Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0068_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0068_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0068_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0068_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTTAAGTGTTAAGGTT-P0068_2, GCTGAGGAGTTTGCGG-P0068_2, CTGAATATCTTTAAGG-P0068_2, GGCTCAATCCAAACAC-P0068_2, GTTTGTCGTATGGTGC-P0068_2 (top 5 of 4416 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
284,415,667
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 284415667
chr1 22874692
chr2 18823657
chr3 14158509
chr4 15529418
chr5 22861619
chr6 14623558
chr7 18463646
chr8 11493441
chr9 14364259
chr10 15180327
chr11 15031305
chr12 14848007
chr13 11106488
chr14 10757977
chr15 10848515
chr16 8621823
chr17 6787986
chr18 5503108
chr19 6158701
chr20 5651755
chr21 4306272
chr22 10512795
chrUn_NW_026528016v1 44
chrUn_NW_026528017v1 687
chrUn_NW_026528021v1 1997
chrUn_NW_026528026v1 593
chrUn_NW_026528029v1 874
chrUn_NW_026528038v1 1046
chrUn_NW_026528039v1 1278
chrUn_NW_026528065v1 512
chrUn_NW_026528075v1 210
chrUn_NW_026528103v1 53
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 92
chrUn_NW_026528140v1 964
chrUn_NW_026528210v1 206
chrUn_NW_026528215v1 664
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 23
chrUn_NW_026528219v1 41
chrUn_NW_026528220v1 14
chrUn_NW_026528221v1 13
chrUn_NW_026528222v1 19
chrUn_NW_026528224v1 30
chrUn_NW_026528225v1 168
chrUn_NW_026528226v1 168
chrUn_NW_026528228v1 186
chrUn_NW_026528230v1 472
chrUn_NW_026528232v1 2370
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 1024
chrUn_NW_026528285v1 62
chrUn_NW_026528292v1 17
chrUn_NW_026528295v1 200
chrUn_NW_026528296v1 19747
chrUn_NW_026528310v1 199
chrUn_NW_026528320v1 41
chrUn_NW_026528327v1 31
chrUn_NW_026528332v1 45
chrUn_NW_026528335v1 47
chrUn_NW_026528338v1 38
chrUn_NW_026528339v1 45
chrUn_NW_026528345v1 20
chrUn_NW_026528347v1 16
chrUn_NW_026528350v1 37
chrUn_NW_026528353v1 65
chrUn_NW_026528356v1 34
chrUn_NW_026528358v1 5
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 402
chrUn_NW_026528370v1 323
chrUn_NW_026528371v1 1586
chrUn_NW_026528372v1 529
chrUn_NW_026528373v1 1265
chrUn_NW_026528378v1 18
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528381v1 3
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 35
chrUn_NW_026528385v1 76
chrUn_NW_026528390v1 78
chrUn_NW_026528393v1 23
chrUn_NW_026528396v1 10
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 6
chrUn_NW_026528403v1 17
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 13
chrUn_NW_026528409v1 8
chrUn_NW_026528412v1 12
chrUn_NW_026528413v1 17
chrUn_NW_026528416v1 5
chrUn_NW_026528419v1 3
chrUn_NW_026528420v1 11
chrUn_NW_026528423v1 56
chrUn_NW_026528431v1 864
chrUn_NW_026528432v1 838
chrUn_NW_026528433v1 4960
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 3
chrUn_NW_026528480v1 840
chrUn_NW_026528558v1 1832
chrUn_NW_026528559v1 182
chrUn_NW_026528561v1 550
chrUn_NW_026528588v1 47
chrUn_NW_026528589v1 42
chrUn_NW_026528590v1 2632
chrUn_NW_026528596v1 4150
chrUn_NW_026528609v1 63
chrUn_NW_026528611v1 14
chrUn_NW_026528615v1 27
chrUn_NW_026528621v1 61
chrUn_NW_026528631v1 358
chrUn_NW_026528634v1 274
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 14
chrUn_NW_026528650v1 50
chrUn_NW_026528656v1 11
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 19
chrUn_NW_026528668v1 27
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 24
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 624
chrUn_NW_026528737v1 175
chrUn_NW_026528739v1 53
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528745v1 46
chrUn_NW_026528748v1 9
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 10
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 24
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 180
chrUn_NW_026528772v1 47
chrUn_NW_026528775v1 20
chrUn_NW_026528777v1 12
chrUn_NW_026528784v1 35
chrUn_NW_026528785v1 27
chrUn_NW_026528786v1 71
chrUn_NW_026528788v1 26
chrUn_NW_026528791v1 7
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 228
chrUn_NW_026528795v1 162
chrUn_NW_026528796v1 418
chrUn_NW_026528797v1 6012
chrUn_NW_026528798v1 1765
chrUn_NW_026528799v1 337
chrUn_NW_026528880v1 57
chrUn_NW_026528882v1 21
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 15
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528887v1 240
chrUn_NW_026528888v1 52
chrUn_NW_026528889v1 29
chrUn_NW_026528891v1 93
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 699
chrUn_NW_026528896v1 7
chrUn_NW_026528899v1 42
chrUn_NW_026528900v1 354
chrUn_NW_026528902v1 322
chrUn_NW_026528903v1 1746
chrUn_NW_026528917v1 643
chrUn_NW_026528926v1 96
chrUn_NW_026528928v1 838
chrUn_NW_026528937v1 73
chrUn_NW_026528938v1 19
chrUn_NW_026528950v1 22
chrUn_NW_026528952v1 14
chrUn_NW_026528957v1 1092
chrUn_NW_026528960v1 563
chrUn_NW_026528975v1 155
chrUn_NW_026528984v1 143
chrUn_NW_026528985v1 17
chrUn_NW_026528986v1 6
chrUn_NW_026528987v1 26
chrUn_NW_026528988v1 173
chrUn_NW_026528989v1 19
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 47
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 64
chrUn_NW_026529007v1 701
chrUn_NW_026529008v1 7672
chrUn_NW_026529013v1 71
chrUn_NW_026529015v1 145
chrUn_NW_026529016v1 1038
chrUn_NW_026529060v1 2947
chrUn_NW_026529081v1 937
chrUn_NW_026529085v1 2099
chrX 5657850
chrX_NW_026527892v1_random 521
chrX_NW_026527894v1_random 774
chrX_NW_026527897v1_random 232
chrY 117527
chrY_NW_026527906v1_random 43
chrY_NW_026527909v1_random 165
chrY_NW_026527911v1_random 515
chrY_NW_026527913v1_random 552
chrY_NW_026527914v1_random 646
chrY_NW_026527915v1_random 49
chrY_NW_026527916v1_random 207
chrY_NW_026527918v1_random 135
chrY_NW_026527919v1_random 384
chrY_NW_026527927v1_random 81
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 150
chrY_NW_026527938v1_random 491
chrY_NW_026527939v1_random 32
chrY_NW_026527942v1_random 1092
chrY_NW_026527945v1_random 42
chrY_NW_026527948v1_random 176
chrY_NW_026527949v1_random 164
chrY_NW_026527950v1_random 1713
chrY_NW_026527951v1_random 232
chrY_NW_026527955v1_random 313
chrY_NW_026527956v1_random 3807
chrY_NW_026527958v1_random 1671
chrY_NW_026527960v1_random 130
chrY_NW_026527961v1_random 438
chrY_NW_026527966v1_random 23580
chrY_NW_026527967v1_random 483
chrY_NW_026527968v1_random 2799
chrY_NW_026527969v1_random 148
chrY_NW_026527974v1_random 127
chrY_NW_026527980v1_random 90

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 284415667 1 5054 132.04 97
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0068_2.gz 2.55 GB b067f6cd88aef7f9922bdbd41121eb36
P0068_2.gz.tbi 1.13 MB 2adfe0a89851983f6d847ff1793402e1
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 910b51e6fb63469b87db6aff6aaf1fef
statistics/