Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0065_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0065_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0065_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0065_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AGTCAGGCAAGCGAGC-P0065_1, AAGCTAGAGCTATGAC-P0065_1, TATGAAGCAGAGAGCC-P0065_1, TGATGACTCGGTCAGC-P0065_1, TGTATCGCAAAGGTAC-P0065_1 (top 5 of 2686 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
138,773,002
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 138773002
chr1 11018653
chr2 9211819
chr3 7052442
chr4 7709313
chr5 10770183
chr6 7199025
chr7 8846645
chr8 5586564
chr9 6820150
chr10 7391608
chr11 7278212
chr12 7055033
chr13 5310736
chr14 5369843
chr15 5312674
chr16 4261759
chr17 3294225
chr18 2613429
chr19 2864436
chr20 2696489
chr21 2091588
chr22 5162407
chrUn_NW_026528016v1 27
chrUn_NW_026528017v1 109
chrUn_NW_026528021v1 598
chrUn_NW_026528026v1 491
chrUn_NW_026528029v1 452
chrUn_NW_026528038v1 265
chrUn_NW_026528039v1 510
chrUn_NW_026528065v1 247
chrUn_NW_026528075v1 188
chrUn_NW_026528103v1 34
chrUn_NW_026528123v1 5
chrUn_NW_026528125v1 89
chrUn_NW_026528140v1 508
chrUn_NW_026528210v1 151
chrUn_NW_026528215v1 168
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 11
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 9
chrUn_NW_026528225v1 52
chrUn_NW_026528226v1 115
chrUn_NW_026528228v1 158
chrUn_NW_026528230v1 235
chrUn_NW_026528232v1 1263
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 418
chrUn_NW_026528285v1 26
chrUn_NW_026528292v1 16
chrUn_NW_026528295v1 220
chrUn_NW_026528296v1 8652
chrUn_NW_026528310v1 127
chrUn_NW_026528320v1 22
chrUn_NW_026528327v1 11
chrUn_NW_026528332v1 23
chrUn_NW_026528335v1 11
chrUn_NW_026528338v1 55
chrUn_NW_026528339v1 33
chrUn_NW_026528345v1 30
chrUn_NW_026528347v1 12
chrUn_NW_026528350v1 25
chrUn_NW_026528353v1 38
chrUn_NW_026528356v1 17
chrUn_NW_026528358v1 6
chrUn_NW_026528363v1 242
chrUn_NW_026528370v1 138
chrUn_NW_026528371v1 607
chrUn_NW_026528372v1 206
chrUn_NW_026528373v1 702
chrUn_NW_026528378v1 9
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528382v1 6
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 40
chrUn_NW_026528390v1 16
chrUn_NW_026528393v1 13
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 16
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 10
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 13
chrUn_NW_026528412v1 13
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 54
chrUn_NW_026528431v1 293
chrUn_NW_026528432v1 604
chrUn_NW_026528433v1 4245
chrUn_NW_026528440v1 7
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 585
chrUn_NW_026528558v1 1630
chrUn_NW_026528559v1 61
chrUn_NW_026528561v1 5
chrUn_NW_026528588v1 11
chrUn_NW_026528589v1 13
chrUn_NW_026528590v1 1143
chrUn_NW_026528596v1 2568
chrUn_NW_026528609v1 26
chrUn_NW_026528611v1 16
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 206
chrUn_NW_026528631v1 63
chrUn_NW_026528634v1 250
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 22
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 14
chrUn_NW_026528668v1 27
chrUn_NW_026528677v1 11
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 507
chrUn_NW_026528737v1 28
chrUn_NW_026528739v1 5
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 14
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528750v1 13
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 114
chrUn_NW_026528772v1 7
chrUn_NW_026528775v1 12
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 18
chrUn_NW_026528788v1 9
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 133
chrUn_NW_026528795v1 95
chrUn_NW_026528796v1 287
chrUn_NW_026528797v1 3540
chrUn_NW_026528798v1 875
chrUn_NW_026528799v1 181
chrUn_NW_026528880v1 17
chrUn_NW_026528882v1 13
chrUn_NW_026528884v1 10
chrUn_NW_026528885v1 10
chrUn_NW_026528887v1 57
chrUn_NW_026528888v1 21
chrUn_NW_026528889v1 20
chrUn_NW_026528891v1 39
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 496
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 15
chrUn_NW_026528900v1 104
chrUn_NW_026528902v1 148
chrUn_NW_026528903v1 766
chrUn_NW_026528917v1 219
chrUn_NW_026528926v1 99
chrUn_NW_026528928v1 874
chrUn_NW_026528937v1 39
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 19
chrUn_NW_026528952v1 20
chrUn_NW_026528957v1 754
chrUn_NW_026528960v1 241
chrUn_NW_026528975v1 213
chrUn_NW_026528984v1 32
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 120
chrUn_NW_026528989v1 8
chrUn_NW_026528992v1 1
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 36
chrUn_NW_026529007v1 370
chrUn_NW_026529008v1 3358
chrUn_NW_026529013v1 81
chrUn_NW_026529015v1 110
chrUn_NW_026529016v1 1132
chrUn_NW_026529060v1 1345
chrUn_NW_026529081v1 203
chrUn_NW_026529085v1 454
chrX 3753993
chrX_NW_026527892v1_random 374
chrX_NW_026527894v1_random 647
chrX_NW_026527897v1_random 188
chrY 17386
chrY_NW_026527911v1_random 17
chrY_NW_026527913v1_random 39
chrY_NW_026527914v1_random 585
chrY_NW_026527915v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 16
chrY_NW_026527927v1_random 5
chrY_NW_026527932v1_random 3
chrY_NW_026527938v1_random 552
chrY_NW_026527939v1_random 22
chrY_NW_026527942v1_random 3
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 1592
chrY_NW_026527950v1_random 951
chrY_NW_026527951v1_random 128
chrY_NW_026527955v1_random 89
chrY_NW_026527956v1_random 7235
chrY_NW_026527958v1_random 3495
chrY_NW_026527960v1_random 78
chrY_NW_026527961v1_random 266
chrY_NW_026527966v1_random 19900
chrY_NW_026527967v1_random 138
chrY_NW_026527968v1_random 1211
chrY_NW_026527969v1_random 11
chrY_NW_026527980v1_random 80

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 138773002 1 5035 136.13 103
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0065_1.h5ad.gz 1.28 GB be86fa0bdc7bb4cb8eb4f890a81977f5
P0065_1.h5ad.gz.tbi 853.62 KB 870c71d1a7d432e4bd0b7fb15ebf073b
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 51ee983f6b3339da88018428102fb1bf
statistics/