Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0067_4content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0067_4
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0067_4
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0067_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ACTAACCAGCCGCAGT-P0067_4, ACAGGTAAGCAGCTCA-P0067_4, ATCCATAAGGACTTAC-P0067_4, AGCACTTAGCATGGTT-P0067_4, GGTTCCCGTTAGTACG-P0067_4 (top 5 of 5333 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
269,304,720
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 269304720
chr1 21676627
chr2 18604005
chr3 14483700
chr4 15207903
chr5 20573165
chr6 14561117
chr7 16917432
chr8 11070585
chr9 13304774
chr10 14007668
chr11 14054680
chr12 13437261
chr13 10860018
chr14 10444102
chr15 10284456
chr16 8699351
chr17 6451848
chr18 4917338
chr19 5408688
chr20 4891093
chr21 4226065
chr22 9080855
chrUn_NW_026528016v1 42
chrUn_NW_026528017v1 869
chrUn_NW_026528021v1 961
chrUn_NW_026528026v1 946
chrUn_NW_026528029v1 677
chrUn_NW_026528038v1 740
chrUn_NW_026528039v1 1189
chrUn_NW_026528065v1 298
chrUn_NW_026528075v1 423
chrUn_NW_026528103v1 129
chrUn_NW_026528123v1 13
chrUn_NW_026528125v1 201
chrUn_NW_026528140v1 922
chrUn_NW_026528210v1 175
chrUn_NW_026528215v1 540
chrUn_NW_026528217v1 5
chrUn_NW_026528218v1 17
chrUn_NW_026528219v1 37
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 7
chrUn_NW_026528222v1 13
chrUn_NW_026528224v1 21
chrUn_NW_026528225v1 167
chrUn_NW_026528226v1 151
chrUn_NW_026528228v1 318
chrUn_NW_026528230v1 538
chrUn_NW_026528232v1 2354
chrUn_NW_026528259v1 8
chrUn_NW_026528278v1 1011
chrUn_NW_026528285v1 65
chrUn_NW_026528292v1 17
chrUn_NW_026528295v1 457
chrUn_NW_026528296v1 15972
chrUn_NW_026528310v1 225
chrUn_NW_026528320v1 72
chrUn_NW_026528327v1 63
chrUn_NW_026528332v1 30
chrUn_NW_026528335v1 39
chrUn_NW_026528338v1 54
chrUn_NW_026528339v1 64
chrUn_NW_026528345v1 25
chrUn_NW_026528347v1 11
chrUn_NW_026528350v1 52
chrUn_NW_026528353v1 64
chrUn_NW_026528356v1 63
chrUn_NW_026528358v1 8
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 305
chrUn_NW_026528370v1 155
chrUn_NW_026528371v1 1370
chrUn_NW_026528372v1 564
chrUn_NW_026528373v1 1211
chrUn_NW_026528378v1 19
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 7
chrUn_NW_026528384v1 84
chrUn_NW_026528385v1 93
chrUn_NW_026528390v1 120
chrUn_NW_026528393v1 34
chrUn_NW_026528396v1 8
chrUn_NW_026528397v1 12
chrUn_NW_026528402v1 13
chrUn_NW_026528403v1 25
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 18
chrUn_NW_026528409v1 17
chrUn_NW_026528412v1 24
chrUn_NW_026528413v1 16
chrUn_NW_026528416v1 8
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 8
chrUn_NW_026528423v1 107
chrUn_NW_026528431v1 467
chrUn_NW_026528432v1 1190
chrUn_NW_026528433v1 3476
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 1036
chrUn_NW_026528558v1 4553
chrUn_NW_026528559v1 198
chrUn_NW_026528561v1 753
chrUn_NW_026528588v1 55
chrUn_NW_026528589v1 63
chrUn_NW_026528590v1 3848
chrUn_NW_026528596v1 5608
chrUn_NW_026528609v1 68
chrUn_NW_026528611v1 10
chrUn_NW_026528615v1 51
chrUn_NW_026528621v1 82
chrUn_NW_026528631v1 474
chrUn_NW_026528634v1 344
chrUn_NW_026528635v1 9
chrUn_NW_026528644v1 17
chrUn_NW_026528650v1 54
chrUn_NW_026528656v1 10
chrUn_NW_026528660v1 7
chrUn_NW_026528661v1 13
chrUn_NW_026528668v1 19
chrUn_NW_026528670v1 10
chrUn_NW_026528677v1 34
chrUn_NW_026528708v1 15
chrUn_NW_026528719v1 1144
chrUn_NW_026528737v1 130
chrUn_NW_026528739v1 87
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 44
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 30
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 21
chrUn_NW_026528754v1 10
chrUn_NW_026528755v1 235
chrUn_NW_026528772v1 30
chrUn_NW_026528775v1 26
chrUn_NW_026528777v1 21
chrUn_NW_026528784v1 23
chrUn_NW_026528785v1 29
chrUn_NW_026528786v1 76
chrUn_NW_026528788v1 23
chrUn_NW_026528791v1 5
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 200
chrUn_NW_026528795v1 120
chrUn_NW_026528796v1 341
chrUn_NW_026528797v1 4772
chrUn_NW_026528798v1 1311
chrUn_NW_026528799v1 282
chrUn_NW_026528880v1 54
chrUn_NW_026528882v1 36
chrUn_NW_026528883v1 5
chrUn_NW_026528884v1 18
chrUn_NW_026528885v1 12
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 193
chrUn_NW_026528888v1 43
chrUn_NW_026528889v1 47
chrUn_NW_026528891v1 124
chrUn_NW_026528893v1 34
chrUn_NW_026528894v1 913
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 39
chrUn_NW_026528900v1 362
chrUn_NW_026528902v1 409
chrUn_NW_026528903v1 2053
chrUn_NW_026528917v1 434
chrUn_NW_026528926v1 194
chrUn_NW_026528928v1 1999
chrUn_NW_026528937v1 249
chrUn_NW_026528938v1 41
chrUn_NW_026528950v1 45
chrUn_NW_026528952v1 30
chrUn_NW_026528957v1 2604
chrUn_NW_026528960v1 447
chrUn_NW_026528975v1 366
chrUn_NW_026528984v1 188
chrUn_NW_026528985v1 9
chrUn_NW_026528986v1 8
chrUn_NW_026528987v1 27
chrUn_NW_026528988v1 167
chrUn_NW_026528989v1 12
chrUn_NW_026528990v1 3
chrUn_NW_026528992v1 48
chrUn_NW_026528994v1 7
chrUn_NW_026528995v1 4
chrUn_NW_026528996v1 77
chrUn_NW_026529007v1 581
chrUn_NW_026529008v1 6256
chrUn_NW_026529013v1 134
chrUn_NW_026529015v1 272
chrUn_NW_026529016v1 2395
chrUn_NW_026529060v1 2233
chrUn_NW_026529081v1 1368
chrUn_NW_026529085v1 3318
chrX 5894519
chrX_NW_026527892v1_random 525
chrX_NW_026527894v1_random 1007
chrX_NW_026527897v1_random 211
chrY 116831
chrY_NW_026527906v1_random 34
chrY_NW_026527909v1_random 190
chrY_NW_026527911v1_random 415
chrY_NW_026527913v1_random 615
chrY_NW_026527914v1_random 719
chrY_NW_026527915v1_random 32
chrY_NW_026527916v1_random 207
chrY_NW_026527918v1_random 150
chrY_NW_026527919v1_random 355
chrY_NW_026527927v1_random 76
chrY_NW_026527928v1_random 12
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 200
chrY_NW_026527938v1_random 1015
chrY_NW_026527939v1_random 44
chrY_NW_026527942v1_random 1193
chrY_NW_026527945v1_random 61
chrY_NW_026527948v1_random 162
chrY_NW_026527949v1_random 166
chrY_NW_026527950v1_random 1817
chrY_NW_026527951v1_random 309
chrY_NW_026527955v1_random 444
chrY_NW_026527956v1_random 2707
chrY_NW_026527958v1_random 926
chrY_NW_026527960v1_random 210
chrY_NW_026527961v1_random 692
chrY_NW_026527966v1_random 17677
chrY_NW_026527967v1_random 735
chrY_NW_026527968v1_random 3649
chrY_NW_026527969v1_random 162
chrY_NW_026527974v1_random 187
chrY_NW_026527980v1_random 136

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 269304720 1 5036 151.7 120
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0067_4.gz 2.51 GB 9a442e982cbd42c7107e97370f5baf4c
P0067_4.gz.tbi 1.17 MB df8d7406ad9d77a72dc32db9cd87151b
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 4ae175b65d54bbe0589fee02b018f17a
statistics/