Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0066_3content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0066_3
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0066_3 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0066_3 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			ACGTACCCACGTTACA-P0066_3, AACCGCTCAGTTTACG-P0066_3, AAACGCGCATAAGTCT-P0066_3, GGGAATATCCTAAGAC-P0066_3, CCAAACCCAACATAAG-P0066_3 (top 5 of 7445 values)
count	int	count			[1, 1]	n 353,683,184 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	353683184
chr1	28098866
chr2	23438956
chr3	17140495
chr4	19150254
chr5	28864450
chr6	18292200
chr7	23150059
chr8	13986812
chr9	17562029
chr10	18977531
chr11	18797928
chr12	18303521
chr13	13731057
chr14	13413557
chr15	13856372
chr16	10677642
chr17	7966139
chr18	6759679
chr19	7328435
chr20	6861435
chr21	5205755
chr22	13313315
chrUn_NW_026528016v1	33
chrUn_NW_026528017v1	133
chrUn_NW_026528021v1	1246
chrUn_NW_026528026v1	784
chrUn_NW_026528029v1	964
chrUn_NW_026528038v1	1007
chrUn_NW_026528039v1	1188
chrUn_NW_026528065v1	436
chrUn_NW_026528075v1	247
chrUn_NW_026528103v1	67
chrUn_NW_026528123v1	8
chrUn_NW_026528125v1	86
chrUn_NW_026528140v1	966
chrUn_NW_026528210v1	208
chrUn_NW_026528215v1	256
chrUn_NW_026528217v1	3
chrUn_NW_026528218v1	18
chrUn_NW_026528219v1	14
chrUn_NW_026528220v1	2
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	8
chrUn_NW_026528224v1	12
chrUn_NW_026528225v1	100
chrUn_NW_026528226v1	238
chrUn_NW_026528228v1	254
chrUn_NW_026528230v1	397
chrUn_NW_026528232v1	3254
chrUn_NW_026528259v1	5
chrUn_NW_026528278v1	1025
chrUn_NW_026528285v1	81
chrUn_NW_026528292v1	26
chrUn_NW_026528295v1	350
chrUn_NW_026528296v1	23483
chrUn_NW_026528310v1	184
chrUn_NW_026528320v1	33
chrUn_NW_026528327v1	31
chrUn_NW_026528332v1	33
chrUn_NW_026528335v1	12
chrUn_NW_026528338v1	55
chrUn_NW_026528339v1	64
chrUn_NW_026528345v1	52
chrUn_NW_026528347v1	10
chrUn_NW_026528350v1	51
chrUn_NW_026528353v1	53
chrUn_NW_026528356v1	40
chrUn_NW_026528358v1	10
chrUn_NW_026528360v1	4
chrUn_NW_026528363v1	327
chrUn_NW_026528370v1	263
chrUn_NW_026528371v1	1781
chrUn_NW_026528372v1	625
chrUn_NW_026528373v1	1942
chrUn_NW_026528378v1	8
chrUn_NW_026528380v1	12
chrUn_NW_026528382v1	6
chrUn_NW_026528384v1	25
chrUn_NW_026528385v1	52
chrUn_NW_026528390v1	37
chrUn_NW_026528393v1	17
chrUn_NW_026528396v1	6
chrUn_NW_026528397v1	35
chrUn_NW_026528402v1	2
chrUn_NW_026528403v1	7
chrUn_NW_026528404v1	2
chrUn_NW_026528408v1	4
chrUn_NW_026528409v1	20
chrUn_NW_026528412v1	12
chrUn_NW_026528413v1	5
chrUn_NW_026528416v1	9
chrUn_NW_026528419v1	4
chrUn_NW_026528420v1	3
chrUn_NW_026528423v1	95
chrUn_NW_026528431v1	493
chrUn_NW_026528432v1	889
chrUn_NW_026528433v1	8160
chrUn_NW_026528440v1	7
chrUn_NW_026528471v1	2
chrUn_NW_026528480v1	750
chrUn_NW_026528558v1	2149
chrUn_NW_026528559v1	81
chrUn_NW_026528561v1	1
chrUn_NW_026528588v1	15
chrUn_NW_026528589v1	19
chrUn_NW_026528590v1	1899
chrUn_NW_026528596v1	3381
chrUn_NW_026528609v1	38
chrUn_NW_026528611v1	26
chrUn_NW_026528615v1	21
chrUn_NW_026528621v1	490
chrUn_NW_026528631v1	175
chrUn_NW_026528634v1	374
chrUn_NW_026528635v1	6
chrUn_NW_026528644v1	6
chrUn_NW_026528650v1	34
chrUn_NW_026528656v1	8
chrUn_NW_026528660v1	3
chrUn_NW_026528661v1	34
chrUn_NW_026528668v1	25
chrUn_NW_026528670v1	3
chrUn_NW_026528677v1	43
chrUn_NW_026528708v1	8
chrUn_NW_026528719v1	745
chrUn_NW_026528737v1	48
chrUn_NW_026528739v1	6
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528741v1	2
chrUn_NW_026528745v1	35
chrUn_NW_026528748v1	4
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	23
chrUn_NW_026528752v1	2
chrUn_NW_026528754v1	16
chrUn_NW_026528755v1	171
chrUn_NW_026528772v1	25
chrUn_NW_026528775v1	22
chrUn_NW_026528777v1	4
chrUn_NW_026528784v1	21
chrUn_NW_026528785v1	21
chrUn_NW_026528786v1	22
chrUn_NW_026528788v1	15
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528793v1	214
chrUn_NW_026528795v1	186
chrUn_NW_026528796v1	411
chrUn_NW_026528797v1	6644
chrUn_NW_026528798v1	2256
chrUn_NW_026528799v1	549
chrUn_NW_026528880v1	57
chrUn_NW_026528882v1	14
chrUn_NW_026528883v1	3
chrUn_NW_026528884v1	15
chrUn_NW_026528885v1	8
chrUn_NW_026528886v1	1
chrUn_NW_026528887v1	120
chrUn_NW_026528888v1	34
chrUn_NW_026528889v1	20
chrUn_NW_026528891v1	79
chrUn_NW_026528893v1	4
chrUn_NW_026528894v1	739
chrUn_NW_026528899v1	31
chrUn_NW_026528900v1	232
chrUn_NW_026528902v1	241
chrUn_NW_026528903v1	1707
chrUn_NW_026528917v1	416
chrUn_NW_026528926v1	160
chrUn_NW_026528928v1	1422
chrUn_NW_026528937v1	68
chrUn_NW_026528938v1	9
chrUn_NW_026528950v1	24
chrUn_NW_026528952v1	25
chrUn_NW_026528957v1	1127
chrUn_NW_026528960v1	600
chrUn_NW_026528975v1	240
chrUn_NW_026528984v1	75
chrUn_NW_026528985v1	15
chrUn_NW_026528986v1	4
chrUn_NW_026528987v1	11
chrUn_NW_026528988v1	200
chrUn_NW_026528989v1	25
chrUn_NW_026528990v1	2
chrUn_NW_026528992v1	5
chrUn_NW_026528994v1	1
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	71
chrUn_NW_026529007v1	870
chrUn_NW_026529008v1	8990
chrUn_NW_026529013v1	104
chrUn_NW_026529015v1	199
chrUn_NW_026529016v1	1578
chrUn_NW_026529060v1	3012
chrUn_NW_026529081v1	354
chrUn_NW_026529085v1	1017
chrX	8623518
chrX_NW_026527892v1_random	718
chrX_NW_026527894v1_random	1775
chrX_NW_026527897v1_random	328
chrY	43473
chrY_NW_026527911v1_random	48
chrY_NW_026527913v1_random	173
chrY_NW_026527914v1_random	1073
chrY_NW_026527915v1_random	6
chrY_NW_026527916v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	49
chrY_NW_026527927v1_random	14
chrY_NW_026527932v1_random	16
chrY_NW_026527938v1_random	828
chrY_NW_026527939v1_random	50
chrY_NW_026527942v1_random	7
chrY_NW_026527949v1_random	4028
chrY_NW_026527950v1_random	2103
chrY_NW_026527951v1_random	177
chrY_NW_026527955v1_random	157
chrY_NW_026527956v1_random	5657
chrY_NW_026527958v1_random	2443
chrY_NW_026527960v1_random	118
chrY_NW_026527961v1_random	528
chrY_NW_026527966v1_random	19157
chrY_NW_026527967v1_random	346
chrY_NW_026527968v1_random	2388
chrY_NW_026527969v1_random	22
chrY_NW_026527980v1_random	149

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	353683184	1	5037	151.45	132

Files

Filename	Size	md5
P0066_3.gz	3.3 GB	5170c98436036ead4c8162a0221f4973
P0066_3.gz.tbi	1.3 MB	fe5229f1d8b707baebf2aa17fabdffe2
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	4dd4417a701d7df1d7b695f497dab9e3
statistics/