Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0067_3content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0067_3
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0067_3
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0067_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTTCCTTCATGAGTTT-P0067_3, TATGACATCATGGTTA-P0067_3, CTCCTGAGTACAATGT-P0067_3, ATTAACCCAACACCTA-P0067_3, TTTCTCACAGGAACTG-P0067_3 (top 5 of 3877 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
182,005,443
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 182005443
chr1 14230867
chr2 11869099
chr3 8406698
chr4 10033542
chr5 15088132
chr6 8983152
chr7 11926120
chr8 7223478
chr9 9098657
chr10 10057101
chr11 9891109
chr12 9774445
chr13 6913902
chr14 7089695
chr15 7324446
chr16 5234660
chr17 4002574
chr18 3524606
chr19 3912116
chr20 3564336
chr21 2587039
chr22 7633236
chrUn_NW_026528016v1 17
chrUn_NW_026528017v1 197
chrUn_NW_026528021v1 631
chrUn_NW_026528026v1 288
chrUn_NW_026528029v1 556
chrUn_NW_026528038v1 487
chrUn_NW_026528039v1 775
chrUn_NW_026528065v1 291
chrUn_NW_026528075v1 126
chrUn_NW_026528103v1 37
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 50
chrUn_NW_026528140v1 406
chrUn_NW_026528210v1 79
chrUn_NW_026528215v1 172
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 18
chrUn_NW_026528220v1 6
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 6
chrUn_NW_026528225v1 57
chrUn_NW_026528226v1 88
chrUn_NW_026528228v1 162
chrUn_NW_026528230v1 157
chrUn_NW_026528232v1 1729
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 730
chrUn_NW_026528285v1 57
chrUn_NW_026528292v1 13
chrUn_NW_026528295v1 132
chrUn_NW_026528296v1 11573
chrUn_NW_026528310v1 79
chrUn_NW_026528320v1 25
chrUn_NW_026528327v1 14
chrUn_NW_026528332v1 11
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 21
chrUn_NW_026528339v1 19
chrUn_NW_026528345v1 10
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 13
chrUn_NW_026528353v1 18
chrUn_NW_026528356v1 12
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 121
chrUn_NW_026528370v1 177
chrUn_NW_026528371v1 926
chrUn_NW_026528372v1 231
chrUn_NW_026528373v1 591
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 9
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 15
chrUn_NW_026528385v1 42
chrUn_NW_026528390v1 24
chrUn_NW_026528393v1 20
chrUn_NW_026528396v1 7
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 8
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 46
chrUn_NW_026528431v1 201
chrUn_NW_026528432v1 363
chrUn_NW_026528433v1 3444
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 253
chrUn_NW_026528558v1 1265
chrUn_NW_026528559v1 44
chrUn_NW_026528561v1 418
chrUn_NW_026528588v1 17
chrUn_NW_026528589v1 23
chrUn_NW_026528590v1 1074
chrUn_NW_026528596v1 1754
chrUn_NW_026528609v1 34
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 11
chrUn_NW_026528621v1 63
chrUn_NW_026528631v1 430
chrUn_NW_026528634v1 155
chrUn_NW_026528635v1 5
chrUn_NW_026528644v1 5
chrUn_NW_026528650v1 8
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 12
chrUn_NW_026528708v1 8
chrUn_NW_026528719v1 442
chrUn_NW_026528737v1 66
chrUn_NW_026528739v1 28
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 65
chrUn_NW_026528772v1 6
chrUn_NW_026528775v1 3
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 12
chrUn_NW_026528785v1 6
chrUn_NW_026528786v1 23
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 72
chrUn_NW_026528795v1 52
chrUn_NW_026528796v1 119
chrUn_NW_026528797v1 2072
chrUn_NW_026528798v1 1496
chrUn_NW_026528799v1 454
chrUn_NW_026528880v1 28
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528887v1 110
chrUn_NW_026528888v1 18
chrUn_NW_026528889v1 9
chrUn_NW_026528891v1 35
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 347
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 16
chrUn_NW_026528900v1 182
chrUn_NW_026528902v1 147
chrUn_NW_026528903v1 598
chrUn_NW_026528917v1 193
chrUn_NW_026528926v1 44
chrUn_NW_026528928v1 606
chrUn_NW_026528937v1 66
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 24
chrUn_NW_026528952v1 11
chrUn_NW_026528957v1 770
chrUn_NW_026528960v1 617
chrUn_NW_026528975v1 86
chrUn_NW_026528984v1 51
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 88
chrUn_NW_026528989v1 7
chrUn_NW_026528992v1 9
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 25
chrUn_NW_026529007v1 491
chrUn_NW_026529008v1 2973
chrUn_NW_026529013v1 42
chrUn_NW_026529015v1 77
chrUn_NW_026529016v1 711
chrUn_NW_026529060v1 1645
chrUn_NW_026529081v1 343
chrUn_NW_026529085v1 1391
chrX 3501795
chrX_NW_026527892v1_random 237
chrX_NW_026527894v1_random 587
chrX_NW_026527897v1_random 70
chrY 65896
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 40
chrY_NW_026527911v1_random 270
chrY_NW_026527913v1_random 217
chrY_NW_026527914v1_random 288
chrY_NW_026527915v1_random 11
chrY_NW_026527916v1_random 49
chrY_NW_026527918v1_random 33
chrY_NW_026527919v1_random 249
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 112
chrY_NW_026527938v1_random 292
chrY_NW_026527939v1_random 7
chrY_NW_026527942v1_random 281
chrY_NW_026527945v1_random 10
chrY_NW_026527948v1_random 70
chrY_NW_026527949v1_random 143
chrY_NW_026527950v1_random 897
chrY_NW_026527951v1_random 108
chrY_NW_026527955v1_random 110
chrY_NW_026527956v1_random 1811
chrY_NW_026527958v1_random 736
chrY_NW_026527960v1_random 60
chrY_NW_026527961v1_random 167
chrY_NW_026527966v1_random 12443
chrY_NW_026527967v1_random 221
chrY_NW_026527968v1_random 1225
chrY_NW_026527969v1_random 130
chrY_NW_026527974v1_random 53
chrY_NW_026527980v1_random 35

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 182005443 1 5034 147.05 115
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0067_3.gz 1.67 GB 5da982977174664a7f63bb5b5293d3cb
P0067_3.gz.tbi 946.66 KB f15a4e737553c1c9ff1f21f91d9aa636
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB a37f1f4d9d57084efd56450d3a9789bc
statistics/