 723
chrUn_NW_026528026v1 523
chrUn_NW_026528029v1 505
chrUn_NW_026528038v1 506
chrUn_NW_026528039v1 666
chrUn_NW_026528065v1 211
chrUn_NW_026528075v1 192
chrUn_NW_026528103v1 51
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 107
chrUn_NW_026528140v1 529
chrUn_NW_026528210v1 130
chrUn_NW_026528215v1 218
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 10
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 47
chrUn_NW_026528226v1 85
chrUn_NW_026528228v1 186
chrUn_NW_026528230v1 185
chrUn_NW_026528232v1 2522
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 492
chrUn_NW_026528285v1 46
chrUn_NW_026528292v1 23
chrUn_NW_026528295v1 317
chrUn_NW_026528296v1 10863
chrUn_NW_026528310v1 109
chrUn_NW_026528320v1 24
chrUn_NW_026528327v1 24
chrUn_NW_026528332v1 16
chrUn_NW_026528335v1 6
chrUn_NW_026528338v1 31
chrUn_NW_026528339v1 22
chrUn_NW_026528345v1 23
chrUn_NW_026528347v1 11
chrUn_NW_026528350v1 16
chrUn_NW_026528353v1 35
chrUn_NW_026528356v1 18
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 189
chrUn_NW_026528370v1 189
chrUn_NW_026528371v1 1110
chrUn_NW_026528372v1 218
chrUn_NW_026528373v1 754
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 5
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 6
chrUn_NW_026528384v1 8
chrUn_NW_026528385v1 29
chrUn_NW_026528390v1 19
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 16
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 8
chrUn_NW_026528412v1 11
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 6
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 51
chrUn_NW_026528431v1 293
chrUn_NW_026528432v1 469
chrUn_NW_026528433v1 3431
chrUn_NW_026528440v1 8
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 452
chrUn_NW_026528558v1 1760
chrUn_NW_026528559v1 73
chrUn_NW_026528561v1 3
chrUn_NW_026528588v1 8
chrUn_NW_026528589v1 27
chrUn_NW_026528590v1 1188
chrUn_NW_026528596v1 3256
chrUn_NW_026528609v1 28
chrUn_NW_026528611v1 10
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 267
chrUn_NW_026528631v1 123
chrUn_NW_026528634v1 227
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 15
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 4
chrUn_NW_026528661v1 23
chrUn_NW_026528668v1 16
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 11
chrUn_NW_026528708v1 14
chrUn_NW_026528719v1 594
chrUn_NW_026528737v1 19
chrUn_NW_026528739v1 3
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 107
chrUn_NW_026528772v1 14
chrUn_NW_026528775v1 9
chrUn_NW_026528777v1 5
chrUn_NW_026528784v1 4
chrUn_NW_026528785v1 14
chrUn_NW_026528786v1 13
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 136
chrUn_NW_026528795v1 87
chrUn_NW_026528796v1 326
chrUn_NW_026528797v1 4243
chrUn_NW_026528798v1 1300
chrUn_NW_026528799v1 404
chrUn_NW_026528880v1 25
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 7
chrUn_NW_026528887v1 55
chrUn_NW_026528888v1 18
chrUn_NW_026528889v1 15
chrUn_NW_026528891v1 44
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 401
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 7
chrUn_NW_026528900v1 115
chrUn_NW_026528902v1 144
chrUn_NW_026528903v1 786
chrUn_NW_026528917v1 301
chrUn_NW_026528926v1 100
chrUn_NW_026528928v1 1036
chrUn_NW_026528937v1 53
chrUn_NW_026528938v1 2
chrUn_NW_026528950v1 15
chrUn_NW_026528952v1 14
chrUn_NW_026528957v1 894
chrUn_NW_026528960v1 533
chrUn_NW_026528975v1 265
chrUn_NW_026528984v1 26
chrUn_NW_026528985v1 7
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 133
chrUn_NW_026528989v1 16
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 41
chrUn_NW_026529007v1 501
chrUn_NW_026529008v1 3112
chrUn_NW_026529013v1 74
chrUn_NW_026529015v1 131
chrUn_NW_026529016v1 1223
chrUn_NW_026529060v1 1821
chrUn_NW_026529081v1 189
chrUn_NW_026529085v1 510
chrX 5066588
chrX_NW_026527892v1_random 450
chrX_NW_026527894v1_random 820
chrX_NW_026527897v1_random 249
chrY 21160
chrY_NW_026527911v1_random 29
chrY_NW_026527913v1_random 46
chrY_NW_026527914v1_random 672
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527919v1_random 26
chrY_NW_026527927v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 10
chrY_NW_026527938v1_random 564
chrY_NW_026527939v1_random 46
chrY_NW_026527942v1_random 6
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 2028
chrY_NW_026527950v1_random 861
chrY_NW_026527951v1_random 105
chrY_NW_026527955v1_random 48
chrY_NW_026527956v1_random 1916
chrY_NW_026527958v1_random 1031
chrY_NW_026527960v1_random 66
chrY_NW_026527961v1_random 182
chrY_NW_026527966v1_random 8961
chrY_NW_026527967v1_random 161
chrY_NW_026527968v1_random 1235
chrY_NW_026527969v1_random 12
chrY_NW_026527980v1_random 78

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 185531261 1 5039 156.45 138
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0064_2.gz 1.68 GB 974dcd14e9e555ca90a5ac5959fd741c
P0064_2.gz.tbi 963.0 KB ff5a0db5ab7db969589538e24ba638e4
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB ad9efd5f3d81971559c8af9f5f728508
statistics/