Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0065_1content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0065_1
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0065_1 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0065_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			AGTCAGGCAAGCGAGC-P0065_1, AAGCTAGAGCTATGAC-P0065_1, TTAGGCTAGGTTTGAC-P0065_1, CCTCCTGAGGTCAAAG-P0065_1, TATGAAGCAGAGAGCC-P0065_1 (top 5 of 3877 values)
count	int	count			[1, 1]	n 246,803,200 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	246803200
chr1	19694779
chr2	16554939
chr3	12615307
chr4	13664833
chr5	19197316
chr6	12966165
chr7	15657029
chr8	10104530
chr9	12123073
chr10	13151337
chr11	12840740
chr12	12516638
chr13	9544653
chr14	9624661
chr15	9494655
chr16	7601918
chr17	5818184
chr18	4576829
chr19	5065657
chr20	4814282
chr21	3777259
chr22	8565643
chrUn_NW_026528016v1	38
chrUn_NW_026528017v1	164
chrUn_NW_026528021v1	1130
chrUn_NW_026528026v1	779
chrUn_NW_026528029v1	727
chrUn_NW_026528038v1	592
chrUn_NW_026528039v1	919
chrUn_NW_026528065v1	356
chrUn_NW_026528075v1	264
chrUn_NW_026528103v1	52
chrUn_NW_026528123v1	9
chrUn_NW_026528125v1	140
chrUn_NW_026528140v1	1015
chrUn_NW_026528210v1	217
chrUn_NW_026528215v1	267
chrUn_NW_026528217v1	4
chrUn_NW_026528218v1	11
chrUn_NW_026528219v1	17
chrUn_NW_026528220v1	4
chrUn_NW_026528221v1	2
chrUn_NW_026528222v1	4
chrUn_NW_026528224v1	17
chrUn_NW_026528225v1	106
chrUn_NW_026528226v1	152
chrUn_NW_026528228v1	251
chrUn_NW_026528230v1	417
chrUn_NW_026528232v1	2055
chrUn_NW_026528259v1	5
chrUn_NW_026528278v1	712
chrUn_NW_026528285v1	60
chrUn_NW_026528292v1	29
chrUn_NW_026528295v1	335
chrUn_NW_026528296v1	15616
chrUn_NW_026528310v1	192
chrUn_NW_026528320v1	33
chrUn_NW_026528327v1	19
chrUn_NW_026528332v1	40
chrUn_NW_026528335v1	18
chrUn_NW_026528338v1	81
chrUn_NW_026528339v1	56
chrUn_NW_026528345v1	60
chrUn_NW_026528347v1	18
chrUn_NW_026528350v1	39
chrUn_NW_026528353v1	58
chrUn_NW_026528356v1	31
chrUn_NW_026528358v1	8
chrUn_NW_026528360v1	2
chrUn_NW_026528363v1	370
chrUn_NW_026528370v1	212
chrUn_NW_026528371v1	1096
chrUn_NW_026528372v1	453
chrUn_NW_026528373v1	1499
chrUn_NW_026528378v1	12
chrUn_NW_026528380v1	8
chrUn_NW_026528382v1	11
chrUn_NW_026528384v1	22
chrUn_NW_026528385v1	68
chrUn_NW_026528390v1	24
chrUn_NW_026528393v1	21
chrUn_NW_026528396v1	5
chrUn_NW_026528397v1	29
chrUn_NW_026528402v1	7
chrUn_NW_026528403v1	15
chrUn_NW_026528408v1	7
chrUn_NW_026528409v1	18
chrUn_NW_026528412v1	20
chrUn_NW_026528413v1	6
chrUn_NW_026528416v1	7
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	96
chrUn_NW_026528431v1	429
chrUn_NW_026528432v1	937
chrUn_NW_026528433v1	6485
chrUn_NW_026528440v1	8
chrUn_NW_026528471v1	2
chrUn_NW_026528480v1	902
chrUn_NW_026528558v1	2441
chrUn_NW_026528559v1	106
chrUn_NW_026528561v1	7
chrUn_NW_026528588v1	21
chrUn_NW_026528589v1	19
chrUn_NW_026528590v1	1769
chrUn_NW_026528596v1	4095
chrUn_NW_026528609v1	40
chrUn_NW_026528611v1	30
chrUn_NW_026528615v1	25
chrUn_NW_026528621v1	404
chrUn_NW_026528631v1	116
chrUn_NW_026528634v1	393
chrUn_NW_026528635v1	7
chrUn_NW_026528644v1	10
chrUn_NW_026528650v1	32
chrUn_NW_026528656v1	5
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	23
chrUn_NW_026528668v1	36
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	26
chrUn_NW_026528708v1	10
chrUn_NW_026528719v1	797
chrUn_NW_026528737v1	43
chrUn_NW_026528739v1	6
chrUn_NW_026528740v1	2
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	19
chrUn_NW_026528748v1	8
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	22
chrUn_NW_026528754v1	21
chrUn_NW_026528755v1	175
chrUn_NW_026528772v1	22
chrUn_NW_026528775v1	17
chrUn_NW_026528777v1	4
chrUn_NW_026528784v1	20
chrUn_NW_026528785v1	15
chrUn_NW_026528786v1	26
chrUn_NW_026528788v1	13
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528792v1	2
chrUn_NW_026528793v1	216
chrUn_NW_026528795v1	187
chrUn_NW_026528796v1	510
chrUn_NW_026528797v1	6665
chrUn_NW_026528798v1	1599
chrUn_NW_026528799v1	330
chrUn_NW_026528880v1	34
chrUn_NW_026528882v1	26
chrUn_NW_026528883v1	2
chrUn_NW_026528884v1	12
chrUn_NW_026528885v1	14
chrUn_NW_026528887v1	102
chrUn_NW_026528888v1	34
chrUn_NW_026528889v1	35
chrUn_NW_026528891v1	69
chrUn_NW_026528893v1	15
chrUn_NW_026528894v1	781
chrUn_NW_026528896v1	4
chrUn_NW_026528899v1	21
chrUn_NW_026528900v1	212
chrUn_NW_026528902v1	259
chrUn_NW_026528903v1	1764
chrUn_NW_026528917v1	377
chrUn_NW_026528926v1	149
chrUn_NW_026528928v1	1422
chrUn_NW_026528937v1	71
chrUn_NW_026528938v1	9
chrUn_NW_026528950v1	25
chrUn_NW_026528952v1	25
chrUn_NW_026528957v1	1188
chrUn_NW_026528960v1	410
chrUn_NW_026528975v1	316
chrUn_NW_026528984v1	57
chrUn_NW_026528985v1	11
chrUn_NW_026528986v1	3
chrUn_NW_026528987v1	12
chrUn_NW_026528988v1	185
chrUn_NW_026528989v1	19
chrUn_NW_026528992v1	3
chrUn_NW_026528994v1	3
chrUn_NW_026528995v1	2
chrUn_NW_026528996v1	53
chrUn_NW_026529007v1	603
chrUn_NW_026529008v1	6203
chrUn_NW_026529013v1	117
chrUn_NW_026529015v1	167
chrUn_NW_026529016v1	1713
chrUn_NW_026529060v1	2408
chrUn_NW_026529081v1	329
chrUn_NW_026529085v1	744
chrX	6670033
chrX_NW_026527892v1_random	683
chrX_NW_026527894v1_random	1224
chrX_NW_026527897v1_random	337
chrY	32121
chrY_NW_026527911v1_random	32
chrY_NW_026527913v1_random	129
chrY_NW_026527914v1_random	998
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	41
chrY_NW_026527927v1_random	10
chrY_NW_026527932v1_random	9
chrY_NW_026527938v1_random	846
chrY_NW_026527939v1_random	38
chrY_NW_026527942v1_random	6
chrY_NW_026527948v1_random	2
chrY_NW_026527949v1_random	2861
chrY_NW_026527950v1_random	1547
chrY_NW_026527951v1_random	193
chrY_NW_026527955v1_random	135
chrY_NW_026527956v1_random	8467
chrY_NW_026527958v1_random	3997
chrY_NW_026527960v1_random	117
chrY_NW_026527961v1_random	432
chrY_NW_026527966v1_random	25597
chrY_NW_026527967v1_random	257
chrY_NW_026527968v1_random	2280
chrY_NW_026527969v1_random	23
chrY_NW_026527980v1_random	118

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	246803200	1	5039	139.64	110

Files

Filename	Size	md5
P0065_1.gz	2.27 GB	2a88f988d8b175c878bf3f7b11a0d9c4
P0065_1.gz.tbi	1.11 MB	103834091fb90fecda2c1be2d0d5d89d
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	bf750e01676e897c331330cc18410b53
statistics/