Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0068_3content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0068_3
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0068_3
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0068_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCGAGTGAGGTCTTGG-P0068_3, CCGTGCTGTTTACGTC-P0068_3, CTCATCATCCCTGTTA-P0068_3, GCAGGTGAGGCATTGT-P0068_3, AATCCTAAGTGAGCGG-P0068_3 (top 5 of 7704 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
332,218,242
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 332218242
chr1 26904972
chr2 21975831
chr3 16236371
chr4 18128878
chr5 26855393
chr6 17302384
chr7 21498720
chr8 13176613
chr9 16455609
chr10 17447513
chr11 17745388
chr12 17372262
chr13 12915909
chr14 12667482
chr15 12838688
chr16 10110857
chr17 7648949
chr18 6265810
chr19 7070361
chr20 6379573
chr21 5102140
chr22 13150824
chrUn_NW_026528016v1 66
chrUn_NW_026528017v1 1035
chrUn_NW_026528021v1 1850
chrUn_NW_026528026v1 747
chrUn_NW_026528029v1 963
chrUn_NW_026528038v1 845
chrUn_NW_026528039v1 1256
chrUn_NW_026528065v1 558
chrUn_NW_026528075v1 298
chrUn_NW_026528103v1 63
chrUn_NW_026528123v1 8
chrUn_NW_026528125v1 130
chrUn_NW_026528140v1 1068
chrUn_NW_026528210v1 203
chrUn_NW_026528215v1 652
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 28
chrUn_NW_026528219v1 70
chrUn_NW_026528220v1 6
chrUn_NW_026528221v1 11
chrUn_NW_026528222v1 16
chrUn_NW_026528224v1 38
chrUn_NW_026528225v1 169
chrUn_NW_026528226v1 271
chrUn_NW_026528228v1 224
chrUn_NW_026528230v1 523
chrUn_NW_026528232v1 2647
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 1593
chrUn_NW_026528285v1 71
chrUn_NW_026528292v1 28
chrUn_NW_026528295v1 286
chrUn_NW_026528296v1 23107
chrUn_NW_026528310v1 223
chrUn_NW_026528320v1 64
chrUn_NW_026528327v1 36
chrUn_NW_026528332v1 22
chrUn_NW_026528335v1 54
chrUn_NW_026528338v1 65
chrUn_NW_026528339v1 54
chrUn_NW_026528345v1 20
chrUn_NW_026528347v1 23
chrUn_NW_026528350v1 44
chrUn_NW_026528353v1 68
chrUn_NW_026528356v1 40
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 432
chrUn_NW_026528370v1 300
chrUn_NW_026528371v1 1557
chrUn_NW_026528372v1 519
chrUn_NW_026528373v1 1170
chrUn_NW_026528378v1 16
chrUn_NW_026528380v1 24
chrUn_NW_026528381v1 4
chrUn_NW_026528382v1 7
chrUn_NW_026528384v1 93
chrUn_NW_026528385v1 92
chrUn_NW_026528390v1 112
chrUn_NW_026528393v1 31
chrUn_NW_026528396v1 16
chrUn_NW_026528397v1 9
chrUn_NW_026528402v1 17
chrUn_NW_026528403v1 25
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 16
chrUn_NW_026528409v1 15
chrUn_NW_026528412v1 17
chrUn_NW_026528413v1 14
chrUn_NW_026528416v1 7
chrUn_NW_026528419v1 4
chrUn_NW_026528420v1 5
chrUn_NW_026528423v1 113
chrUn_NW_026528431v1 611
chrUn_NW_026528432v1 1484
chrUn_NW_026528433v1 5486
chrUn_NW_026528440v1 4
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 1023
chrUn_NW_026528558v1 2682
chrUn_NW_026528559v1 215
chrUn_NW_026528561v1 749
chrUn_NW_026528588v1 55
chrUn_NW_026528589v1 60
chrUn_NW_026528590v1 3226
chrUn_NW_026528596v1 4644
chrUn_NW_026528609v1 91
chrUn_NW_026528611v1 10
chrUn_NW_026528615v1 53
chrUn_NW_026528621v1 100
chrUn_NW_026528631v1 597
chrUn_NW_026528634v1 480
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 23
chrUn_NW_026528650v1 62
chrUn_NW_026528656v1 7
chrUn_NW_026528660v1 5
chrUn_NW_026528661v1 9
chrUn_NW_026528668v1 22
chrUn_NW_026528670v1 12
chrUn_NW_026528677v1 44
chrUn_NW_026528708v1 9
chrUn_NW_026528719v1 658
chrUn_NW_026528737v1 218
chrUn_NW_026528739v1 70
chrUn_NW_026528740v1 2
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 61
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 14
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 25
chrUn_NW_026528754v1 19
chrUn_NW_026528755v1 237
chrUn_NW_026528772v1 59
chrUn_NW_026528775v1 43
chrUn_NW_026528777v1 17
chrUn_NW_026528784v1 42
chrUn_NW_026528785v1 43
chrUn_NW_026528786v1 84
chrUn_NW_026528788v1 16
chrUn_NW_026528791v1 12
chrUn_NW_026528792v1 8
chrUn_NW_026528793v1 211
chrUn_NW_026528795v1 155
chrUn_NW_026528796v1 328
chrUn_NW_026528797v1 5501
chrUn_NW_026528798v1 1599
chrUn_NW_026528799v1 381
chrUn_NW_026528880v1 64
chrUn_NW_026528882v1 24
chrUn_NW_026528883v1 5
chrUn_NW_026528884v1 13
chrUn_NW_026528885v1 11
chrUn_NW_026528887v1 247
chrUn_NW_026528888v1 69
chrUn_NW_026528889v1 47
chrUn_NW_026528891v1 109
chrUn_NW_026528893v1 29
chrUn_NW_026528894v1 1152
chrUn_NW_026528896v1 9
chrUn_NW_026528899v1 46
chrUn_NW_026528900v1 440
chrUn_NW_026528902v1 420
chrUn_NW_026528903v1 2078
chrUn_NW_026528917v1 530
chrUn_NW_026528926v1 141
chrUn_NW_026528928v1 1233
chrUn_NW_026528937v1 134
chrUn_NW_026528938v1 27
chrUn_NW_026528950v1 26
chrUn_NW_026528952v1 18
chrUn_NW_026528957v1 1538
chrUn_NW_026528960v1 551
chrUn_NW_026528975v1 209
chrUn_NW_026528984v1 149
chrUn_NW_026528985v1 15
chrUn_NW_026528986v1 8
chrUn_NW_026528987v1 30
chrUn_NW_026528988v1 247
chrUn_NW_026528989v1 13
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 61
chrUn_NW_026528994v1 8
chrUn_NW_026528995v1 7
chrUn_NW_026528996v1 74
chrUn_NW_026529007v1 805
chrUn_NW_026529008v1 8125
chrUn_NW_026529013v1 82
chrUn_NW_026529015v1 183
chrUn_NW_026529016v1 1515
chrUn_NW_026529060v1 2905
chrUn_NW_026529081v1 1189
chrUn_NW_026529085v1 3527
chrX 6669131
chrX_NW_026527892v1_random 492
chrX_NW_026527894v1_random 1157
chrX_NW_026527897v1_random 194
chrY 135192
chrY_NW_026527906v1_random 34
chrY_NW_026527909v1_random 174
chrY_NW_026527911v1_random 471
chrY_NW_026527913v1_random 671
chrY_NW_026527914v1_random 746
chrY_NW_026527915v1_random 58
chrY_NW_026527916v1_random 236
chrY_NW_026527918v1_random 174
chrY_NW_026527919v1_random 421
chrY_NW_026527927v1_random 70
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 156
chrY_NW_026527938v1_random 692
chrY_NW_026527939v1_random 26
chrY_NW_026527942v1_random 1357
chrY_NW_026527945v1_random 45
chrY_NW_026527948v1_random 192
chrY_NW_026527949v1_random 240
chrY_NW_026527950v1_random 2353
chrY_NW_026527951v1_random 342
chrY_NW_026527955v1_random 549
chrY_NW_026527956v1_random 6137
chrY_NW_026527958v1_random 2326
chrY_NW_026527960v1_random 203
chrY_NW_026527961v1_random 821
chrY_NW_026527966v1_random 34145
chrY_NW_026527967v1_random 661
chrY_NW_026527968v1_random 3853
chrY_NW_026527969v1_random 221
chrY_NW_026527974v1_random 194
chrY_NW_026527980v1_random 97

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 332218242 1 5054 129.32 94
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0068_3.gz 3.05 GB 7632ab2d9a6bd742a467c8f250f2b094
P0068_3.gz.tbi 1.27 MB 70f20e23cc37de5e411d69b167d33ce7
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 8cba12f5090eac1593300c6275381b7b
statistics/