Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0065_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0065_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0065_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0065_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATCTATGAGGAGGCAT-P0065_2, AGTGGACAGGCCTTAG-P0065_2, TCGATTAAGGCTACTG-P0065_2, ATTACCGCACAAACTT-P0065_2, AAGCGAATCAACAAGG-P0065_2 (top 5 of 3959 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
247,007,632
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 247007632
chr1 19724442
chr2 16416540
chr3 12537709
chr4 13564639
chr5 19643789
chr6 12938012
chr7 15793250
chr8 9837890
chr9 11975052
chr10 13152667
chr11 13057540
chr12 12649338
chr13 9521539
chr14 9475327
chr15 9592325
chr16 7531939
chr17 5691863
chr18 4596379
chr19 5071034
chr20 4879211
chr21 3720192
chr22 8823355
chrUn_NW_026528016v1 37
chrUn_NW_026528017v1 143
chrUn_NW_026528021v1 996
chrUn_NW_026528026v1 811
chrUn_NW_026528029v1 785
chrUn_NW_026528038v1 644
chrUn_NW_026528039v1 781
chrUn_NW_026528065v1 413
chrUn_NW_026528075v1 256
chrUn_NW_026528103v1 69
chrUn_NW_026528123v1 7
chrUn_NW_026528125v1 125
chrUn_NW_026528140v1 987
chrUn_NW_026528210v1 178
chrUn_NW_026528215v1 219
chrUn_NW_026528217v1 5
chrUn_NW_026528218v1 12
chrUn_NW_026528219v1 16
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 11
chrUn_NW_026528225v1 100
chrUn_NW_026528226v1 127
chrUn_NW_026528228v1 255
chrUn_NW_026528230v1 393
chrUn_NW_026528232v1 1943
chrUn_NW_026528259v1 7
chrUn_NW_026528278v1 769
chrUn_NW_026528285v1 70
chrUn_NW_026528292v1 22
chrUn_NW_026528295v1 321
chrUn_NW_026528296v1 16319
chrUn_NW_026528310v1 212
chrUn_NW_026528320v1 24
chrUn_NW_026528327v1 35
chrUn_NW_026528332v1 35
chrUn_NW_026528335v1 16
chrUn_NW_026528338v1 65
chrUn_NW_026528339v1 54
chrUn_NW_026528345v1 53
chrUn_NW_026528347v1 12
chrUn_NW_026528350v1 38
chrUn_NW_026528353v1 39
chrUn_NW_026528356v1 29
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 11
chrUn_NW_026528363v1 321
chrUn_NW_026528370v1 198
chrUn_NW_026528371v1 1169
chrUn_NW_026528372v1 508
chrUn_NW_026528373v1 1707
chrUn_NW_026528378v1 13
chrUn_NW_026528380v1 10
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 27
chrUn_NW_026528385v1 46
chrUn_NW_026528390v1 39
chrUn_NW_026528393v1 19
chrUn_NW_026528396v1 6
chrUn_NW_026528397v1 28
chrUn_NW_026528402v1 5
chrUn_NW_026528403v1 15
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 21
chrUn_NW_026528412v1 17
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 8
chrUn_NW_026528419v1 3
chrUn_NW_026528420v1 5
chrUn_NW_026528423v1 85
chrUn_NW_026528431v1 413
chrUn_NW_026528432v1 861
chrUn_NW_026528433v1 6575
chrUn_NW_026528440v1 17
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 789
chrUn_NW_026528558v1 2452
chrUn_NW_026528559v1 88
chrUn_NW_026528561v1 3
chrUn_NW_026528588v1 14
chrUn_NW_026528589v1 25
chrUn_NW_026528590v1 1525
chrUn_NW_026528596v1 3927
chrUn_NW_026528609v1 35
chrUn_NW_026528611v1 21
chrUn_NW_026528615v1 14
chrUn_NW_026528621v1 434
chrUn_NW_026528631v1 120
chrUn_NW_026528634v1 434
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 26
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 26
chrUn_NW_026528668v1 28
chrUn_NW_026528670v1 7
chrUn_NW_026528677v1 32
chrUn_NW_026528708v1 18
chrUn_NW_026528719v1 786
chrUn_NW_026528737v1 38
chrUn_NW_026528739v1 11
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 4
chrUn_NW_026528745v1 24
chrUn_NW_026528748v1 12
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 28
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 2
chrUn_NW_026528754v1 16
chrUn_NW_026528755v1 147
chrUn_NW_026528772v1 25
chrUn_NW_026528775v1 12
chrUn_NW_026528777v1 5
chrUn_NW_026528784v1 14
chrUn_NW_026528785v1 21
chrUn_NW_026528786v1 34
chrUn_NW_026528788v1 9
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 231
chrUn_NW_026528795v1 154
chrUn_NW_026528796v1 507
chrUn_NW_026528797v1 6478
chrUn_NW_026528798v1 1635
chrUn_NW_026528799v1 372
chrUn_NW_026528880v1 33
chrUn_NW_026528882v1 20
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 10
chrUn_NW_026528885v1 10
chrUn_NW_026528887v1 80
chrUn_NW_026528888v1 32
chrUn_NW_026528889v1 25
chrUn_NW_026528891v1 64
chrUn_NW_026528893v1 17
chrUn_NW_026528894v1 780
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 30
chrUn_NW_026528900v1 179
chrUn_NW_026528902v1 235
chrUn_NW_026528903v1 1784
chrUn_NW_026528917v1 336
chrUn_NW_026528926v1 147
chrUn_NW_026528928v1 1318
chrUn_NW_026528937v1 80
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 25
chrUn_NW_026528952v1 22
chrUn_NW_026528957v1 1169
chrUn_NW_026528960v1 449
chrUn_NW_026528975v1 299
chrUn_NW_026528984v1 64
chrUn_NW_026528985v1 13
chrUn_NW_026528987v1 11
chrUn_NW_026528988v1 205
chrUn_NW_026528989v1 20
chrUn_NW_026528992v1 1
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 51
chrUn_NW_026529007v1 636
chrUn_NW_026529008v1 6115
chrUn_NW_026529013v1 124
chrUn_NW_026529015v1 174
chrUn_NW_026529016v1 1601
chrUn_NW_026529060v1 2258
chrUn_NW_026529081v1 302
chrUn_NW_026529085v1 692
chrX 6650797
chrX_NW_026527892v1_random 685
chrX_NW_026527894v1_random 1112
chrX_NW_026527897v1_random 361
chrY 32856
chrY_NW_026527909v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 31
chrY_NW_026527913v1_random 117
chrY_NW_026527914v1_random 919
chrY_NW_026527915v1_random 7
chrY_NW_026527918v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 42
chrY_NW_026527927v1_random 6
chrY_NW_026527932v1_random 11
chrY_NW_026527938v1_random 775
chrY_NW_026527939v1_random 48
chrY_NW_026527942v1_random 9
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 2664
chrY_NW_026527950v1_random 1483
chrY_NW_026527951v1_random 187
chrY_NW_026527955v1_random 116
chrY_NW_026527956v1_random 8468
chrY_NW_026527958v1_random 4185
chrY_NW_026527960v1_random 119
chrY_NW_026527961v1_random 367
chrY_NW_026527966v1_random 26092
chrY_NW_026527967v1_random 199
chrY_NW_026527968v1_random 2188
chrY_NW_026527969v1_random 11
chrY_NW_026527980v1_random 119

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 247007632 1 5041 136.41 106
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0065_2.gz 2.26 GB 149cf04152e8e9562b495824cb4b0dfa
P0065_2.gz.tbi 1.09 MB 9959e243d11a144fab53e2e3d11f9738
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 4c780410dc66e8e619d5ff92cd1f4ca0
statistics/