Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0066_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0066_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0066_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0066_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			CCAAATCAGCACAGGG-P0066_1, GCGGTTATCACTTTAC-P0066_1, CTCATCATCATGGTTA-P0066_1, AAACGCGCATAATGTC-P0066_1, ATTACTGAGGAGCACG-P0066_1 (top 5 of 1449 values)
count	int	count			[1, 1]	n 103,056,808 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	103056808
chr1	8215844
chr2	6778260
chr3	5129796
chr4	5649138
chr5	8193234
chr6	5379774
chr7	6634776
chr8	4156145
chr9	5150940
chr10	5465204
chr11	5335234
chr12	5253549
chr13	4048754
chr14	3942819
chr15	4064796
chr16	3145891
chr17	2382875
chr18	1970629
chr19	2153224
chr20	1994881
chr21	1579314
chr22	3716901
chrUn_NW_026528016v1	12
chrUn_NW_026528017v1	44
chrUn_NW_026528021v1	475
chrUn_NW_026528026v1	288
chrUn_NW_026528029v1	295
chrUn_NW_026528038v1	342
chrUn_NW_026528039v1	403
chrUn_NW_026528065v1	127
chrUn_NW_026528075v1	119
chrUn_NW_026528103v1	24
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	46
chrUn_NW_026528140v1	301
chrUn_NW_026528210v1	81
chrUn_NW_026528215v1	106
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	3
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528222v1	2
chrUn_NW_026528224v1	4
chrUn_NW_026528225v1	45
chrUn_NW_026528226v1	49
chrUn_NW_026528228v1	97
chrUn_NW_026528230v1	123
chrUn_NW_026528232v1	982
chrUn_NW_026528259v1	4
chrUn_NW_026528278v1	273
chrUn_NW_026528285v1	18
chrUn_NW_026528292v1	13
chrUn_NW_026528295v1	119
chrUn_NW_026528296v1	6333
chrUn_NW_026528310v1	68
chrUn_NW_026528320v1	16
chrUn_NW_026528327v1	11
chrUn_NW_026528332v1	11
chrUn_NW_026528335v1	4
chrUn_NW_026528338v1	25
chrUn_NW_026528339v1	22
chrUn_NW_026528345v1	16
chrUn_NW_026528347v1	5
chrUn_NW_026528350v1	11
chrUn_NW_026528353v1	20
chrUn_NW_026528356v1	14
chrUn_NW_026528358v1	2
chrUn_NW_026528363v1	108
chrUn_NW_026528370v1	89
chrUn_NW_026528371v1	567
chrUn_NW_026528372v1	159
chrUn_NW_026528373v1	629
chrUn_NW_026528378v1	3
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528384v1	10
chrUn_NW_026528385v1	23
chrUn_NW_026528390v1	13
chrUn_NW_026528393v1	5
chrUn_NW_026528396v1	5
chrUn_NW_026528397v1	11
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	4
chrUn_NW_026528408v1	3
chrUn_NW_026528409v1	6
chrUn_NW_026528412v1	4
chrUn_NW_026528416v1	3
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	35
chrUn_NW_026528431v1	154
chrUn_NW_026528432v1	273
chrUn_NW_026528433v1	2443
chrUn_NW_026528440v1	1
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	333
chrUn_NW_026528558v1	815
chrUn_NW_026528559v1	45
chrUn_NW_026528588v1	3
chrUn_NW_026528589v1	9
chrUn_NW_026528590v1	608
chrUn_NW_026528596v1	1504
chrUn_NW_026528609v1	17
chrUn_NW_026528611v1	7
chrUn_NW_026528615v1	10
chrUn_NW_026528621v1	167
chrUn_NW_026528631v1	50
chrUn_NW_026528634v1	149
chrUn_NW_026528635v1	4
chrUn_NW_026528644v1	5
chrUn_NW_026528650v1	6
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	14
chrUn_NW_026528668v1	14
chrUn_NW_026528677v1	11
chrUn_NW_026528708v1	8
chrUn_NW_026528719v1	296
chrUn_NW_026528737v1	13
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	5
chrUn_NW_026528748v1	2
chrUn_NW_026528750v1	8
chrUn_NW_026528754v1	4
chrUn_NW_026528755v1	60
chrUn_NW_026528772v1	5
chrUn_NW_026528775v1	1
chrUn_NW_026528777v1	3
chrUn_NW_026528784v1	3
chrUn_NW_026528785v1	3
chrUn_NW_026528786v1	6
chrUn_NW_026528788v1	4
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	72
chrUn_NW_026528795v1	58
chrUn_NW_026528796v1	168
chrUn_NW_026528797v1	2263
chrUn_NW_026528798v1	656
chrUn_NW_026528799v1	133
chrUn_NW_026528880v1	9
chrUn_NW_026528882v1	7
chrUn_NW_026528883v1	2
chrUn_NW_026528884v1	6
chrUn_NW_026528885v1	3
chrUn_NW_026528887v1	42
chrUn_NW_026528888v1	11
chrUn_NW_026528889v1	4
chrUn_NW_026528891v1	24
chrUn_NW_026528893v1	5
chrUn_NW_026528894v1	266
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	6
chrUn_NW_026528900v1	83
chrUn_NW_026528902v1	78
chrUn_NW_026528903v1	452
chrUn_NW_026528917v1	152
chrUn_NW_026528926v1	62
chrUn_NW_026528928v1	470
chrUn_NW_026528937v1	22
chrUn_NW_026528938v1	2
chrUn_NW_026528950v1	8
chrUn_NW_026528952v1	4
chrUn_NW_026528957v1	483
chrUn_NW_026528960v1	251
chrUn_NW_026528975v1	115
chrUn_NW_026528984v1	25
chrUn_NW_026528986v1	3
chrUn_NW_026528987v1	4
chrUn_NW_026528988v1	66
chrUn_NW_026528989v1	8
chrUn_NW_026528996v1	18
chrUn_NW_026529007v1	237
chrUn_NW_026529008v1	2230
chrUn_NW_026529013v1	28
chrUn_NW_026529015v1	58
chrUn_NW_026529016v1	538
chrUn_NW_026529060v1	956
chrUn_NW_026529081v1	125
chrUn_NW_026529085v1	259
chrX	2659090
chrX_NW_026527892v1_random	266
chrX_NW_026527894v1_random	470
chrX_NW_026527897v1_random	121
chrY	11844
chrY_NW_026527911v1_random	4
chrY_NW_026527913v1_random	49
chrY_NW_026527914v1_random	265
chrY_NW_026527919v1_random	11
chrY_NW_026527927v1_random	3
chrY_NW_026527932v1_random	8
chrY_NW_026527938v1_random	316
chrY_NW_026527939v1_random	11
chrY_NW_026527942v1_random	3
chrY_NW_026527949v1_random	1115
chrY_NW_026527950v1_random	618
chrY_NW_026527951v1_random	68
chrY_NW_026527955v1_random	48
chrY_NW_026527956v1_random	1792
chrY_NW_026527958v1_random	804
chrY_NW_026527960v1_random	47
chrY_NW_026527961v1_random	126
chrY_NW_026527966v1_random	6701
chrY_NW_026527967v1_random	85
chrY_NW_026527968v1_random	729
chrY_NW_026527969v1_random	6
chrY_NW_026527980v1_random	46

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	103056808	1	5013	142.66	112

Files

Filename	Size	md5
P0066_1.h5ad.gz	964.02 MB	4b245b1176f808ca73aeb63c706ad3a3
P0066_1.h5ad.gz.tbi	750.27 KB	9febb7a86d162530ce7b32f1d430728a
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	4c22b087af0b6a01d7c2c2aa1a277055
statistics/