Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0067_5content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0067_5
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0067_5
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0067_5
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TAGCGCGGTGACATGC-P0067_5, CTAGTGAGTTTCGCGC-P0067_5, AGCTAGTTCCCATAGG-P0067_5, GTTTGTTTCCTAGTTT-P0067_5, TGCTCCGTCCAGGTCA-P0067_5 (top 5 of 7104 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
332,692,808
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 332692808
chr1 26701621
chr2 22999176
chr3 17533240
chr4 18715914
chr5 25664180
chr6 17553746
chr7 21153540
chr8 13771263
chr9 16448093
chr10 17197970
chr11 17595920
chr12 16848020
chr13 13151934
chr14 12874605
chr15 12725260
chr16 10459325
chr17 7891645
chr18 6084699
chr19 6776523
chr20 6135800
chr21 5243178
chr22 11631989
chrUn_NW_026528016v1 53
chrUn_NW_026528017v1 1029
chrUn_NW_026528021v1 1277
chrUn_NW_026528026v1 1063
chrUn_NW_026528029v1 791
chrUn_NW_026528038v1 795
chrUn_NW_026528039v1 1440
chrUn_NW_026528065v1 409
chrUn_NW_026528075v1 545
chrUn_NW_026528103v1 142
chrUn_NW_026528123v1 14
chrUn_NW_026528125v1 208
chrUn_NW_026528140v1 1158
chrUn_NW_026528210v1 223
chrUn_NW_026528215v1 656
chrUn_NW_026528217v1 9
chrUn_NW_026528218v1 19
chrUn_NW_026528219v1 51
chrUn_NW_026528220v1 7
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 14
chrUn_NW_026528224v1 35
chrUn_NW_026528225v1 184
chrUn_NW_026528226v1 205
chrUn_NW_026528228v1 376
chrUn_NW_026528230v1 612
chrUn_NW_026528232v1 2723
chrUn_NW_026528259v1 18
chrUn_NW_026528278v1 1209
chrUn_NW_026528285v1 87
chrUn_NW_026528292v1 36
chrUn_NW_026528295v1 551
chrUn_NW_026528296v1 20227
chrUn_NW_026528310v1 247
chrUn_NW_026528320v1 66
chrUn_NW_026528327v1 65
chrUn_NW_026528332v1 36
chrUn_NW_026528335v1 49
chrUn_NW_026528338v1 79
chrUn_NW_026528339v1 81
chrUn_NW_026528345v1 28
chrUn_NW_026528347v1 23
chrUn_NW_026528350v1 50
chrUn_NW_026528353v1 88
chrUn_NW_026528356v1 63
chrUn_NW_026528358v1 10
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 379
chrUn_NW_026528370v1 234
chrUn_NW_026528371v1 1664
chrUn_NW_026528372v1 731
chrUn_NW_026528373v1 1467
chrUn_NW_026528378v1 14
chrUn_NW_026528380v1 14
chrUn_NW_026528381v1 4
chrUn_NW_026528382v1 9
chrUn_NW_026528384v1 79
chrUn_NW_026528385v1 123
chrUn_NW_026528390v1 150
chrUn_NW_026528393v1 40
chrUn_NW_026528396v1 9
chrUn_NW_026528397v1 10
chrUn_NW_026528402v1 14
chrUn_NW_026528403v1 23
chrUn_NW_026528404v1 4
chrUn_NW_026528408v1 26
chrUn_NW_026528409v1 15
chrUn_NW_026528412v1 29
chrUn_NW_026528413v1 18
chrUn_NW_026528416v1 7
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 9
chrUn_NW_026528423v1 153
chrUn_NW_026528431v1 593
chrUn_NW_026528432v1 1440
chrUn_NW_026528433v1 4703
chrUn_NW_026528440v1 8
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 1276
chrUn_NW_026528558v1 5445
chrUn_NW_026528559v1 203
chrUn_NW_026528561v1 851
chrUn_NW_026528588v1 69
chrUn_NW_026528589v1 65
chrUn_NW_026528590v1 4096
chrUn_NW_026528596v1 6700
chrUn_NW_026528609v1 79
chrUn_NW_026528611v1 16
chrUn_NW_026528615v1 66
chrUn_NW_026528621v1 93
chrUn_NW_026528631v1 594
chrUn_NW_026528634v1 351
chrUn_NW_026528635v1 7
chrUn_NW_026528644v1 28
chrUn_NW_026528650v1 72
chrUn_NW_026528656v1 7
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 11
chrUn_NW_026528668v1 25
chrUn_NW_026528670v1 14
chrUn_NW_026528677v1 29
chrUn_NW_026528708v1 20
chrUn_NW_026528719v1 1374
chrUn_NW_026528737v1 192
chrUn_NW_026528739v1 89
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 9
chrUn_NW_026528745v1 45
chrUn_NW_026528748v1 10
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 32
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 31
chrUn_NW_026528754v1 13
chrUn_NW_026528755v1 292
chrUn_NW_026528772v1 44
chrUn_NW_026528775v1 37
chrUn_NW_026528777v1 29
chrUn_NW_026528784v1 36
chrUn_NW_026528785v1 40
chrUn_NW_026528786v1 75
chrUn_NW_026528788v1 26
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 8
chrUn_NW_026528793v1 217
chrUn_NW_026528795v1 149
chrUn_NW_026528796v1 390
chrUn_NW_026528797v1 5509
chrUn_NW_026528798v1 1630
chrUn_NW_026528799v1 400
chrUn_NW_026528880v1 61
chrUn_NW_026528882v1 35
chrUn_NW_026528883v1 5
chrUn_NW_026528884v1 27
chrUn_NW_026528885v1 11
chrUn_NW_026528887v1 214
chrUn_NW_026528888v1 46
chrUn_NW_026528889v1 50
chrUn_NW_026528891v1 158
chrUn_NW_026528893v1 26
chrUn_NW_026528894v1 1016
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 54
chrUn_NW_026528900v1 421
chrUn_NW_026528902v1 443
chrUn_NW_026528903v1 2495
chrUn_NW_026528917v1 637
chrUn_NW_026528926v1 233
chrUn_NW_026528928v1 2381
chrUn_NW_026528937v1 288
chrUn_NW_026528938v1 43
chrUn_NW_026528950v1 69
chrUn_NW_026528952v1 33
chrUn_NW_026528957v1 3160
chrUn_NW_026528960v1 568
chrUn_NW_026528975v1 430
chrUn_NW_026528984v1 212
chrUn_NW_026528985v1 15
chrUn_NW_026528986v1 7
chrUn_NW_026528987v1 30
chrUn_NW_026528988v1 240
chrUn_NW_026528989v1 10
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 54
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 92
chrUn_NW_026529007v1 618
chrUn_NW_026529008v1 7493
chrUn_NW_026529013v1 154
chrUn_NW_026529015v1 324
chrUn_NW_026529016v1 2864
chrUn_NW_026529060v1 2718
chrUn_NW_026529081v1 1586
chrUn_NW_026529085v1 4147
chrX 7232999
chrX_NW_026527892v1_random 669
chrX_NW_026527894v1_random 1317
chrX_NW_026527897v1_random 275
chrY 140196
chrY_NW_026527906v1_random 37
chrY_NW_026527909v1_random 228
chrY_NW_026527911v1_random 509
chrY_NW_026527913v1_random 741
chrY_NW_026527914v1_random 837
chrY_NW_026527915v1_random 66
chrY_NW_026527916v1_random 194
chrY_NW_026527918v1_random 168
chrY_NW_026527919v1_random 460
chrY_NW_026527927v1_random 87
chrY_NW_026527928v1_random 8
chrY_NW_026527931v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 224
chrY_NW_026527938v1_random 1123
chrY_NW_026527939v1_random 40
chrY_NW_026527942v1_random 1179
chrY_NW_026527945v1_random 78
chrY_NW_026527948v1_random 205
chrY_NW_026527949v1_random 194
chrY_NW_026527950v1_random 2242
chrY_NW_026527951v1_random 347
chrY_NW_026527955v1_random 526
chrY_NW_026527956v1_random 3731
chrY_NW_026527958v1_random 1474
chrY_NW_026527960v1_random 244
chrY_NW_026527961v1_random 809
chrY_NW_026527966v1_random 24803
chrY_NW_026527967v1_random 910
chrY_NW_026527968v1_random 4393
chrY_NW_026527969v1_random 192
chrY_NW_026527974v1_random 198
chrY_NW_026527980v1_random 149

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 332692808 1 5041 146.94 114
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0067_5.gz 3.09 GB 6f4ddc55c5c071bbb57e7afcf434e486
P0067_5.gz.tbi 1.27 MB 0c9772aeb162537e27e902e30918760a
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 183eaed237dceb2d38c4be11fcf090f9
statistics/