Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0067_5.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0067_5.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0067_5.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0067_5
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CTAGTGAGTTTCGCGC-P0067_5, AGCTAGTTCCCATAGG-P0067_5, TGCTCCGTCCAGGTCA-P0067_5, AGAATCGAGCATTAGC-P0067_5, TTCATCCCAAACCTTG-P0067_5 (top 5 of 2484 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
94,185,875
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 94185875
chr1 7486331
chr2 6371497
chr3 4699172
chr4 5325674
chr5 7476976
chr6 4828399
chr7 5957606
chr8 3780732
chr9 4634767
chr10 4998301
chr11 5036530
chr12 4836666
chr13 3672598
chr14 3641822
chr15 3663280
chr16 2935578
chr17 2214632
chr18 1789540
chr19 1919440
chr20 1807877
chr21 1442812
chr22 3588194
chrUn_NW_026528016v1 22
chrUn_NW_026528017v1 312
chrUn_NW_026528021v1 355
chrUn_NW_026528026v1 296
chrUn_NW_026528029v1 217
chrUn_NW_026528038v1 224
chrUn_NW_026528039v1 357
chrUn_NW_026528065v1 90
chrUn_NW_026528075v1 149
chrUn_NW_026528103v1 43
chrUn_NW_026528123v1 5
chrUn_NW_026528125v1 58
chrUn_NW_026528140v1 349
chrUn_NW_026528210v1 51
chrUn_NW_026528215v1 162
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 8
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 10
chrUn_NW_026528225v1 40
chrUn_NW_026528226v1 94
chrUn_NW_026528228v1 127
chrUn_NW_026528230v1 112
chrUn_NW_026528232v1 636
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 269
chrUn_NW_026528285v1 23
chrUn_NW_026528292v1 13
chrUn_NW_026528295v1 153
chrUn_NW_026528296v1 6043
chrUn_NW_026528310v1 78
chrUn_NW_026528320v1 16
chrUn_NW_026528327v1 18
chrUn_NW_026528332v1 13
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 17
chrUn_NW_026528339v1 21
chrUn_NW_026528345v1 13
chrUn_NW_026528347v1 9
chrUn_NW_026528350v1 18
chrUn_NW_026528353v1 26
chrUn_NW_026528356v1 17
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 116
chrUn_NW_026528370v1 69
chrUn_NW_026528371v1 515
chrUn_NW_026528372v1 162
chrUn_NW_026528373v1 496
chrUn_NW_026528378v1 7
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 11
chrUn_NW_026528385v1 32
chrUn_NW_026528390v1 29
chrUn_NW_026528393v1 12
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 9
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 8
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 50
chrUn_NW_026528431v1 168
chrUn_NW_026528432v1 404
chrUn_NW_026528433v1 1872
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 408
chrUn_NW_026528558v1 1629
chrUn_NW_026528559v1 66
chrUn_NW_026528561v1 191
chrUn_NW_026528588v1 21
chrUn_NW_026528589v1 13
chrUn_NW_026528590v1 1063
chrUn_NW_026528596v1 1649
chrUn_NW_026528609v1 13
chrUn_NW_026528611v1 7
chrUn_NW_026528615v1 18
chrUn_NW_026528621v1 37
chrUn_NW_026528631v1 135
chrUn_NW_026528634v1 139
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 9
chrUn_NW_026528650v1 23
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 9
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 411
chrUn_NW_026528737v1 57
chrUn_NW_026528739v1 30
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 15
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 13
chrUn_NW_026528752v1 11
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 85
chrUn_NW_026528772v1 15
chrUn_NW_026528775v1 5
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 5
chrUn_NW_026528785v1 8
chrUn_NW_026528786v1 21
chrUn_NW_026528788v1 7
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 46
chrUn_NW_026528795v1 43
chrUn_NW_026528796v1 95
chrUn_NW_026528797v1 1476
chrUn_NW_026528798v1 741
chrUn_NW_026528799v1 164
chrUn_NW_026528880v1 11
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 66
chrUn_NW_026528888v1 16
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 43
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 309
chrUn_NW_026528899v1 14
chrUn_NW_026528900v1 90
chrUn_NW_026528902v1 126
chrUn_NW_026528903v1 551
chrUn_NW_026528917v1 242
chrUn_NW_026528926v1 60
chrUn_NW_026528928v1 638
chrUn_NW_026528937v1 74
chrUn_NW_026528938v1 12
chrUn_NW_026528950v1 18
chrUn_NW_026528952v1 10
chrUn_NW_026528957v1 877
chrUn_NW_026528960v1 195
chrUn_NW_026528975v1 127
chrUn_NW_026528984v1 50
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 5
chrUn_NW_026528988v1 91
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 24
chrUn_NW_026529007v1 206
chrUn_NW_026529008v1 2204
chrUn_NW_026529013v1 33
chrUn_NW_026529015v1 83
chrUn_NW_026529016v1 815
chrUn_NW_026529060v1 795
chrUn_NW_026529081v1 308
chrUn_NW_026529085v1 719
chrX 1989351
chrX_NW_026527892v1_random 189
chrX_NW_026527894v1_random 300
chrX_NW_026527897v1_random 82
chrY 37964
chrY_NW_026527906v1_random 9
chrY_NW_026527909v1_random 37
chrY_NW_026527911v1_random 113
chrY_NW_026527913v1_random 173
chrY_NW_026527914v1_random 182
chrY_NW_026527915v1_random 13
chrY_NW_026527916v1_random 46
chrY_NW_026527918v1_random 41
chrY_NW_026527919v1_random 117
chrY_NW_026527927v1_random 15
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 53
chrY_NW_026527938v1_random 343
chrY_NW_026527939v1_random 13
chrY_NW_026527942v1_random 248
chrY_NW_026527945v1_random 13
chrY_NW_026527948v1_random 48
chrY_NW_026527949v1_random 36
chrY_NW_026527950v1_random 922
chrY_NW_026527951v1_random 80
chrY_NW_026527955v1_random 119
chrY_NW_026527956v1_random 1891
chrY_NW_026527958v1_random 762
chrY_NW_026527960v1_random 69
chrY_NW_026527961v1_random 212
chrY_NW_026527966v1_random 10525
chrY_NW_026527967v1_random 183
chrY_NW_026527968v1_random 1097
chrY_NW_026527969v1_random 59
chrY_NW_026527974v1_random 38
chrY_NW_026527980v1_random 43

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 94185875 1 5028 139.25 102
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0067_5.h5ad.gz 898.94 MB 9418f074325d72eb79758b8fe4c3a2b0
P0067_5.h5ad.gz.tbi 725.79 KB f81d8aa53c9307cfe69ffa3a161bee1d
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 68b4f6aa42f9ca88695b034c80fe6078
statistics/