Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0066_2.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0066_2.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0066_2.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0066_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			AAGTCTATCGATTTGA-P0066_2, TATATCCTCCTTTACG-P0066_2, GGTCCTGCACTGGCCA-P0066_2, GGCCTCTGTAGGATTT-P0066_2, GCGGTTATCTGGCAAT-P0066_2 (top 5 of 1500 values)
count	int	count			[1, 1]	n 91,408,044 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	91408044
chr1	7142011
chr2	6117185
chr3	4552644
chr4	5018651
chr5	7228310
chr6	4765421
chr7	5828937
chr8	3676588
chr9	4522623
chr10	4901669
chr11	4777161
chr12	4691597
chr13	3600184
chr14	3532895
chr15	3600347
chr16	2800684
chr17	2099993
chr18	1744542
chr19	1897756
chr20	1771231
chr21	1394351
chr22	3276362
chrUn_NW_026528016v1	17
chrUn_NW_026528017v1	32
chrUn_NW_026528021v1	371
chrUn_NW_026528026v1	298
chrUn_NW_026528029v1	280
chrUn_NW_026528038v1	314
chrUn_NW_026528039v1	334
chrUn_NW_026528065v1	112
chrUn_NW_026528075v1	89
chrUn_NW_026528103v1	23
chrUn_NW_026528123v1	1
chrUn_NW_026528125v1	40
chrUn_NW_026528140v1	259
chrUn_NW_026528210v1	88
chrUn_NW_026528215v1	96
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	6
chrUn_NW_026528219v1	4
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	4
chrUn_NW_026528224v1	3
chrUn_NW_026528225v1	28
chrUn_NW_026528226v1	45
chrUn_NW_026528228v1	85
chrUn_NW_026528230v1	146
chrUn_NW_026528232v1	819
chrUn_NW_026528259v1	7
chrUn_NW_026528278v1	253
chrUn_NW_026528285v1	27
chrUn_NW_026528292v1	11
chrUn_NW_026528295v1	124
chrUn_NW_026528296v1	5384
chrUn_NW_026528310v1	65
chrUn_NW_026528320v1	14
chrUn_NW_026528327v1	7
chrUn_NW_026528332v1	7
chrUn_NW_026528335v1	3
chrUn_NW_026528338v1	21
chrUn_NW_026528339v1	23
chrUn_NW_026528345v1	9
chrUn_NW_026528347v1	2
chrUn_NW_026528350v1	10
chrUn_NW_026528353v1	15
chrUn_NW_026528356v1	12
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	117
chrUn_NW_026528370v1	76
chrUn_NW_026528371v1	494
chrUn_NW_026528372v1	136
chrUn_NW_026528373v1	504
chrUn_NW_026528378v1	3
chrUn_NW_026528380v1	4
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	7
chrUn_NW_026528385v1	25
chrUn_NW_026528390v1	9
chrUn_NW_026528393v1	6
chrUn_NW_026528397v1	11
chrUn_NW_026528402v1	3
chrUn_NW_026528403v1	3
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	3
chrUn_NW_026528409v1	10
chrUn_NW_026528412v1	8
chrUn_NW_026528413v1	1
chrUn_NW_026528416v1	4
chrUn_NW_026528419v1	3
chrUn_NW_026528420v1	3
chrUn_NW_026528423v1	29
chrUn_NW_026528431v1	142
chrUn_NW_026528432v1	251
chrUn_NW_026528433v1	2252
chrUn_NW_026528440v1	2
chrUn_NW_026528480v1	270
chrUn_NW_026528558v1	861
chrUn_NW_026528559v1	17
chrUn_NW_026528561v1	2
chrUn_NW_026528588v1	7
chrUn_NW_026528589v1	8
chrUn_NW_026528590v1	635
chrUn_NW_026528596v1	1331
chrUn_NW_026528609v1	15
chrUn_NW_026528611v1	7
chrUn_NW_026528615v1	6
chrUn_NW_026528621v1	156
chrUn_NW_026528631v1	46
chrUn_NW_026528634v1	124
chrUn_NW_026528635v1	6
chrUn_NW_026528644v1	1
chrUn_NW_026528650v1	10
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	12
chrUn_NW_026528668v1	10
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	8
chrUn_NW_026528708v1	4
chrUn_NW_026528719v1	291
chrUn_NW_026528737v1	19
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528745v1	5
chrUn_NW_026528748v1	1
chrUn_NW_026528750v1	12
chrUn_NW_026528754v1	4
chrUn_NW_026528755v1	59
chrUn_NW_026528772v1	3
chrUn_NW_026528775v1	3
chrUn_NW_026528777v1	3
chrUn_NW_026528784v1	3
chrUn_NW_026528785v1	6
chrUn_NW_026528786v1	4
chrUn_NW_026528788v1	1
chrUn_NW_026528793v1	71
chrUn_NW_026528795v1	47
chrUn_NW_026528796v1	181
chrUn_NW_026528797v1	2060
chrUn_NW_026528798v1	614
chrUn_NW_026528799v1	133
chrUn_NW_026528880v1	11
chrUn_NW_026528882v1	8
chrUn_NW_026528884v1	6
chrUn_NW_026528885v1	1
chrUn_NW_026528887v1	24
chrUn_NW_026528888v1	16
chrUn_NW_026528889v1	4
chrUn_NW_026528891v1	28
chrUn_NW_026528893v1	5
chrUn_NW_026528894v1	248
chrUn_NW_026528896v1	3
chrUn_NW_026528899v1	8
chrUn_NW_026528900v1	53
chrUn_NW_026528902v1	74
chrUn_NW_026528903v1	452
chrUn_NW_026528917v1	150
chrUn_NW_026528926v1	62
chrUn_NW_026528928v1	472
chrUn_NW_026528937v1	21
chrUn_NW_026528938v1	4
chrUn_NW_026528950v1	6
chrUn_NW_026528952v1	3
chrUn_NW_026528957v1	476
chrUn_NW_026528960v1	201
chrUn_NW_026528975v1	90
chrUn_NW_026528984v1	28
chrUn_NW_026528985v1	2
chrUn_NW_026528986v1	3
chrUn_NW_026528987v1	5
chrUn_NW_026528988v1	90
chrUn_NW_026528989v1	13
chrUn_NW_026528990v1	1
chrUn_NW_026528994v1	1
chrUn_NW_026528996v1	21
chrUn_NW_026529007v1	202
chrUn_NW_026529008v1	1870
chrUn_NW_026529013v1	39
chrUn_NW_026529015v1	76
chrUn_NW_026529016v1	531
chrUn_NW_026529060v1	741
chrUn_NW_026529081v1	90
chrUn_NW_026529085v1	248
chrX	2416069
chrX_NW_026527892v1_random	272
chrX_NW_026527894v1_random	392
chrX_NW_026527897v1_random	98
chrY	11021
chrY_NW_026527911v1_random	16
chrY_NW_026527913v1_random	28
chrY_NW_026527914v1_random	319
chrY_NW_026527919v1_random	14
chrY_NW_026527927v1_random	3
chrY_NW_026527932v1_random	5
chrY_NW_026527938v1_random	283
chrY_NW_026527939v1_random	20
chrY_NW_026527942v1_random	2
chrY_NW_026527949v1_random	1006
chrY_NW_026527950v1_random	530
chrY_NW_026527951v1_random	64
chrY_NW_026527955v1_random	34
chrY_NW_026527956v1_random	1659
chrY_NW_026527958v1_random	699
chrY_NW_026527960v1_random	51
chrY_NW_026527961v1_random	110
chrY_NW_026527966v1_random	6265
chrY_NW_026527967v1_random	81
chrY_NW_026527968v1_random	770
chrY_NW_026527969v1_random	5
chrY_NW_026527980v1_random	40

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	91408044	1	5036	138.99	107

Files

Filename	Size	md5
P0066_2.h5ad.gz	861.4 MB	71c24cf5246f85978af59814962b4e83
P0066_2.h5ad.gz.tbi	716.49 KB	b7f1a7776991e72ffd977c84e1db0940
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	0ee8be2bc07a3370ee8144cf5b74d2aa
statistics/