Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0066_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0066_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0066_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0066_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GACCGTTCACTAAGAA-P0066_2, AAGTCTATCGATTTGA-P0066_2, GGCGGTTTCAACAAGG-P0066_2, TTAATCGAGGTAAGGC-P0066_2, CAATCGCCACACTAAT-P0066_2 (top 5 of 3775 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
271,861,525
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 271861525
chr1 21500788
chr2 18423164
chr3 13459083
chr4 14911489
chr5 21611526
chr6 14364878
chr7 17528196
chr8 10774842
chr9 13478612
chr10 14317639
chr11 14243248
chr12 13989961
chr13 10689106
chr14 10435650
chr15 10639516
chr16 8512449
chr17 6238962
chr18 5175624
chr19 5690992
chr20 5174385
chr21 4094038
chr22 9620572
chrUn_NW_026528016v1 36
chrUn_NW_026528017v1 99
chrUn_NW_026528021v1 1011
chrUn_NW_026528026v1 928
chrUn_NW_026528029v1 860
chrUn_NW_026528038v1 833
chrUn_NW_026528039v1 1024
chrUn_NW_026528065v1 329
chrUn_NW_026528075v1 221
chrUn_NW_026528103v1 61
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 100
chrUn_NW_026528140v1 786
chrUn_NW_026528210v1 222
chrUn_NW_026528215v1 272
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 12
chrUn_NW_026528219v1 13
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 11
chrUn_NW_026528224v1 15
chrUn_NW_026528225v1 83
chrUn_NW_026528226v1 138
chrUn_NW_026528228v1 304
chrUn_NW_026528230v1 391
chrUn_NW_026528232v1 2346
chrUn_NW_026528259v1 12
chrUn_NW_026528278v1 923
chrUn_NW_026528285v1 72
chrUn_NW_026528292v1 39
chrUn_NW_026528295v1 353
chrUn_NW_026528296v1 16219
chrUn_NW_026528310v1 174
chrUn_NW_026528320v1 37
chrUn_NW_026528327v1 16
chrUn_NW_026528332v1 22
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 50
chrUn_NW_026528339v1 56
chrUn_NW_026528345v1 39
chrUn_NW_026528347v1 5
chrUn_NW_026528350v1 32
chrUn_NW_026528353v1 36
chrUn_NW_026528356v1 27
chrUn_NW_026528358v1 5
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 268
chrUn_NW_026528370v1 195
chrUn_NW_026528371v1 1405
chrUn_NW_026528372v1 460
chrUn_NW_026528373v1 1330
chrUn_NW_026528378v1 8
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 31
chrUn_NW_026528385v1 74
chrUn_NW_026528390v1 34
chrUn_NW_026528393v1 18
chrUn_NW_026528396v1 7
chrUn_NW_026528397v1 30
chrUn_NW_026528402v1 5
chrUn_NW_026528403v1 12
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 12
chrUn_NW_026528409v1 19
chrUn_NW_026528412v1 19
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 12
chrUn_NW_026528419v1 3
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 110
chrUn_NW_026528431v1 449
chrUn_NW_026528432v1 693
chrUn_NW_026528433v1 5330
chrUn_NW_026528440v1 7
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 688
chrUn_NW_026528558v1 2002
chrUn_NW_026528559v1 69
chrUn_NW_026528561v1 5
chrUn_NW_026528588v1 16
chrUn_NW_026528589v1 19
chrUn_NW_026528590v1 1605
chrUn_NW_026528596v1 3287
chrUn_NW_026528609v1 36
chrUn_NW_026528611v1 17
chrUn_NW_026528615v1 20
chrUn_NW_026528621v1 452
chrUn_NW_026528631v1 174
chrUn_NW_026528634v1 348
chrUn_NW_026528635v1 17
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 26
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 38
chrUn_NW_026528668v1 32
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 26
chrUn_NW_026528708v1 17
chrUn_NW_026528719v1 826
chrUn_NW_026528737v1 47
chrUn_NW_026528739v1 3
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 11
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 28
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528754v1 9
chrUn_NW_026528755v1 146
chrUn_NW_026528772v1 25
chrUn_NW_026528775v1 19
chrUn_NW_026528777v1 10
chrUn_NW_026528784v1 16
chrUn_NW_026528785v1 12
chrUn_NW_026528786v1 18
chrUn_NW_026528788v1 11
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 225
chrUn_NW_026528795v1 156
chrUn_NW_026528796v1 472
chrUn_NW_026528797v1 5882
chrUn_NW_026528798v1 1359
chrUn_NW_026528799v1 307
chrUn_NW_026528880v1 35
chrUn_NW_026528882v1 15
chrUn_NW_026528883v1 4
chrUn_NW_026528884v1 23
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 86
chrUn_NW_026528888v1 26
chrUn_NW_026528889v1 17
chrUn_NW_026528891v1 98
chrUn_NW_026528893v1 17
chrUn_NW_026528894v1 674
chrUn_NW_026528896v1 5
chrUn_NW_026528899v1 27
chrUn_NW_026528900v1 189
chrUn_NW_026528902v1 206
chrUn_NW_026528903v1 1840
chrUn_NW_026528917v1 381
chrUn_NW_026528926v1 130
chrUn_NW_026528928v1 1239
chrUn_NW_026528937v1 63
chrUn_NW_026528938v1 8
chrUn_NW_026528950v1 16
chrUn_NW_026528952v1 8
chrUn_NW_026528957v1 1021
chrUn_NW_026528960v1 395
chrUn_NW_026528975v1 241
chrUn_NW_026528984v1 92
chrUn_NW_026528985v1 11
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 15
chrUn_NW_026528988v1 204
chrUn_NW_026528989v1 32
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 61
chrUn_NW_026529007v1 640
chrUn_NW_026529008v1 6400
chrUn_NW_026529013v1 95
chrUn_NW_026529015v1 181
chrUn_NW_026529016v1 1307
chrUn_NW_026529060v1 2317
chrUn_NW_026529081v1 348
chrUn_NW_026529085v1 903
chrX 6843706
chrX_NW_026527892v1_random 784
chrX_NW_026527894v1_random 1263
chrX_NW_026527897v1_random 308
chrY 34910
chrY_NW_026527911v1_random 39
chrY_NW_026527913v1_random 92
chrY_NW_026527914v1_random 994
chrY_NW_026527915v1_random 2
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 32
chrY_NW_026527927v1_random 7
chrY_NW_026527932v1_random 17
chrY_NW_026527938v1_random 755
chrY_NW_026527939v1_random 43
chrY_NW_026527942v1_random 6
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 3346
chrY_NW_026527950v1_random 1554
chrY_NW_026527951v1_random 153
chrY_NW_026527955v1_random 104
chrY_NW_026527956v1_random 3313
chrY_NW_026527958v1_random 1452
chrY_NW_026527960v1_random 121
chrY_NW_026527961v1_random 330
chrY_NW_026527966v1_random 13879
chrY_NW_026527967v1_random 440
chrY_NW_026527968v1_random 2350
chrY_NW_026527969v1_random 17
chrY_NW_026527980v1_random 107

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 271861525 1 5036 144.27 119
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0066_2.gz 2.52 GB 4a55b5b1196d8d56c614ef726cc231b5
P0066_2.gz.tbi 1.14 MB 7e508b95ff207cbd16c4463432c96620
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 0f67dd18cbff6dd673491cae36c12a95
statistics/