Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0067_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0067_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0067_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0067_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCAGCAACATCGCTTT-P0067_2, TTGCAATCAGTAGCCT-P0067_2, CGAAGGCCAAGCGATG-P0067_2, GGAATCTTCATCACTT-P0067_2, CGCCTCATCAGGAACA-P0067_2 (top 5 of 4311 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
171,912,444
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 171912444
chr1 13372163
chr2 11179674
chr3 8031752
chr4 9478887
chr5 14170327
chr6 8415875
chr7 11219965
chr8 6880670
chr9 8669761
chr10 9444776
chr11 9265230
chr12 9197019
chr13 6504483
chr14 6667502
chr15 6942357
chr16 5014636
chr17 3793937
chr18 3360433
chr19 3694573
chr20 3361173
chr21 2427489
chr22 7335400
chrUn_NW_026528016v1 11
chrUn_NW_026528017v1 258
chrUn_NW_026528021v1 650
chrUn_NW_026528026v1 274
chrUn_NW_026528029v1 449
chrUn_NW_026528038v1 504
chrUn_NW_026528039v1 770
chrUn_NW_026528065v1 238
chrUn_NW_026528075v1 132
chrUn_NW_026528103v1 32
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 30
chrUn_NW_026528140v1 398
chrUn_NW_026528210v1 78
chrUn_NW_026528215v1 143
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 20
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 12
chrUn_NW_026528225v1 51
chrUn_NW_026528226v1 82
chrUn_NW_026528228v1 125
chrUn_NW_026528230v1 122
chrUn_NW_026528232v1 1781
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 742
chrUn_NW_026528285v1 48
chrUn_NW_026528292v1 12
chrUn_NW_026528295v1 110
chrUn_NW_026528296v1 11092
chrUn_NW_026528310v1 62
chrUn_NW_026528320v1 15
chrUn_NW_026528327v1 18
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 7
chrUn_NW_026528338v1 16
chrUn_NW_026528339v1 22
chrUn_NW_026528345v1 4
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 17
chrUn_NW_026528353v1 23
chrUn_NW_026528356v1 15
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 132
chrUn_NW_026528370v1 148
chrUn_NW_026528371v1 943
chrUn_NW_026528372v1 196
chrUn_NW_026528373v1 422
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528384v1 30
chrUn_NW_026528385v1 40
chrUn_NW_026528390v1 39
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 10
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 40
chrUn_NW_026528431v1 209
chrUn_NW_026528432v1 362
chrUn_NW_026528433v1 3129
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 306
chrUn_NW_026528558v1 1164
chrUn_NW_026528559v1 62
chrUn_NW_026528561v1 394
chrUn_NW_026528588v1 22
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 1035
chrUn_NW_026528596v1 1626
chrUn_NW_026528609v1 21
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 10
chrUn_NW_026528621v1 42
chrUn_NW_026528631v1 412
chrUn_NW_026528634v1 149
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 8
chrUn_NW_026528650v1 16
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 6
chrUn_NW_026528677v1 10
chrUn_NW_026528708v1 10
chrUn_NW_026528719v1 440
chrUn_NW_026528737v1 71
chrUn_NW_026528739v1 18
chrUn_NW_026528745v1 13
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 7
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 14
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 68
chrUn_NW_026528772v1 11
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528777v1 9
chrUn_NW_026528784v1 5
chrUn_NW_026528785v1 4
chrUn_NW_026528786v1 19
chrUn_NW_026528788v1 7
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 64
chrUn_NW_026528795v1 55
chrUn_NW_026528796v1 121
chrUn_NW_026528797v1 1745
chrUn_NW_026528798v1 1554
chrUn_NW_026528799v1 395
chrUn_NW_026528880v1 29
chrUn_NW_026528882v1 9
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528887v1 70
chrUn_NW_026528888v1 16
chrUn_NW_026528889v1 9
chrUn_NW_026528891v1 48
chrUn_NW_026528893v1 4
chrUn_NW_026528894v1 375
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 19
chrUn_NW_026528900v1 182
chrUn_NW_026528902v1 154
chrUn_NW_026528903v1 606
chrUn_NW_026528917v1 157
chrUn_NW_026528926v1 38
chrUn_NW_026528928v1 534
chrUn_NW_026528937v1 49
chrUn_NW_026528938v1 13
chrUn_NW_026528950v1 16
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 663
chrUn_NW_026528960v1 609
chrUn_NW_026528975v1 93
chrUn_NW_026528984v1 56
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 89
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 19
chrUn_NW_026529007v1 364
chrUn_NW_026529008v1 2842
chrUn_NW_026529013v1 31
chrUn_NW_026529015v1 61
chrUn_NW_026529016v1 636
chrUn_NW_026529060v1 1732
chrUn_NW_026529081v1 396
chrUn_NW_026529085v1 1340
chrX 3356255
chrX_NW_026527892v1_random 206
chrX_NW_026527894v1_random 516
chrX_NW_026527897v1_random 86
chrY 64118
chrY_NW_026527906v1_random 12
chrY_NW_026527909v1_random 59
chrY_NW_026527911v1_random 296
chrY_NW_026527913v1_random 218
chrY_NW_026527914v1_random 254
chrY_NW_026527915v1_random 18
chrY_NW_026527916v1_random 69
chrY_NW_026527918v1_random 38
chrY_NW_026527919v1_random 253
chrY_NW_026527927v1_random 43
chrY_NW_026527928v1_random 4
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 76
chrY_NW_026527938v1_random 284
chrY_NW_026527939v1_random 19
chrY_NW_026527942v1_random 400
chrY_NW_026527945v1_random 9
chrY_NW_026527948v1_random 78
chrY_NW_026527949v1_random 152
chrY_NW_026527950v1_random 813
chrY_NW_026527951v1_random 56
chrY_NW_026527955v1_random 124
chrY_NW_026527956v1_random 1591
chrY_NW_026527958v1_random 593
chrY_NW_026527960v1_random 40
chrY_NW_026527961v1_random 178
chrY_NW_026527966v1_random 10503
chrY_NW_026527967v1_random 221
chrY_NW_026527968v1_random 1155
chrY_NW_026527969v1_random 108
chrY_NW_026527974v1_random 51
chrY_NW_026527980v1_random 33

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 171912444 1 5026 134.5 102
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0067_2.gz 1.59 GB 76da4cb20e7d30f33d4e8d7a2a25db27
P0067_2.gz.tbi 924.37 KB 1a6a1ebc0b1f92ea06d50485a930e63e
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 2a248e80c01b13f069dbe034868f2094
statistics/