Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0067_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0067_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0067_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0067_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AGCCAGTGTTGCACGG-P0067_1, TATTGACCATGACTAT-P0067_1, GATTCCTGTTAATGCG-P0067_1, AAGCGAGGTATTGGAT-P0067_1, TCCATGCTCATGGTGT-P0067_1 (top 5 of 8234 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
208,298,999
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 208298999
chr1 16216168
chr2 13505277
chr3 9545199
chr4 11414349
chr5 17377191
chr6 10114690
chr7 13663016
chr8 8230276
chr9 10497389
chr10 11528318
chr11 11303815
chr12 11236359
chr13 7869896
chr14 8107562
chr15 8427777
chr16 5947681
chr17 4554067
chr18 4053118
chr19 4494129
chr20 4089119
chr21 2942338
chr22 9032151
chrUn_NW_026528016v1 18
chrUn_NW_026528017v1 335
chrUn_NW_026528021v1 854
chrUn_NW_026528026v1 290
chrUn_NW_026528029v1 650
chrUn_NW_026528038v1 538
chrUn_NW_026528039v1 840
chrUn_NW_026528065v1 310
chrUn_NW_026528075v1 111
chrUn_NW_026528103v1 45
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 58
chrUn_NW_026528140v1 396
chrUn_NW_026528210v1 82
chrUn_NW_026528215v1 148
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 21
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 5
chrUn_NW_026528225v1 58
chrUn_NW_026528226v1 98
chrUn_NW_026528228v1 170
chrUn_NW_026528230v1 175
chrUn_NW_026528232v1 2342
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 889
chrUn_NW_026528285v1 60
chrUn_NW_026528292v1 24
chrUn_NW_026528295v1 112
chrUn_NW_026528296v1 13634
chrUn_NW_026528310v1 73
chrUn_NW_026528320v1 19
chrUn_NW_026528327v1 19
chrUn_NW_026528332v1 5
chrUn_NW_026528335v1 12
chrUn_NW_026528338v1 17
chrUn_NW_026528339v1 12
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 12
chrUn_NW_026528350v1 17
chrUn_NW_026528353v1 22
chrUn_NW_026528356v1 21
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 120
chrUn_NW_026528370v1 175
chrUn_NW_026528371v1 1191
chrUn_NW_026528372v1 226
chrUn_NW_026528373v1 599
chrUn_NW_026528378v1 7
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 22
chrUn_NW_026528385v1 35
chrUn_NW_026528390v1 29
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528396v1 8
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 10
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 5
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 42
chrUn_NW_026528431v1 244
chrUn_NW_026528432v1 370
chrUn_NW_026528433v1 3698
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 334
chrUn_NW_026528558v1 1228
chrUn_NW_026528559v1 65
chrUn_NW_026528561v1 378
chrUn_NW_026528588v1 21
chrUn_NW_026528589v1 21
chrUn_NW_026528590v1 1017
chrUn_NW_026528596v1 1980
chrUn_NW_026528609v1 33
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 70
chrUn_NW_026528631v1 557
chrUn_NW_026528634v1 141
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 18
chrUn_NW_026528656v1 5
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 11
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 13
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 478
chrUn_NW_026528737v1 50
chrUn_NW_026528739v1 15
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 19
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 63
chrUn_NW_026528772v1 15
chrUn_NW_026528775v1 7
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 12
chrUn_NW_026528785v1 7
chrUn_NW_026528786v1 22
chrUn_NW_026528788v1 7
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528793v1 75
chrUn_NW_026528795v1 60
chrUn_NW_026528796v1 143
chrUn_NW_026528797v1 2107
chrUn_NW_026528798v1 1773
chrUn_NW_026528799v1 483
chrUn_NW_026528880v1 25
chrUn_NW_026528882v1 9
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 91
chrUn_NW_026528888v1 18
chrUn_NW_026528889v1 19
chrUn_NW_026528891v1 53
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 399
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 14
chrUn_NW_026528900v1 232
chrUn_NW_026528902v1 158
chrUn_NW_026528903v1 631
chrUn_NW_026528917v1 237
chrUn_NW_026528926v1 57
chrUn_NW_026528928v1 580
chrUn_NW_026528937v1 59
chrUn_NW_026528938v1 11
chrUn_NW_026528950v1 17
chrUn_NW_026528952v1 9
chrUn_NW_026528957v1 696
chrUn_NW_026528960v1 719
chrUn_NW_026528975v1 106
chrUn_NW_026528984v1 66
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 12
chrUn_NW_026528988v1 104
chrUn_NW_026528989v1 6
chrUn_NW_026528992v1 22
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 21
chrUn_NW_026529007v1 453
chrUn_NW_026529008v1 3481
chrUn_NW_026529013v1 43
chrUn_NW_026529015v1 81
chrUn_NW_026529016v1 674
chrUn_NW_026529060v1 2157
chrUn_NW_026529081v1 446
chrUn_NW_026529085v1 1537
chrX 3998428
chrX_NW_026527892v1_random 262
chrX_NW_026527894v1_random 631
chrX_NW_026527897v1_random 94
chrY 75787
chrY_NW_026527906v1_random 14
chrY_NW_026527909v1_random 57
chrY_NW_026527911v1_random 298
chrY_NW_026527913v1_random 281
chrY_NW_026527914v1_random 261
chrY_NW_026527915v1_random 18
chrY_NW_026527916v1_random 80
chrY_NW_026527918v1_random 47
chrY_NW_026527919v1_random 329
chrY_NW_026527927v1_random 29
chrY_NW_026527928v1_random 7
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 117
chrY_NW_026527938v1_random 297
chrY_NW_026527939v1_random 19
chrY_NW_026527942v1_random 380
chrY_NW_026527945v1_random 18
chrY_NW_026527948v1_random 72
chrY_NW_026527949v1_random 163
chrY_NW_026527950v1_random 922
chrY_NW_026527951v1_random 91
chrY_NW_026527955v1_random 127
chrY_NW_026527956v1_random 1699
chrY_NW_026527958v1_random 656
chrY_NW_026527960v1_random 57
chrY_NW_026527961v1_random 201
chrY_NW_026527966v1_random 11999
chrY_NW_026527967v1_random 227
chrY_NW_026527968v1_random 1276
chrY_NW_026527969v1_random 162
chrY_NW_026527974v1_random 60
chrY_NW_026527980v1_random 35

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 208298999 1 5041 126.36 92
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0067_1.gz 1.96 GB 59e6352e3699fec04fafb579fc4474fd
P0067_1.gz.tbi 1006.78 KB 3713b26be3e00c88f988fad3e7cf3ef9
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB eb5dbe59280fd56b916d2a9d9caec543
statistics/