Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0067_4.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0067_4.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0067_4.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0067_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ACTAACCAGCCGCAGT-P0067_4, ACAGGTAAGCAGCTCA-P0067_4, GTTGGAGCAGGGAGCT-P0067_4, CCTATTTAGGATCACT-P0067_4, TTTGGCTGTCCTTAGT-P0067_4 (top 5 of 1815 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
70,073,960
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 70073960
chr1 5560876
chr2 4766981
chr3 3536112
chr4 3991493
chr5 5442647
chr6 3689535
chr7 4431583
chr8 2782581
chr9 3524287
chr10 3759607
chr11 3659137
chr12 3573766
chr13 2798783
chr14 2694406
chr15 2681096
chr16 2231525
chr17 1666146
chr18 1324106
chr19 1407101
chr20 1342258
chr21 1070957
chr22 2602391
chrUn_NW_026528016v1 11
chrUn_NW_026528017v1 224
chrUn_NW_026528021v1 289
chrUn_NW_026528026v1 269
chrUn_NW_026528029v1 175
chrUn_NW_026528038v1 200
chrUn_NW_026528039v1 312
chrUn_NW_026528065v1 70
chrUn_NW_026528075v1 115
chrUn_NW_026528103v1 45
chrUn_NW_026528123v1 6
chrUn_NW_026528125v1 61
chrUn_NW_026528140v1 237
chrUn_NW_026528210v1 40
chrUn_NW_026528215v1 141
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 8
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 4
chrUn_NW_026528225v1 33
chrUn_NW_026528226v1 62
chrUn_NW_026528228v1 87
chrUn_NW_026528230v1 131
chrUn_NW_026528232v1 549
chrUn_NW_026528278v1 210
chrUn_NW_026528285v1 14
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 103
chrUn_NW_026528296v1 4349
chrUn_NW_026528310v1 65
chrUn_NW_026528320v1 20
chrUn_NW_026528327v1 9
chrUn_NW_026528332v1 12
chrUn_NW_026528335v1 16
chrUn_NW_026528338v1 18
chrUn_NW_026528339v1 10
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 12
chrUn_NW_026528353v1 16
chrUn_NW_026528356v1 18
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 89
chrUn_NW_026528370v1 41
chrUn_NW_026528371v1 392
chrUn_NW_026528372v1 120
chrUn_NW_026528373v1 391
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 19
chrUn_NW_026528390v1 27
chrUn_NW_026528393v1 14
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 20
chrUn_NW_026528431v1 141
chrUn_NW_026528432v1 301
chrUn_NW_026528433v1 1308
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 267
chrUn_NW_026528558v1 1324
chrUn_NW_026528559v1 57
chrUn_NW_026528561v1 151
chrUn_NW_026528588v1 12
chrUn_NW_026528589v1 18
chrUn_NW_026528590v1 887
chrUn_NW_026528596v1 1372
chrUn_NW_026528609v1 12
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 15
chrUn_NW_026528621v1 33
chrUn_NW_026528631v1 113
chrUn_NW_026528634v1 92
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 14
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528668v1 6
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 7
chrUn_NW_026528708v1 7
chrUn_NW_026528719v1 304
chrUn_NW_026528737v1 40
chrUn_NW_026528739v1 22
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 5
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 7
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 6
chrUn_NW_026528755v1 45
chrUn_NW_026528772v1 9
chrUn_NW_026528775v1 2
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 5
chrUn_NW_026528785v1 7
chrUn_NW_026528786v1 14
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 49
chrUn_NW_026528795v1 38
chrUn_NW_026528796v1 76
chrUn_NW_026528797v1 1262
chrUn_NW_026528798v1 553
chrUn_NW_026528799v1 107
chrUn_NW_026528880v1 10
chrUn_NW_026528882v1 10
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 40
chrUn_NW_026528888v1 13
chrUn_NW_026528889v1 9
chrUn_NW_026528891v1 28
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 263
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 6
chrUn_NW_026528900v1 85
chrUn_NW_026528902v1 94
chrUn_NW_026528903v1 417
chrUn_NW_026528917v1 158
chrUn_NW_026528926v1 53
chrUn_NW_026528928v1 536
chrUn_NW_026528937v1 58
chrUn_NW_026528938v1 8
chrUn_NW_026528950v1 10
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 728
chrUn_NW_026528960v1 151
chrUn_NW_026528975v1 114
chrUn_NW_026528984v1 39
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 7
chrUn_NW_026528988v1 35
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 7
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 13
chrUn_NW_026529007v1 183
chrUn_NW_026529008v1 1615
chrUn_NW_026529013v1 35
chrUn_NW_026529015v1 61
chrUn_NW_026529016v1 676
chrUn_NW_026529060v1 581
chrUn_NW_026529081v1 212
chrUn_NW_026529085v1 548
chrX 1471543
chrX_NW_026527892v1_random 105
chrX_NW_026527894v1_random 201
chrX_NW_026527897v1_random 46
chrY 28454
chrY_NW_026527906v1_random 6
chrY_NW_026527909v1_random 41
chrY_NW_026527911v1_random 82
chrY_NW_026527913v1_random 117
chrY_NW_026527914v1_random 155
chrY_NW_026527915v1_random 10
chrY_NW_026527916v1_random 50
chrY_NW_026527918v1_random 31
chrY_NW_026527919v1_random 80
chrY_NW_026527927v1_random 15
chrY_NW_026527932v1_random 39
chrY_NW_026527938v1_random 276
chrY_NW_026527939v1_random 14
chrY_NW_026527942v1_random 261
chrY_NW_026527945v1_random 9
chrY_NW_026527948v1_random 40
chrY_NW_026527949v1_random 41
chrY_NW_026527950v1_random 593
chrY_NW_026527951v1_random 95
chrY_NW_026527955v1_random 108
chrY_NW_026527956v1_random 1337
chrY_NW_026527958v1_random 420
chrY_NW_026527960v1_random 38
chrY_NW_026527961v1_random 137
chrY_NW_026527966v1_random 6587
chrY_NW_026527967v1_random 115
chrY_NW_026527968v1_random 741
chrY_NW_026527969v1_random 40
chrY_NW_026527974v1_random 40
chrY_NW_026527980v1_random 33

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 70073960 1 5033 143.73 106
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0067_4.h5ad.gz 665.33 MB 36d3abdeb2e133713ff74222b238b4fc
P0067_4.h5ad.gz.tbi 654.62 KB e8408a35001261e72235adecf3c50e04
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 8b2ff4b8efbdf663614c8e7baa45de68
statistics/