Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0066_3.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0066_3.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0066_3.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0066_3 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GGGAATATCCTAAGAC-P0066_3, CCAAACCCAACATAAG-P0066_3, GGCTATGTCACAGCCA-P0066_3, AGCCTCCGTAACCTAG-P0066_3, GCCTTACTCGCTTGCT-P0066_3 (top 5 of 4898 values)
count	int	count			[1, 1]	n 213,103,836 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	213103836
chr1	16837362
chr2	14024444
chr3	10176297
chr4	11518380
chr5	17639168
chr6	10864495
chr7	13971778
chr8	8349896
chr9	10579850
chr10	11580714
chr11	11372267
chr12	11127594
chr13	8231067
chr14	8076088
chr15	8404196
chr16	6306615
chr17	4751893
chr18	4122299
chr19	4470155
chr20	4135394
chr21	3082161
chr22	8283515
chrUn_NW_026528016v1	24
chrUn_NW_026528017v1	78
chrUn_NW_026528021v1	809
chrUn_NW_026528026v1	456
chrUn_NW_026528029v1	546
chrUn_NW_026528038v1	513
chrUn_NW_026528039v1	709
chrUn_NW_026528065v1	283
chrUn_NW_026528075v1	154
chrUn_NW_026528103v1	43
chrUn_NW_026528123v1	4
chrUn_NW_026528125v1	60
chrUn_NW_026528140v1	523
chrUn_NW_026528210v1	129
chrUn_NW_026528215v1	156
chrUn_NW_026528217v1	3
chrUn_NW_026528218v1	10
chrUn_NW_026528219v1	7
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528222v1	6
chrUn_NW_026528224v1	9
chrUn_NW_026528225v1	44
chrUn_NW_026528226v1	166
chrUn_NW_026528228v1	160
chrUn_NW_026528230v1	192
chrUn_NW_026528232v1	2134
chrUn_NW_026528259v1	1
chrUn_NW_026528278v1	603
chrUn_NW_026528285v1	42
chrUn_NW_026528292v1	19
chrUn_NW_026528295v1	206
chrUn_NW_026528296v1	13855
chrUn_NW_026528310v1	107
chrUn_NW_026528320v1	18
chrUn_NW_026528327v1	19
chrUn_NW_026528332v1	18
chrUn_NW_026528335v1	8
chrUn_NW_026528338v1	35
chrUn_NW_026528339v1	40
chrUn_NW_026528345v1	36
chrUn_NW_026528347v1	7
chrUn_NW_026528350v1	31
chrUn_NW_026528353v1	31
chrUn_NW_026528356v1	24
chrUn_NW_026528358v1	3
chrUn_NW_026528360v1	2
chrUn_NW_026528363v1	203
chrUn_NW_026528370v1	159
chrUn_NW_026528371v1	1136
chrUn_NW_026528372v1	333
chrUn_NW_026528373v1	1201
chrUn_NW_026528378v1	5
chrUn_NW_026528380v1	7
chrUn_NW_026528382v1	3
chrUn_NW_026528384v1	12
chrUn_NW_026528385v1	27
chrUn_NW_026528390v1	16
chrUn_NW_026528393v1	7
chrUn_NW_026528396v1	3
chrUn_NW_026528397v1	22
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	3
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528409v1	14
chrUn_NW_026528412v1	8
chrUn_NW_026528413v1	4
chrUn_NW_026528416v1	4
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	42
chrUn_NW_026528431v1	269
chrUn_NW_026528432v1	542
chrUn_NW_026528433v1	5698
chrUn_NW_026528440v1	6
chrUn_NW_026528480v1	478
chrUn_NW_026528558v1	1394
chrUn_NW_026528559v1	45
chrUn_NW_026528561v1	1
chrUn_NW_026528588v1	8
chrUn_NW_026528589v1	13
chrUn_NW_026528590v1	1155
chrUn_NW_026528596v1	2113
chrUn_NW_026528609v1	15
chrUn_NW_026528611v1	18
chrUn_NW_026528615v1	11
chrUn_NW_026528621v1	315
chrUn_NW_026528631v1	97
chrUn_NW_026528634v1	222
chrUn_NW_026528635v1	4
chrUn_NW_026528644v1	2
chrUn_NW_026528650v1	17
chrUn_NW_026528656v1	4
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	20
chrUn_NW_026528668v1	17
chrUn_NW_026528670v1	3
chrUn_NW_026528677v1	25
chrUn_NW_026528708v1	5
chrUn_NW_026528719v1	487
chrUn_NW_026528737v1	27
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528741v1	2
chrUn_NW_026528745v1	19
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	15
chrUn_NW_026528752v1	2
chrUn_NW_026528754v1	9
chrUn_NW_026528755v1	109
chrUn_NW_026528772v1	16
chrUn_NW_026528775v1	6
chrUn_NW_026528777v1	2
chrUn_NW_026528784v1	9
chrUn_NW_026528785v1	15
chrUn_NW_026528786v1	14
chrUn_NW_026528788v1	9
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528793v1	110
chrUn_NW_026528795v1	93
chrUn_NW_026528796v1	250
chrUn_NW_026528797v1	3803
chrUn_NW_026528798v1	1528
chrUn_NW_026528799v1	386
chrUn_NW_026528880v1	35
chrUn_NW_026528882v1	4
chrUn_NW_026528884v1	7
chrUn_NW_026528885v1	7
chrUn_NW_026528887v1	72
chrUn_NW_026528888v1	20
chrUn_NW_026528889v1	15
chrUn_NW_026528891v1	41
chrUn_NW_026528894v1	452
chrUn_NW_026528899v1	22
chrUn_NW_026528900v1	131
chrUn_NW_026528902v1	130
chrUn_NW_026528903v1	831
chrUn_NW_026528917v1	261
chrUn_NW_026528926v1	118
chrUn_NW_026528928v1	863
chrUn_NW_026528937v1	44
chrUn_NW_026528938v1	7
chrUn_NW_026528950v1	16
chrUn_NW_026528952v1	13
chrUn_NW_026528957v1	716
chrUn_NW_026528960v1	452
chrUn_NW_026528975v1	148
chrUn_NW_026528984v1	46
chrUn_NW_026528985v1	10
chrUn_NW_026528986v1	3
chrUn_NW_026528987v1	6
chrUn_NW_026528988v1	107
chrUn_NW_026528989v1	10
chrUn_NW_026528990v1	1
chrUn_NW_026528992v1	4
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	38
chrUn_NW_026529007v1	514
chrUn_NW_026529008v1	4840
chrUn_NW_026529013v1	68
chrUn_NW_026529015v1	125
chrUn_NW_026529016v1	954
chrUn_NW_026529060v1	1906
chrUn_NW_026529081v1	200
chrUn_NW_026529085v1	500
chrX	5088112
chrX_NW_026527892v1_random	405
chrX_NW_026527894v1_random	1033
chrX_NW_026527897v1_random	194
chrY	24687
chrY_NW_026527911v1_random	31
chrY_NW_026527913v1_random	92
chrY_NW_026527914v1_random	555
chrY_NW_026527915v1_random	2
chrY_NW_026527916v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	32
chrY_NW_026527927v1_random	8
chrY_NW_026527932v1_random	7
chrY_NW_026527938v1_random	468
chrY_NW_026527939v1_random	26
chrY_NW_026527942v1_random	3
chrY_NW_026527949v1_random	2384
chrY_NW_026527950v1_random	1287
chrY_NW_026527951v1_random	115
chrY_NW_026527955v1_random	77
chrY_NW_026527956v1_random	4018
chrY_NW_026527958v1_random	1740
chrY_NW_026527960v1_random	74
chrY_NW_026527961v1_random	267
chrY_NW_026527966v1_random	12411
chrY_NW_026527967v1_random	163
chrY_NW_026527968v1_random	1222
chrY_NW_026527969v1_random	14
chrY_NW_026527980v1_random	89

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	213103836	1	5034	147.84	123

Files

Filename	Size	md5
P0066_3.h5ad.gz	2.0 GB	29488e73f07e2c3707b2d3e3a2bd03d2
P0066_3.h5ad.gz.tbi	1.01 MB	8e1552b91aeaa048403f925faf6239c2
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	984f9ef8947fd708055082b19af9d1bf
statistics/