Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0068_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0068_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0068_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0068_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TTAAGGTGTGACCTGG-P0068_2, TCAAACCAGAATCGCT-P0068_2, CACCTCAGTTCGCGCT-P0068_2, CCTCAAACAGCAATAA-P0068_2, AGTTTGCAGCATCCAG-P0068_2 (top 5 of 1835 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
59,654,749
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 59654749
chr1 4823890
chr2 3886132
chr3 2833795
chr4 3241343
chr5 4903627
chr6 3025441
chr7 3768898
chr8 2268838
chr9 2920963
chr10 3193014
chr11 3258257
chr12 3122447
chr13 2197407
chr14 2299873
chr15 2291253
chr16 1738711
chr17 1360649
chr18 1202628
chr19 1237286
chr20 1210333
chr21 883038
chr22 2736328
chrUn_NW_026528016v1 9
chrUn_NW_026528017v1 256
chrUn_NW_026528021v1 267
chrUn_NW_026528026v1 181
chrUn_NW_026528029v1 192
chrUn_NW_026528038v1 134
chrUn_NW_026528039v1 216
chrUn_NW_026528065v1 101
chrUn_NW_026528075v1 62
chrUn_NW_026528103v1 19
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 36
chrUn_NW_026528140v1 234
chrUn_NW_026528210v1 33
chrUn_NW_026528215v1 96
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 7
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 7
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528224v1 6
chrUn_NW_026528225v1 25
chrUn_NW_026528226v1 98
chrUn_NW_026528228v1 37
chrUn_NW_026528230v1 93
chrUn_NW_026528232v1 297
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 202
chrUn_NW_026528285v1 10
chrUn_NW_026528292v1 1
chrUn_NW_026528295v1 55
chrUn_NW_026528296v1 4274
chrUn_NW_026528310v1 52
chrUn_NW_026528320v1 9
chrUn_NW_026528327v1 9
chrUn_NW_026528332v1 17
chrUn_NW_026528335v1 26
chrUn_NW_026528338v1 11
chrUn_NW_026528339v1 10
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 12
chrUn_NW_026528353v1 18
chrUn_NW_026528356v1 6
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 125
chrUn_NW_026528370v1 55
chrUn_NW_026528371v1 364
chrUn_NW_026528372v1 79
chrUn_NW_026528373v1 192
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528384v1 12
chrUn_NW_026528385v1 24
chrUn_NW_026528390v1 11
chrUn_NW_026528393v1 5
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 4
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 5
chrUn_NW_026528423v1 19
chrUn_NW_026528431v1 101
chrUn_NW_026528432v1 252
chrUn_NW_026528433v1 1542
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 284
chrUn_NW_026528558v1 669
chrUn_NW_026528559v1 40
chrUn_NW_026528561v1 84
chrUn_NW_026528588v1 16
chrUn_NW_026528589v1 9
chrUn_NW_026528590v1 619
chrUn_NW_026528596v1 1156
chrUn_NW_026528609v1 9
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 9
chrUn_NW_026528621v1 13
chrUn_NW_026528631v1 68
chrUn_NW_026528634v1 100
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 5
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 150
chrUn_NW_026528737v1 70
chrUn_NW_026528739v1 16
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 46
chrUn_NW_026528772v1 3
chrUn_NW_026528775v1 1
chrUn_NW_026528784v1 7
chrUn_NW_026528785v1 12
chrUn_NW_026528786v1 15
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 56
chrUn_NW_026528795v1 37
chrUn_NW_026528796v1 72
chrUn_NW_026528797v1 1221
chrUn_NW_026528798v1 502
chrUn_NW_026528799v1 97
chrUn_NW_026528880v1 16
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528887v1 44
chrUn_NW_026528888v1 25
chrUn_NW_026528889v1 6
chrUn_NW_026528891v1 25
chrUn_NW_026528893v1 4
chrUn_NW_026528894v1 229
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 10
chrUn_NW_026528900v1 41
chrUn_NW_026528902v1 79
chrUn_NW_026528903v1 370
chrUn_NW_026528917v1 216
chrUn_NW_026528926v1 28
chrUn_NW_026528928v1 307
chrUn_NW_026528937v1 23
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 5
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 379
chrUn_NW_026528960v1 128
chrUn_NW_026528975v1 53
chrUn_NW_026528984v1 26
chrUn_NW_026528985v1 5
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 49
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 13
chrUn_NW_026529007v1 149
chrUn_NW_026529008v1 1446
chrUn_NW_026529013v1 30
chrUn_NW_026529015v1 41
chrUn_NW_026529016v1 368
chrUn_NW_026529060v1 438
chrUn_NW_026529081v1 175
chrUn_NW_026529085v1 369
chrX 1190785
chrX_NW_026527892v1_random 94
chrX_NW_026527894v1_random 155
chrX_NW_026527897v1_random 33
chrY 24589
chrY_NW_026527906v1_random 6
chrY_NW_026527909v1_random 32
chrY_NW_026527911v1_random 87
chrY_NW_026527913v1_random 87
chrY_NW_026527914v1_random 132
chrY_NW_026527915v1_random 8
chrY_NW_026527916v1_random 48
chrY_NW_026527918v1_random 35
chrY_NW_026527919v1_random 66
chrY_NW_026527927v1_random 13
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 15
chrY_NW_026527938v1_random 190
chrY_NW_026527939v1_random 13
chrY_NW_026527942v1_random 192
chrY_NW_026527945v1_random 6
chrY_NW_026527948v1_random 26
chrY_NW_026527949v1_random 34
chrY_NW_026527950v1_random 729
chrY_NW_026527951v1_random 68
chrY_NW_026527955v1_random 93
chrY_NW_026527956v1_random 2028
chrY_NW_026527958v1_random 822
chrY_NW_026527960v1_random 32
chrY_NW_026527961v1_random 95
chrY_NW_026527966v1_random 8625
chrY_NW_026527967v1_random 123
chrY_NW_026527968v1_random 686
chrY_NW_026527969v1_random 37
chrY_NW_026527974v1_random 25
chrY_NW_026527980v1_random 34

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 59654749 1 5022 132.32 96
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0068_2.h5ad.gz 556.82 MB 2ffff7e379e2f1c22189cf009fa888d1
P0068_2.h5ad.gz.tbi 630.15 KB b857e619c1ac165fccb3abb7c27f9b19
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 8c61877c5ef0e46682cc4823b7050a02
statistics/