Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0067_3.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0067_3.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0067_3.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0067_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTTCCTTCATGAGTTT-P0067_3, CTCCTGAGTACAATGT-P0067_3, TTTCTCACAGGAACTG-P0067_3, CCGTTACTCAAACCTA-P0067_3, GATTAGTGTGCTAGCG-P0067_3 (top 5 of 3453 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
153,941,252
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 153941252
chr1 12005763
chr2 9939166
chr3 7049690
chr4 8526506
chr5 12797031
chr6 7450733
chr7 10116943
chr8 6106804
chr9 7717370
chr10 8610070
chr11 8416126
chr12 8276923
chr13 5827257
chr14 6019405
chr15 6191026
chr16 4358209
chr17 3364704
chr18 2993360
chr19 3319651
chr20 3042673
chr21 2176232
chr22 6568413
chrUn_NW_026528016v1 14
chrUn_NW_026528017v1 160
chrUn_NW_026528021v1 552
chrUn_NW_026528026v1 195
chrUn_NW_026528029v1 466
chrUn_NW_026528038v1 398
chrUn_NW_026528039v1 643
chrUn_NW_026528065v1 246
chrUn_NW_026528075v1 100
chrUn_NW_026528103v1 29
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 40
chrUn_NW_026528140v1 330
chrUn_NW_026528210v1 75
chrUn_NW_026528215v1 144
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 18
chrUn_NW_026528220v1 5
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 39
chrUn_NW_026528226v1 77
chrUn_NW_026528228v1 111
chrUn_NW_026528230v1 101
chrUn_NW_026528232v1 1545
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 604
chrUn_NW_026528285v1 44
chrUn_NW_026528292v1 11
chrUn_NW_026528295v1 107
chrUn_NW_026528296v1 10011
chrUn_NW_026528310v1 64
chrUn_NW_026528320v1 22
chrUn_NW_026528327v1 11
chrUn_NW_026528332v1 9
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 16
chrUn_NW_026528339v1 10
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 8
chrUn_NW_026528353v1 12
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528363v1 92
chrUn_NW_026528370v1 151
chrUn_NW_026528371v1 803
chrUn_NW_026528372v1 177
chrUn_NW_026528373v1 489
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 6
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 9
chrUn_NW_026528385v1 29
chrUn_NW_026528390v1 18
chrUn_NW_026528393v1 18
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 8
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 35
chrUn_NW_026528431v1 159
chrUn_NW_026528432v1 279
chrUn_NW_026528433v1 3056
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 189
chrUn_NW_026528558v1 1024
chrUn_NW_026528559v1 37
chrUn_NW_026528561v1 290
chrUn_NW_026528588v1 14
chrUn_NW_026528589v1 17
chrUn_NW_026528590v1 819
chrUn_NW_026528596v1 1477
chrUn_NW_026528609v1 21
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 10
chrUn_NW_026528621v1 57
chrUn_NW_026528631v1 391
chrUn_NW_026528634v1 122
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 7
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 7
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 10
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 303
chrUn_NW_026528737v1 59
chrUn_NW_026528739v1 18
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 7
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 9
chrUn_NW_026528755v1 57
chrUn_NW_026528772v1 6
chrUn_NW_026528775v1 1
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 19
chrUn_NW_026528788v1 4
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 61
chrUn_NW_026528795v1 37
chrUn_NW_026528796v1 90
chrUn_NW_026528797v1 1610
chrUn_NW_026528798v1 1388
chrUn_NW_026528799v1 438
chrUn_NW_026528880v1 22
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 89
chrUn_NW_026528888v1 17
chrUn_NW_026528889v1 9
chrUn_NW_026528891v1 27
chrUn_NW_026528893v1 6
chrUn_NW_026528894v1 273
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 11
chrUn_NW_026528900v1 153
chrUn_NW_026528902v1 121
chrUn_NW_026528903v1 427
chrUn_NW_026528917v1 161
chrUn_NW_026528926v1 33
chrUn_NW_026528928v1 496
chrUn_NW_026528937v1 48
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 20
chrUn_NW_026528952v1 11
chrUn_NW_026528957v1 610
chrUn_NW_026528960v1 592
chrUn_NW_026528975v1 70
chrUn_NW_026528984v1 37
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 3
chrUn_NW_026528988v1 71
chrUn_NW_026528989v1 7
chrUn_NW_026528992v1 7
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 17
chrUn_NW_026529007v1 429
chrUn_NW_026529008v1 2342
chrUn_NW_026529013v1 33
chrUn_NW_026529015v1 56
chrUn_NW_026529016v1 570
chrUn_NW_026529060v1 1442
chrUn_NW_026529081v1 228
chrUn_NW_026529085v1 964
chrX 2954642
chrX_NW_026527892v1_random 165
chrX_NW_026527894v1_random 489
chrX_NW_026527897v1_random 56
chrY 55008
chrY_NW_026527906v1_random 1
chrY_NW_026527909v1_random 35
chrY_NW_026527911v1_random 231
chrY_NW_026527913v1_random 173
chrY_NW_026527914v1_random 215
chrY_NW_026527915v1_random 11
chrY_NW_026527916v1_random 40
chrY_NW_026527918v1_random 27
chrY_NW_026527919v1_random 216
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 97
chrY_NW_026527938v1_random 222
chrY_NW_026527939v1_random 7
chrY_NW_026527942v1_random 221
chrY_NW_026527945v1_random 8
chrY_NW_026527948v1_random 62
chrY_NW_026527949v1_random 125
chrY_NW_026527950v1_random 737
chrY_NW_026527951v1_random 84
chrY_NW_026527955v1_random 88
chrY_NW_026527956v1_random 1627
chrY_NW_026527958v1_random 658
chrY_NW_026527960v1_random 48
chrY_NW_026527961v1_random 127
chrY_NW_026527966v1_random 10730
chrY_NW_026527967v1_random 157
chrY_NW_026527968v1_random 950
chrY_NW_026527969v1_random 118
chrY_NW_026527974v1_random 43
chrY_NW_026527980v1_random 30

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 153941252 1 5034 146.19 114
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0067_3.h5ad.gz 1.41 GB 5cb6d2f5ba137c5dc50fbcfd3378ba08
P0067_3.h5ad.gz.tbi 870.82 KB e2ab5c70f6ed6592d31f3307bf3006a4
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB b49fb9741ae6edf9264cfa3e04442a25
statistics/