Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0068_3.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0068_3.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0068_3.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0068_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CTCATCATCCCTGTTA-P0068_3, CCGCACACACAACAAA-P0068_3, CGATTTGCAAGTTATC-P0068_3, GTGAATCTCCGCTAGA-P0068_3, GTAGTTTCACAAAGAC-P0068_3 (top 5 of 2616 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
78,927,087
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 78927087
chr1 6332520
chr2 5146889
chr3 3821613
chr4 4365799
chr5 6380195
chr6 4086586
chr7 4994439
chr8 3084475
chr9 3849818
chr10 4230031
chr11 4214533
chr12 4143170
chr13 2983213
chr14 3027848
chr15 3066837
chr16 2361098
chr17 1828910
chr18 1523352
chr19 1636224
chr20 1589614
chr21 1187689
chr22 3415360
chrUn_NW_026528016v1 23
chrUn_NW_026528017v1 424
chrUn_NW_026528021v1 317
chrUn_NW_026528026v1 253
chrUn_NW_026528029v1 252
chrUn_NW_026528038v1 166
chrUn_NW_026528039v1 267
chrUn_NW_026528065v1 130
chrUn_NW_026528075v1 96
chrUn_NW_026528103v1 23
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 31
chrUn_NW_026528140v1 361
chrUn_NW_026528210v1 50
chrUn_NW_026528215v1 128
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 19
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 9
chrUn_NW_026528225v1 42
chrUn_NW_026528226v1 114
chrUn_NW_026528228v1 64
chrUn_NW_026528230v1 110
chrUn_NW_026528232v1 346
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 284
chrUn_NW_026528285v1 13
chrUn_NW_026528292v1 9
chrUn_NW_026528295v1 79
chrUn_NW_026528296v1 5465
chrUn_NW_026528310v1 65
chrUn_NW_026528320v1 24
chrUn_NW_026528327v1 14
chrUn_NW_026528332v1 5
chrUn_NW_026528335v1 25
chrUn_NW_026528338v1 22
chrUn_NW_026528339v1 12
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 10
chrUn_NW_026528353v1 18
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 148
chrUn_NW_026528370v1 114
chrUn_NW_026528371v1 454
chrUn_NW_026528372v1 100
chrUn_NW_026528373v1 324
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 15
chrUn_NW_026528385v1 31
chrUn_NW_026528390v1 18
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 6
chrUn_NW_026528412v1 8
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 34
chrUn_NW_026528431v1 151
chrUn_NW_026528432v1 459
chrUn_NW_026528433v1 2334
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 382
chrUn_NW_026528558v1 879
chrUn_NW_026528559v1 80
chrUn_NW_026528561v1 143
chrUn_NW_026528588v1 18
chrUn_NW_026528589v1 13
chrUn_NW_026528590v1 951
chrUn_NW_026528596v1 1473
chrUn_NW_026528609v1 23
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 11
chrUn_NW_026528621v1 28
chrUn_NW_026528631v1 88
chrUn_NW_026528634v1 170
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 5
chrUn_NW_026528650v1 18
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 6
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 11
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 177
chrUn_NW_026528737v1 97
chrUn_NW_026528739v1 25
chrUn_NW_026528740v1 2
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 15
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 5
chrUn_NW_026528755v1 91
chrUn_NW_026528772v1 9
chrUn_NW_026528775v1 9
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 16
chrUn_NW_026528786v1 18
chrUn_NW_026528788v1 7
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 69
chrUn_NW_026528795v1 46
chrUn_NW_026528796v1 78
chrUn_NW_026528797v1 1486
chrUn_NW_026528798v1 582
chrUn_NW_026528799v1 112
chrUn_NW_026528880v1 16
chrUn_NW_026528882v1 3
chrUn_NW_026528884v1 1
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 57
chrUn_NW_026528888v1 23
chrUn_NW_026528889v1 16
chrUn_NW_026528891v1 17
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 345
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 11
chrUn_NW_026528900v1 85
chrUn_NW_026528902v1 111
chrUn_NW_026528903v1 524
chrUn_NW_026528917v1 217
chrUn_NW_026528926v1 44
chrUn_NW_026528928v1 379
chrUn_NW_026528937v1 45
chrUn_NW_026528938v1 8
chrUn_NW_026528950v1 10
chrUn_NW_026528952v1 10
chrUn_NW_026528957v1 470
chrUn_NW_026528960v1 106
chrUn_NW_026528975v1 63
chrUn_NW_026528984v1 34
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 10
chrUn_NW_026528988v1 68
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528992v1 9
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 17
chrUn_NW_026529007v1 218
chrUn_NW_026529008v1 2249
chrUn_NW_026529013v1 15
chrUn_NW_026529015v1 42
chrUn_NW_026529016v1 476
chrUn_NW_026529060v1 558
chrUn_NW_026529081v1 213
chrUn_NW_026529085v1 579
chrX 1572687
chrX_NW_026527892v1_random 102
chrX_NW_026527894v1_random 190
chrX_NW_026527897v1_random 55
chrY 33577
chrY_NW_026527906v1_random 9
chrY_NW_026527909v1_random 47
chrY_NW_026527911v1_random 93
chrY_NW_026527913v1_random 148
chrY_NW_026527914v1_random 220
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 63
chrY_NW_026527918v1_random 45
chrY_NW_026527919v1_random 82
chrY_NW_026527927v1_random 19
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 37
chrY_NW_026527938v1_random 206
chrY_NW_026527939v1_random 10
chrY_NW_026527942v1_random 322
chrY_NW_026527945v1_random 9
chrY_NW_026527948v1_random 43
chrY_NW_026527949v1_random 44
chrY_NW_026527950v1_random 972
chrY_NW_026527951v1_random 113
chrY_NW_026527955v1_random 126
chrY_NW_026527956v1_random 3180
chrY_NW_026527958v1_random 1170
chrY_NW_026527960v1_random 44
chrY_NW_026527961v1_random 188
chrY_NW_026527966v1_random 13929
chrY_NW_026527967v1_random 188
chrY_NW_026527968v1_random 983
chrY_NW_026527969v1_random 40
chrY_NW_026527974v1_random 53
chrY_NW_026527980v1_random 37

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 78927087 1 5028 125.88 89
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0068_3.h5ad.gz 748.16 MB 24bd8d10b3708d6b8cdd1ad07e7b293d
P0068_3.h5ad.gz.tbi 680.08 KB 27c19e720bbf031c9aa2b73f9c22f1c7
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB f647ed2698d632d81bd1043e17e168fd
statistics/