Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0068_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0068_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0068_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0068_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AGCCAGTGTTAGAGCC-P0068_1, TGAGGAGGTGTTGCTT-P0068_1, ATTTGTGAGGGTGAAC-P0068_1, CCAACCAAGCTAATCA-P0068_1, AAGCGAATCATCACTT-P0068_1 (top 5 of 2363 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
70,324,546
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 70324546
chr1 5621843
chr2 4529096
chr3 3348042
chr4 3869253
chr5 5711713
chr6 3567775
chr7 4510989
chr8 2700614
chr9 3413636
chr10 3763640
chr11 3835347
chr12 3759414
chr13 2610124
chr14 2675982
chr15 2695032
chr16 2103413
chr17 1600413
chr18 1406847
chr19 1443489
chr20 1408490
chr21 1033361
chr22 3231561
chrUn_NW_026528016v1 17
chrUn_NW_026528017v1 373
chrUn_NW_026528021v1 317
chrUn_NW_026528026v1 229
chrUn_NW_026528029v1 220
chrUn_NW_026528038v1 150
chrUn_NW_026528039v1 220
chrUn_NW_026528065v1 126
chrUn_NW_026528075v1 84
chrUn_NW_026528103v1 17
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 39
chrUn_NW_026528140v1 360
chrUn_NW_026528210v1 33
chrUn_NW_026528215v1 122
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 7
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 31
chrUn_NW_026528226v1 85
chrUn_NW_026528228v1 55
chrUn_NW_026528230v1 93
chrUn_NW_026528232v1 324
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 259
chrUn_NW_026528285v1 12
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 95
chrUn_NW_026528296v1 5087
chrUn_NW_026528310v1 60
chrUn_NW_026528320v1 8
chrUn_NW_026528327v1 15
chrUn_NW_026528332v1 9
chrUn_NW_026528335v1 22
chrUn_NW_026528338v1 16
chrUn_NW_026528339v1 24
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 16
chrUn_NW_026528353v1 19
chrUn_NW_026528356v1 7
chrUn_NW_026528363v1 151
chrUn_NW_026528370v1 63
chrUn_NW_026528371v1 411
chrUn_NW_026528372v1 120
chrUn_NW_026528373v1 231
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 20
chrUn_NW_026528390v1 18
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 6
chrUn_NW_026528409v1 5
chrUn_NW_026528412v1 9
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 33
chrUn_NW_026528431v1 141
chrUn_NW_026528432v1 298
chrUn_NW_026528433v1 1805
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 310
chrUn_NW_026528558v1 854
chrUn_NW_026528559v1 71
chrUn_NW_026528561v1 84
chrUn_NW_026528588v1 14
chrUn_NW_026528589v1 11
chrUn_NW_026528590v1 744
chrUn_NW_026528596v1 1403
chrUn_NW_026528609v1 11
chrUn_NW_026528611v1 7
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 15
chrUn_NW_026528631v1 100
chrUn_NW_026528634v1 92
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 14
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 6
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 160
chrUn_NW_026528737v1 94
chrUn_NW_026528739v1 30
chrUn_NW_026528740v1 3
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 10
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 60
chrUn_NW_026528772v1 5
chrUn_NW_026528775v1 5
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 6
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 13
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 56
chrUn_NW_026528795v1 39
chrUn_NW_026528796v1 98
chrUn_NW_026528797v1 1426
chrUn_NW_026528798v1 559
chrUn_NW_026528799v1 110
chrUn_NW_026528880v1 19
chrUn_NW_026528882v1 3
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528886v1 2
chrUn_NW_026528887v1 42
chrUn_NW_026528888v1 25
chrUn_NW_026528889v1 6
chrUn_NW_026528891v1 25
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 371
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 7
chrUn_NW_026528900v1 71
chrUn_NW_026528902v1 66
chrUn_NW_026528903v1 411
chrUn_NW_026528917v1 237
chrUn_NW_026528926v1 37
chrUn_NW_026528928v1 341
chrUn_NW_026528937v1 35
chrUn_NW_026528938v1 8
chrUn_NW_026528950v1 13
chrUn_NW_026528952v1 3
chrUn_NW_026528957v1 473
chrUn_NW_026528960v1 151
chrUn_NW_026528975v1 49
chrUn_NW_026528984v1 18
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 64
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 9
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 16
chrUn_NW_026529007v1 175
chrUn_NW_026529008v1 1581
chrUn_NW_026529013v1 23
chrUn_NW_026529015v1 46
chrUn_NW_026529016v1 472
chrUn_NW_026529060v1 525
chrUn_NW_026529081v1 191
chrUn_NW_026529085v1 402
chrX 1411615
chrX_NW_026527892v1_random 93
chrX_NW_026527894v1_random 162
chrX_NW_026527897v1_random 33
chrY 30811
chrY_NW_026527906v1_random 8
chrY_NW_026527909v1_random 38
chrY_NW_026527911v1_random 86
chrY_NW_026527913v1_random 129
chrY_NW_026527914v1_random 124
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 58
chrY_NW_026527918v1_random 32
chrY_NW_026527919v1_random 84
chrY_NW_026527927v1_random 13
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 32
chrY_NW_026527938v1_random 188
chrY_NW_026527939v1_random 10
chrY_NW_026527942v1_random 220
chrY_NW_026527945v1_random 17
chrY_NW_026527948v1_random 54
chrY_NW_026527949v1_random 41
chrY_NW_026527950v1_random 824
chrY_NW_026527951v1_random 84
chrY_NW_026527955v1_random 109
chrY_NW_026527956v1_random 2417
chrY_NW_026527958v1_random 1046
chrY_NW_026527960v1_random 37
chrY_NW_026527961v1_random 131
chrY_NW_026527966v1_random 10499
chrY_NW_026527967v1_random 124
chrY_NW_026527968v1_random 823
chrY_NW_026527969v1_random 51
chrY_NW_026527974v1_random 36
chrY_NW_026527980v1_random 41

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 70324546 1 5030 136.05 96
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0068_1.h5ad.gz 659.88 MB 8fc96889bc023eecbe0946a0621164c8
P0068_1.h5ad.gz.tbi 656.91 KB 991de0d9f394ed1092ec1150bd797281
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB b65099bf28fbbd9ad9cf295663966b63
statistics/