Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0067_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0067_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0067_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0067_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CGAAGGCCAAGCGATG-P0067_2, GGAATCTTCATCACTT-P0067_2, CGCCTCATCAGGAACA-P0067_2, AAGTGTTGTGTCCAGG-P0067_2, TGCACTTGTTCCGCAC-P0067_2 (top 5 of 3778 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
143,823,058
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 143823058
chr1 11147734
chr2 9281901
chr3 6697568
chr4 7938280
chr5 11878086
chr6 6939419
chr7 9360227
chr8 5781431
chr9 7260579
chr10 7981225
chr11 7796238
chr12 7717444
chr13 5434613
chr14 5596143
chr15 5794235
chr16 4136209
chr17 3160160
chr18 2818667
chr19 3095368
chr20 2838447
chr21 2024254
chr22 6242526
chrUn_NW_026528016v1 10
chrUn_NW_026528017v1 204
chrUn_NW_026528021v1 568
chrUn_NW_026528026v1 180
chrUn_NW_026528029v1 365
chrUn_NW_026528038v1 414
chrUn_NW_026528039v1 634
chrUn_NW_026528065v1 211
chrUn_NW_026528075v1 99
chrUn_NW_026528103v1 22
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 25
chrUn_NW_026528140v1 320
chrUn_NW_026528210v1 71
chrUn_NW_026528215v1 114
chrUn_NW_026528218v1 3
chrUn_NW_026528219v1 14
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 12
chrUn_NW_026528225v1 46
chrUn_NW_026528226v1 70
chrUn_NW_026528228v1 81
chrUn_NW_026528230v1 98
chrUn_NW_026528232v1 1555
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 618
chrUn_NW_026528285v1 40
chrUn_NW_026528292v1 9
chrUn_NW_026528295v1 84
chrUn_NW_026528296v1 9443
chrUn_NW_026528310v1 46
chrUn_NW_026528320v1 10
chrUn_NW_026528327v1 15
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 5
chrUn_NW_026528338v1 11
chrUn_NW_026528339v1 18
chrUn_NW_026528345v1 4
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 12
chrUn_NW_026528353v1 15
chrUn_NW_026528356v1 14
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 88
chrUn_NW_026528370v1 128
chrUn_NW_026528371v1 812
chrUn_NW_026528372v1 158
chrUn_NW_026528373v1 330
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528384v1 21
chrUn_NW_026528385v1 29
chrUn_NW_026528390v1 31
chrUn_NW_026528393v1 6
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 4
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 10
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 31
chrUn_NW_026528431v1 161
chrUn_NW_026528432v1 283
chrUn_NW_026528433v1 2760
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 227
chrUn_NW_026528558v1 922
chrUn_NW_026528559v1 46
chrUn_NW_026528561v1 290
chrUn_NW_026528588v1 18
chrUn_NW_026528589v1 21
chrUn_NW_026528590v1 870
chrUn_NW_026528596v1 1320
chrUn_NW_026528609v1 17
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 6
chrUn_NW_026528621v1 39
chrUn_NW_026528631v1 375
chrUn_NW_026528634v1 113
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 8
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 6
chrUn_NW_026528677v1 7
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 293
chrUn_NW_026528737v1 58
chrUn_NW_026528739v1 14
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 14
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 56
chrUn_NW_026528772v1 8
chrUn_NW_026528775v1 5
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 3
chrUn_NW_026528785v1 2
chrUn_NW_026528786v1 18
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 48
chrUn_NW_026528795v1 45
chrUn_NW_026528796v1 94
chrUn_NW_026528797v1 1297
chrUn_NW_026528798v1 1446
chrUn_NW_026528799v1 370
chrUn_NW_026528880v1 26
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 55
chrUn_NW_026528888v1 15
chrUn_NW_026528889v1 8
chrUn_NW_026528891v1 38
chrUn_NW_026528893v1 4
chrUn_NW_026528894v1 309
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 16
chrUn_NW_026528900v1 156
chrUn_NW_026528902v1 119
chrUn_NW_026528903v1 411
chrUn_NW_026528917v1 136
chrUn_NW_026528926v1 32
chrUn_NW_026528928v1 426
chrUn_NW_026528937v1 35
chrUn_NW_026528938v1 13
chrUn_NW_026528950v1 14
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 536
chrUn_NW_026528960v1 578
chrUn_NW_026528975v1 68
chrUn_NW_026528984v1 32
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 8
chrUn_NW_026528988v1 74
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528992v1 9
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 13
chrUn_NW_026529007v1 315
chrUn_NW_026529008v1 2226
chrUn_NW_026529013v1 25
chrUn_NW_026529015v1 54
chrUn_NW_026529016v1 508
chrUn_NW_026529060v1 1470
chrUn_NW_026529081v1 260
chrUn_NW_026529085v1 886
chrX 2796371
chrX_NW_026527892v1_random 135
chrX_NW_026527894v1_random 421
chrX_NW_026527897v1_random 70
chrY 52855
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 49
chrY_NW_026527911v1_random 255
chrY_NW_026527913v1_random 167
chrY_NW_026527914v1_random 195
chrY_NW_026527915v1_random 15
chrY_NW_026527916v1_random 53
chrY_NW_026527918v1_random 30
chrY_NW_026527919v1_random 217
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 65
chrY_NW_026527938v1_random 227
chrY_NW_026527939v1_random 14
chrY_NW_026527942v1_random 308
chrY_NW_026527945v1_random 7
chrY_NW_026527948v1_random 62
chrY_NW_026527949v1_random 143
chrY_NW_026527950v1_random 645
chrY_NW_026527951v1_random 49
chrY_NW_026527955v1_random 99
chrY_NW_026527956v1_random 1452
chrY_NW_026527958v1_random 539
chrY_NW_026527960v1_random 29
chrY_NW_026527961v1_random 127
chrY_NW_026527966v1_random 9077
chrY_NW_026527967v1_random 168
chrY_NW_026527968v1_random 872
chrY_NW_026527969v1_random 89
chrY_NW_026527974v1_random 37
chrY_NW_026527980v1_random 27

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 143823058 1 5026 133.75 102
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0067_2.h5ad.gz 1.33 GB 2b898253315f01e25981991f58dc3a5d
P0067_2.h5ad.gz.tbi 853.83 KB 2e278fdbae91b8493e7119b5f6bce96a
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 4d3c1f0442b464f90fd58bd6267b2c6e
statistics/