Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0067_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0067_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0067_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0067_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AAGCGAGGTATTGGAT-P0067_1, TTATAGCCATAAACCT-P0067_1, TTCAACCGTCACGGAT-P0067_1, TTTGGTAAGTTTAACG-P0067_1, GAGGAGGCATTGTGGC-P0067_1 (top 5 of 7333 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
178,322,146
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 178322146
chr1 13830330
chr2 11465573
chr3 8129063
chr4 9787643
chr5 14883138
chr6 8522739
chr7 11722655
chr8 7062940
chr9 8997653
chr10 9975388
chr11 9737616
chr12 9640902
chr13 6730203
chr14 6967683
chr15 7199870
chr16 5022516
chr17 3882604
chr18 3483625
chr19 3849021
chr20 3528303
chr21 2514997
chr22 7850522
chrUn_NW_026528016v1 13
chrUn_NW_026528017v1 268
chrUn_NW_026528021v1 737
chrUn_NW_026528026v1 192
chrUn_NW_026528029v1 560
chrUn_NW_026528038v1 454
chrUn_NW_026528039v1 697
chrUn_NW_026528065v1 264
chrUn_NW_026528075v1 97
chrUn_NW_026528103v1 29
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 49
chrUn_NW_026528140v1 307
chrUn_NW_026528210v1 68
chrUn_NW_026528215v1 117
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 17
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 48
chrUn_NW_026528226v1 88
chrUn_NW_026528228v1 131
chrUn_NW_026528230v1 145
chrUn_NW_026528232v1 2164
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 734
chrUn_NW_026528285v1 50
chrUn_NW_026528292v1 21
chrUn_NW_026528295v1 86
chrUn_NW_026528296v1 11936
chrUn_NW_026528310v1 56
chrUn_NW_026528320v1 18
chrUn_NW_026528327v1 14
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 12
chrUn_NW_026528339v1 12
chrUn_NW_026528345v1 7
chrUn_NW_026528347v1 12
chrUn_NW_026528350v1 12
chrUn_NW_026528353v1 11
chrUn_NW_026528356v1 16
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 92
chrUn_NW_026528370v1 150
chrUn_NW_026528371v1 1062
chrUn_NW_026528372v1 170
chrUn_NW_026528373v1 502
chrUn_NW_026528378v1 7
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 17
chrUn_NW_026528385v1 29
chrUn_NW_026528390v1 21
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528396v1 6
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 5
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 35
chrUn_NW_026528431v1 195
chrUn_NW_026528432v1 298
chrUn_NW_026528433v1 3283
chrUn_NW_026528480v1 268
chrUn_NW_026528558v1 998
chrUn_NW_026528559v1 53
chrUn_NW_026528561v1 247
chrUn_NW_026528588v1 19
chrUn_NW_026528589v1 14
chrUn_NW_026528590v1 836
chrUn_NW_026528596v1 1657
chrUn_NW_026528609v1 27
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 10
chrUn_NW_026528621v1 60
chrUn_NW_026528631v1 512
chrUn_NW_026528634v1 119
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 5
chrUn_NW_026528650v1 15
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 12
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 347
chrUn_NW_026528737v1 46
chrUn_NW_026528739v1 12
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 17
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 52
chrUn_NW_026528772v1 13
chrUn_NW_026528775v1 3
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 16
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528793v1 59
chrUn_NW_026528795v1 44
chrUn_NW_026528796v1 112
chrUn_NW_026528797v1 1654
chrUn_NW_026528798v1 1634
chrUn_NW_026528799v1 451
chrUn_NW_026528880v1 20
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 76
chrUn_NW_026528888v1 16
chrUn_NW_026528889v1 14
chrUn_NW_026528891v1 43
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 349
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 14
chrUn_NW_026528900v1 196
chrUn_NW_026528902v1 134
chrUn_NW_026528903v1 466
chrUn_NW_026528917v1 196
chrUn_NW_026528926v1 43
chrUn_NW_026528928v1 462
chrUn_NW_026528937v1 56
chrUn_NW_026528938v1 9
chrUn_NW_026528950v1 14
chrUn_NW_026528952v1 8
chrUn_NW_026528957v1 548
chrUn_NW_026528960v1 680
chrUn_NW_026528975v1 84
chrUn_NW_026528984v1 53
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 10
chrUn_NW_026528988v1 87
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 16
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 15
chrUn_NW_026529007v1 389
chrUn_NW_026529008v1 2841
chrUn_NW_026529013v1 37
chrUn_NW_026529015v1 61
chrUn_NW_026529016v1 542
chrUn_NW_026529060v1 1916
chrUn_NW_026529081v1 294
chrUn_NW_026529085v1 1098
chrX 3409555
chrX_NW_026527892v1_random 187
chrX_NW_026527894v1_random 537
chrX_NW_026527897v1_random 72
chrY 63978
chrY_NW_026527906v1_random 10
chrY_NW_026527909v1_random 42
chrY_NW_026527911v1_random 258
chrY_NW_026527913v1_random 230
chrY_NW_026527914v1_random 209
chrY_NW_026527915v1_random 16
chrY_NW_026527916v1_random 63
chrY_NW_026527918v1_random 33
chrY_NW_026527919v1_random 285
chrY_NW_026527927v1_random 26
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 102
chrY_NW_026527938v1_random 224
chrY_NW_026527939v1_random 14
chrY_NW_026527942v1_random 290
chrY_NW_026527945v1_random 13
chrY_NW_026527948v1_random 63
chrY_NW_026527949v1_random 142
chrY_NW_026527950v1_random 794
chrY_NW_026527951v1_random 77
chrY_NW_026527955v1_random 105
chrY_NW_026527956v1_random 1564
chrY_NW_026527958v1_random 596
chrY_NW_026527960v1_random 47
chrY_NW_026527961v1_random 161
chrY_NW_026527966v1_random 10493
chrY_NW_026527967v1_random 180
chrY_NW_026527968v1_random 976
chrY_NW_026527969v1_random 145
chrY_NW_026527974v1_random 48
chrY_NW_026527980v1_random 28

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 178322146 1 5041 125.72 92
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0067_1.h5ad.gz 1.67 GB d959c5a8e93c1e9836e0c5fe46c707a5
P0067_1.h5ad.gz.tbi 940.72 KB 0ca78d13ed9018cd5121accd0553239b
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 79f683c4f6633d9564ebce54cb34f242
statistics/