Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0068_4.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0068_4.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0068_4.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0068_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AGCAGGTAGGCTACTG-P0068_4, TTGGGCCAGGCACAGG-P0068_4, CTAAGTCAGTTATCTC-P0068_4, ACCTTGCTCCACCTGT-P0068_4, GGCATTAGTGAGCAAG-P0068_4 (top 5 of 1195 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
47,028,228
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 47028228
chr1 3732666
chr2 3116084
chr3 2264016
chr4 2605424
chr5 3744955
chr6 2448487
chr7 3001303
chr8 1877997
chr9 2307503
chr10 2525004
chr11 2488505
chr12 2443670
chr13 1787158
chr14 1802584
chr15 1795384
chr16 1446064
chr17 1093202
chr18 917078
chr19 950070
chr20 963673
chr21 715591
chr22 1990709
chrUn_NW_026528016v1 7
chrUn_NW_026528017v1 206
chrUn_NW_026528021v1 169
chrUn_NW_026528026v1 185
chrUn_NW_026528029v1 152
chrUn_NW_026528038v1 115
chrUn_NW_026528039v1 158
chrUn_NW_026528065v1 88
chrUn_NW_026528075v1 71
chrUn_NW_026528103v1 18
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 30
chrUn_NW_026528140v1 235
chrUn_NW_026528210v1 23
chrUn_NW_026528215v1 89
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 6
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 23
chrUn_NW_026528226v1 73
chrUn_NW_026528228v1 44
chrUn_NW_026528230v1 97
chrUn_NW_026528232v1 267
chrUn_NW_026528278v1 176
chrUn_NW_026528285v1 9
chrUn_NW_026528292v1 3
chrUn_NW_026528295v1 74
chrUn_NW_026528296v1 3259
chrUn_NW_026528310v1 48
chrUn_NW_026528320v1 9
chrUn_NW_026528327v1 7
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 25
chrUn_NW_026528339v1 20
chrUn_NW_026528345v1 7
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 8
chrUn_NW_026528353v1 17
chrUn_NW_026528356v1 5
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 101
chrUn_NW_026528370v1 54
chrUn_NW_026528371v1 254
chrUn_NW_026528372v1 71
chrUn_NW_026528373v1 213
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 15
chrUn_NW_026528385v1 21
chrUn_NW_026528390v1 18
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528423v1 18
chrUn_NW_026528431v1 89
chrUn_NW_026528432v1 330
chrUn_NW_026528433v1 1420
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 206
chrUn_NW_026528558v1 672
chrUn_NW_026528559v1 58
chrUn_NW_026528561v1 88
chrUn_NW_026528588v1 6
chrUn_NW_026528589v1 13
chrUn_NW_026528590v1 717
chrUn_NW_026528596v1 794
chrUn_NW_026528609v1 5
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 20
chrUn_NW_026528631v1 46
chrUn_NW_026528634v1 106
chrUn_NW_026528644v1 5
chrUn_NW_026528650v1 8
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 5
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 4
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 130
chrUn_NW_026528737v1 42
chrUn_NW_026528739v1 21
chrUn_NW_026528745v1 5
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 6
chrUn_NW_026528755v1 46
chrUn_NW_026528772v1 5
chrUn_NW_026528775v1 4
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 4
chrUn_NW_026528785v1 4
chrUn_NW_026528786v1 8
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 41
chrUn_NW_026528795v1 17
chrUn_NW_026528796v1 62
chrUn_NW_026528797v1 991
chrUn_NW_026528798v1 338
chrUn_NW_026528799v1 65
chrUn_NW_026528880v1 9
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528887v1 33
chrUn_NW_026528888v1 18
chrUn_NW_026528889v1 8
chrUn_NW_026528891v1 20
chrUn_NW_026528893v1 4
chrUn_NW_026528894v1 260
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 12
chrUn_NW_026528900v1 31
chrUn_NW_026528902v1 80
chrUn_NW_026528903v1 312
chrUn_NW_026528917v1 159
chrUn_NW_026528926v1 24
chrUn_NW_026528928v1 299
chrUn_NW_026528937v1 48
chrUn_NW_026528938v1 10
chrUn_NW_026528950v1 15
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 467
chrUn_NW_026528960v1 52
chrUn_NW_026528975v1 55
chrUn_NW_026528984v1 23
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 5
chrUn_NW_026528988v1 50
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 6
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 17
chrUn_NW_026529007v1 116
chrUn_NW_026529008v1 1330
chrUn_NW_026529013v1 18
chrUn_NW_026529015v1 49
chrUn_NW_026529016v1 357
chrUn_NW_026529060v1 364
chrUn_NW_026529081v1 141
chrUn_NW_026529085v1 367
chrX 958350
chrX_NW_026527892v1_random 85
chrX_NW_026527894v1_random 121
chrX_NW_026527897v1_random 42
chrY 20759
chrY_NW_026527906v1_random 5
chrY_NW_026527909v1_random 29
chrY_NW_026527911v1_random 67
chrY_NW_026527913v1_random 79
chrY_NW_026527914v1_random 86
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527916v1_random 49
chrY_NW_026527918v1_random 29
chrY_NW_026527919v1_random 63
chrY_NW_026527927v1_random 12
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 26
chrY_NW_026527938v1_random 163
chrY_NW_026527939v1_random 5
chrY_NW_026527942v1_random 165
chrY_NW_026527945v1_random 5
chrY_NW_026527948v1_random 30
chrY_NW_026527949v1_random 27
chrY_NW_026527950v1_random 620
chrY_NW_026527951v1_random 61
chrY_NW_026527955v1_random 77
chrY_NW_026527956v1_random 1827
chrY_NW_026527958v1_random 774
chrY_NW_026527960v1_random 43
chrY_NW_026527961v1_random 123
chrY_NW_026527966v1_random 8794
chrY_NW_026527967v1_random 100
chrY_NW_026527968v1_random 611
chrY_NW_026527969v1_random 24
chrY_NW_026527974v1_random 26
chrY_NW_026527980v1_random 30

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 47028228 1 5030 138.13 103
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0068_4.h5ad.gz 430.8 MB 7638425120e67c9f3549f4c85222c997
P0068_4.h5ad.gz.tbi 597.28 KB 28f442d4c66bea8159345b7f623de3dc
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 9a33ebdaa3dc1671ebcaaa4fd4d65b0f
statistics/