Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0068_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0068_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0068_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0068_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AGCCAGTGTTAGAGCC-P0068_1, TTTGTGAAGAACCTAC-P0068_1, CAGTACCCATGCATAT-P0068_1, GGTACCGGTCACCAAA-P0068_1, TTTGGCTGTGGAAACG-P0068_1 (top 5 of 5822 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
341,229,854
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 341229854
chr1 27437458
chr2 22537305
chr3 16729048
chr4 18729160
chr5 27345303
chr6 17521740
chr7 22236704
chr8 13788655
chr9 17161190
chr10 18244372
chr11 17917613
chr12 18003653
chr13 13328354
chr14 12976392
chr15 13099240
chr16 10487167
chr17 8079486
chr18 6585281
chr19 7403944
chr20 6747204
chr21 5138421
chr22 12629305
chrUn_NW_026528016v1 55
chrUn_NW_026528017v1 984
chrUn_NW_026528021v1 2349
chrUn_NW_026528026v1 756
chrUn_NW_026528029v1 1056
chrUn_NW_026528038v1 1181
chrUn_NW_026528039v1 1410
chrUn_NW_026528065v1 617
chrUn_NW_026528075v1 261
chrUn_NW_026528103v1 64
chrUn_NW_026528123v1 7
chrUn_NW_026528125v1 115
chrUn_NW_026528140v1 1250
chrUn_NW_026528210v1 244
chrUn_NW_026528215v1 905
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 28
chrUn_NW_026528219v1 49
chrUn_NW_026528220v1 10
chrUn_NW_026528221v1 8
chrUn_NW_026528222v1 12
chrUn_NW_026528224v1 33
chrUn_NW_026528225v1 205
chrUn_NW_026528226v1 164
chrUn_NW_026528228v1 232
chrUn_NW_026528230v1 549
chrUn_NW_026528232v1 2970
chrUn_NW_026528259v1 8
chrUn_NW_026528278v1 1286
chrUn_NW_026528285v1 74
chrUn_NW_026528292v1 28
chrUn_NW_026528295v1 258
chrUn_NW_026528296v1 23505
chrUn_NW_026528310v1 242
chrUn_NW_026528320v1 47
chrUn_NW_026528327v1 58
chrUn_NW_026528332v1 32
chrUn_NW_026528335v1 44
chrUn_NW_026528338v1 49
chrUn_NW_026528339v1 63
chrUn_NW_026528345v1 33
chrUn_NW_026528347v1 35
chrUn_NW_026528350v1 48
chrUn_NW_026528353v1 85
chrUn_NW_026528356v1 44
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 466
chrUn_NW_026528370v1 391
chrUn_NW_026528371v1 1887
chrUn_NW_026528372v1 644
chrUn_NW_026528373v1 1463
chrUn_NW_026528378v1 14
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528381v1 5
chrUn_NW_026528382v1 10
chrUn_NW_026528384v1 55
chrUn_NW_026528385v1 81
chrUn_NW_026528390v1 90
chrUn_NW_026528393v1 25
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 8
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 21
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 14
chrUn_NW_026528409v1 19
chrUn_NW_026528412v1 16
chrUn_NW_026528413v1 17
chrUn_NW_026528416v1 5
chrUn_NW_026528419v1 3
chrUn_NW_026528420v1 7
chrUn_NW_026528423v1 104
chrUn_NW_026528431v1 1061
chrUn_NW_026528432v1 1020
chrUn_NW_026528433v1 6002
chrUn_NW_026528440v1 5
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 1018
chrUn_NW_026528558v1 2322
chrUn_NW_026528559v1 215
chrUn_NW_026528561v1 603
chrUn_NW_026528588v1 51
chrUn_NW_026528589v1 48
chrUn_NW_026528590v1 3192
chrUn_NW_026528596v1 5065
chrUn_NW_026528609v1 78
chrUn_NW_026528611v1 17
chrUn_NW_026528615v1 59
chrUn_NW_026528621v1 77
chrUn_NW_026528631v1 420
chrUn_NW_026528634v1 324
chrUn_NW_026528635v1 12
chrUn_NW_026528644v1 17
chrUn_NW_026528650v1 67
chrUn_NW_026528656v1 5
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 7
chrUn_NW_026528668v1 33
chrUn_NW_026528670v1 12
chrUn_NW_026528677v1 45
chrUn_NW_026528708v1 9
chrUn_NW_026528719v1 736
chrUn_NW_026528737v1 241
chrUn_NW_026528739v1 75
chrUn_NW_026528740v1 3
chrUn_NW_026528741v1 4
chrUn_NW_026528745v1 34
chrUn_NW_026528748v1 11
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 19
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 25
chrUn_NW_026528754v1 9
chrUn_NW_026528755v1 206
chrUn_NW_026528772v1 68
chrUn_NW_026528775v1 28
chrUn_NW_026528777v1 14
chrUn_NW_026528784v1 42
chrUn_NW_026528785v1 35
chrUn_NW_026528786v1 90
chrUn_NW_026528788v1 24
chrUn_NW_026528791v1 7
chrUn_NW_026528792v1 6
chrUn_NW_026528793v1 262
chrUn_NW_026528795v1 210
chrUn_NW_026528796v1 486
chrUn_NW_026528797v1 7051
chrUn_NW_026528798v1 2210
chrUn_NW_026528799v1 429
chrUn_NW_026528880v1 76
chrUn_NW_026528882v1 21
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 15
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528886v1 2
chrUn_NW_026528887v1 242
chrUn_NW_026528888v1 65
chrUn_NW_026528889v1 31
chrUn_NW_026528891v1 121
chrUn_NW_026528893v1 19
chrUn_NW_026528894v1 856
chrUn_NW_026528896v1 6
chrUn_NW_026528899v1 35
chrUn_NW_026528900v1 464
chrUn_NW_026528902v1 376
chrUn_NW_026528903v1 2021
chrUn_NW_026528917v1 815
chrUn_NW_026528926v1 108
chrUn_NW_026528928v1 1007
chrUn_NW_026528937v1 127
chrUn_NW_026528938v1 22
chrUn_NW_026528950v1 34
chrUn_NW_026528952v1 9
chrUn_NW_026528957v1 1374
chrUn_NW_026528960v1 775
chrUn_NW_026528975v1 185
chrUn_NW_026528984v1 171
chrUn_NW_026528985v1 10
chrUn_NW_026528986v1 10
chrUn_NW_026528987v1 36
chrUn_NW_026528988v1 210
chrUn_NW_026528989v1 30
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 73
chrUn_NW_026528994v1 7
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 79
chrUn_NW_026529007v1 841
chrUn_NW_026529008v1 9730
chrUn_NW_026529013v1 92
chrUn_NW_026529015v1 174
chrUn_NW_026529016v1 1421
chrUn_NW_026529060v1 3526
chrUn_NW_026529081v1 1054
chrUn_NW_026529085v1 2400
chrX 6802519
chrX_NW_026527892v1_random 591
chrX_NW_026527894v1_random 901
chrX_NW_026527897v1_random 243
chrY 140886
chrY_NW_026527906v1_random 45
chrY_NW_026527909v1_random 187
chrY_NW_026527911v1_random 550
chrY_NW_026527913v1_random 735
chrY_NW_026527914v1_random 667
chrY_NW_026527915v1_random 49
chrY_NW_026527916v1_random 230
chrY_NW_026527918v1_random 157
chrY_NW_026527919v1_random 415
chrY_NW_026527927v1_random 73
chrY_NW_026527928v1_random 6
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 192
chrY_NW_026527938v1_random 506
chrY_NW_026527939v1_random 28
chrY_NW_026527942v1_random 1050
chrY_NW_026527945v1_random 64
chrY_NW_026527948v1_random 223
chrY_NW_026527949v1_random 204
chrY_NW_026527950v1_random 2000
chrY_NW_026527951v1_random 300
chrY_NW_026527955v1_random 346
chrY_NW_026527956v1_random 4526
chrY_NW_026527958v1_random 2054
chrY_NW_026527960v1_random 166
chrY_NW_026527961v1_random 569
chrY_NW_026527966v1_random 28404
chrY_NW_026527967v1_random 598
chrY_NW_026527968v1_random 3261
chrY_NW_026527969v1_random 193
chrY_NW_026527974v1_random 191
chrY_NW_026527980v1_random 107

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 341229854 1 5040 135.47 96
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0068_1.gz 3.05 GB 578e4f3c03777e078c5ad451a9fc166f
P0068_1.gz.tbi 1.24 MB 64d59c0902c11057448902fdf7fb090c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB dba4b43c07a9fde9bdc6fd5eccd8510d
statistics/