Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0066_1content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0066_1
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0066_1 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0066_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			ACACTAGGTATTACCC-P0066_1, TCATACTTCGCGACAC-P0066_1, GCCACACAGCACAGGG-P0066_1, TGGACCGGTCCCGGAA-P0066_1, CCAAATCAGCACAGGG-P0066_1 (top 5 of 3974 values)
count	int	count			[1, 1]	n 330,707,814 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	330707814
chr1	26306766
chr2	22241819
chr3	16449422
chr4	18169703
chr5	26334820
chr6	17512990
chr7	21380355
chr8	13159493
chr9	16524919
chr10	17306890
chr11	17237145
chr12	16955561
chr13	12967301
chr14	12658619
chr15	12965441
chr16	10316129
chr17	7617780
chr18	6267320
chr19	6923299
chr20	6318938
chr21	4950345
chr22	11654525
chrUn_NW_026528016v1	36
chrUn_NW_026528017v1	131
chrUn_NW_026528021v1	1335
chrUn_NW_026528026v1	1101
chrUn_NW_026528029v1	938
chrUn_NW_026528038v1	979
chrUn_NW_026528039v1	1303
chrUn_NW_026528065v1	385
chrUn_NW_026528075v1	301
chrUn_NW_026528103v1	54
chrUn_NW_026528123v1	10
chrUn_NW_026528125v1	108
chrUn_NW_026528140v1	1001
chrUn_NW_026528210v1	223
chrUn_NW_026528215v1	333
chrUn_NW_026528217v1	3
chrUn_NW_026528218v1	16
chrUn_NW_026528219v1	13
chrUn_NW_026528220v1	2
chrUn_NW_026528221v1	2
chrUn_NW_026528222v1	6
chrUn_NW_026528224v1	12
chrUn_NW_026528225v1	113
chrUn_NW_026528226v1	188
chrUn_NW_026528228v1	347
chrUn_NW_026528230v1	460
chrUn_NW_026528232v1	3089
chrUn_NW_026528259v1	14
chrUn_NW_026528278v1	1084
chrUn_NW_026528285v1	81
chrUn_NW_026528292v1	44
chrUn_NW_026528295v1	367
chrUn_NW_026528296v1	19681
chrUn_NW_026528310v1	215
chrUn_NW_026528320v1	41
chrUn_NW_026528327v1	31
chrUn_NW_026528332v1	38
chrUn_NW_026528335v1	18
chrUn_NW_026528338v1	82
chrUn_NW_026528339v1	68
chrUn_NW_026528345v1	49
chrUn_NW_026528347v1	18
chrUn_NW_026528350v1	38
chrUn_NW_026528353v1	55
chrUn_NW_026528356v1	37
chrUn_NW_026528358v1	10
chrUn_NW_026528360v1	4
chrUn_NW_026528363v1	305
chrUn_NW_026528370v1	219
chrUn_NW_026528371v1	1710
chrUn_NW_026528372v1	544
chrUn_NW_026528373v1	1701
chrUn_NW_026528378v1	7
chrUn_NW_026528380v1	8
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	5
chrUn_NW_026528384v1	32
chrUn_NW_026528385v1	67
chrUn_NW_026528390v1	32
chrUn_NW_026528393v1	18
chrUn_NW_026528396v1	8
chrUn_NW_026528397v1	44
chrUn_NW_026528402v1	2
chrUn_NW_026528403v1	14
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	10
chrUn_NW_026528409v1	16
chrUn_NW_026528412v1	16
chrUn_NW_026528413v1	4
chrUn_NW_026528416v1	5
chrUn_NW_026528419v1	2
chrUn_NW_026528420v1	3
chrUn_NW_026528423v1	116
chrUn_NW_026528431v1	541
chrUn_NW_026528432v1	875
chrUn_NW_026528433v1	6180
chrUn_NW_026528440v1	6
chrUn_NW_026528471v1	2
chrUn_NW_026528480v1	885
chrUn_NW_026528558v1	2202
chrUn_NW_026528559v1	115
chrUn_NW_026528561v1	5
chrUn_NW_026528588v1	15
chrUn_NW_026528589v1	31
chrUn_NW_026528590v1	1884
chrUn_NW_026528596v1	4245
chrUn_NW_026528609v1	42
chrUn_NW_026528611v1	18
chrUn_NW_026528615v1	23
chrUn_NW_026528621v1	480
chrUn_NW_026528631v1	181
chrUn_NW_026528634v1	419
chrUn_NW_026528635v1	11
chrUn_NW_026528644v1	13
chrUn_NW_026528650v1	26
chrUn_NW_026528656v1	3
chrUn_NW_026528660v1	3
chrUn_NW_026528661v1	47
chrUn_NW_026528668v1	35
chrUn_NW_026528670v1	3
chrUn_NW_026528677v1	37
chrUn_NW_026528708v1	19
chrUn_NW_026528719v1	949
chrUn_NW_026528737v1	45
chrUn_NW_026528739v1	10
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	22
chrUn_NW_026528748v1	4
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	21
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528752v1	1
chrUn_NW_026528754v1	14
chrUn_NW_026528755v1	169
chrUn_NW_026528772v1	24
chrUn_NW_026528775v1	19
chrUn_NW_026528777v1	10
chrUn_NW_026528784v1	29
chrUn_NW_026528785v1	11
chrUn_NW_026528786v1	31
chrUn_NW_026528788v1	13
chrUn_NW_026528791v1	3
chrUn_NW_026528792v1	3
chrUn_NW_026528793v1	250
chrUn_NW_026528795v1	187
chrUn_NW_026528796v1	555
chrUn_NW_026528797v1	7090
chrUn_NW_026528798v1	1663
chrUn_NW_026528799v1	356
chrUn_NW_026528880v1	40
chrUn_NW_026528882v1	27
chrUn_NW_026528883v1	4
chrUn_NW_026528884v1	17
chrUn_NW_026528885v1	12
chrUn_NW_026528887v1	107
chrUn_NW_026528888v1	26
chrUn_NW_026528889v1	17
chrUn_NW_026528891v1	76
chrUn_NW_026528893v1	22
chrUn_NW_026528894v1	748
chrUn_NW_026528896v1	7
chrUn_NW_026528899v1	25
chrUn_NW_026528900v1	243
chrUn_NW_026528902v1	264
chrUn_NW_026528903v1	2149
chrUn_NW_026528917v1	460
chrUn_NW_026528926v1	171
chrUn_NW_026528928v1	1474
chrUn_NW_026528937v1	54
chrUn_NW_026528938v1	8
chrUn_NW_026528950v1	20
chrUn_NW_026528952v1	9
chrUn_NW_026528957v1	1226
chrUn_NW_026528960v1	564
chrUn_NW_026528975v1	333
chrUn_NW_026528984v1	110
chrUn_NW_026528985v1	8
chrUn_NW_026528986v1	4
chrUn_NW_026528987v1	13
chrUn_NW_026528988v1	238
chrUn_NW_026528989v1	32
chrUn_NW_026528992v1	2
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	58
chrUn_NW_026529007v1	716
chrUn_NW_026529008v1	8024
chrUn_NW_026529013v1	73
chrUn_NW_026529015v1	195
chrUn_NW_026529016v1	1495
chrUn_NW_026529060v1	2871
chrUn_NW_026529081v1	443
chrUn_NW_026529085v1	1075
chrX	8315710
chrX_NW_026527892v1_random	787
chrX_NW_026527894v1_random	1641
chrX_NW_026527897v1_random	372
chrY	42437
chrY_NW_026527911v1_random	28
chrY_NW_026527913v1_random	149
chrY_NW_026527914v1_random	1072
chrY_NW_026527915v1_random	4
chrY_NW_026527919v1_random	35
chrY_NW_026527927v1_random	7
chrY_NW_026527932v1_random	22
chrY_NW_026527938v1_random	957
chrY_NW_026527939v1_random	50
chrY_NW_026527942v1_random	7
chrY_NW_026527949v1_random	3934
chrY_NW_026527950v1_random	2032
chrY_NW_026527951v1_random	192
chrY_NW_026527955v1_random	159
chrY_NW_026527956v1_random	3827
chrY_NW_026527958v1_random	1679
chrY_NW_026527960v1_random	141
chrY_NW_026527961v1_random	441
chrY_NW_026527966v1_random	16440
chrY_NW_026527967v1_random	500
chrY_NW_026527968v1_random	2808
chrY_NW_026527969v1_random	14
chrY_NW_026527980v1_random	146

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	330707814	1	5039	147.84	125

Files

Filename	Size	md5
P0066_1.gz	3.04 GB	0e3f5a0a162e4a6d3e1415103a853d1f
P0066_1.gz.tbi	1.25 MB	181a59884e03ea3f3299a56d8a695a7d
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	598c98f6e32b5b7732e7cd6c4de27170
statistics/