Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0068_4content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0068_4
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0068_4
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0068_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CTAAATGTCATGCAAC-P0068_4, AGCAGGTAGGCTACTG-P0068_4, TTGGGCCAGGCACAGG-P0068_4, GATTAAGCAAGGTGCA-P0068_4, GGGTGAAGTGTTTGCT-P0068_4 (top 5 of 3161 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
170,131,411
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 170131411
chr1 13664690
chr2 11325637
chr3 8334427
chr4 9418479
chr5 13688289
chr6 8908590
chr7 11108116
chr8 6809531
chr9 8413646
chr10 8910296
chr11 8999239
chr12 8811323
chr13 6628163
chr14 6456071
chr15 6544875
chr16 5209577
chr17 3904379
chr18 3223823
chr19 3581066
chr20 3274066
chr21 2616385
chr22 6660292
chrUn_NW_026528016v1 24
chrUn_NW_026528017v1 502
chrUn_NW_026528021v1 867
chrUn_NW_026528026v1 442
chrUn_NW_026528029v1 494
chrUn_NW_026528038v1 464
chrUn_NW_026528039v1 644
chrUn_NW_026528065v1 304
chrUn_NW_026528075v1 182
chrUn_NW_026528103v1 36
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 78
chrUn_NW_026528140v1 612
chrUn_NW_026528210v1 112
chrUn_NW_026528215v1 321
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 26
chrUn_NW_026528220v1 5
chrUn_NW_026528221v1 8
chrUn_NW_026528222v1 9
chrUn_NW_026528224v1 12
chrUn_NW_026528225v1 100
chrUn_NW_026528226v1 128
chrUn_NW_026528228v1 115
chrUn_NW_026528230v1 294
chrUn_NW_026528232v1 1407
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 744
chrUn_NW_026528285v1 40
chrUn_NW_026528292v1 8
chrUn_NW_026528295v1 202
chrUn_NW_026528296v1 11838
chrUn_NW_026528310v1 108
chrUn_NW_026528320v1 33
chrUn_NW_026528327v1 26
chrUn_NW_026528332v1 15
chrUn_NW_026528335v1 26
chrUn_NW_026528338v1 54
chrUn_NW_026528339v1 38
chrUn_NW_026528345v1 18
chrUn_NW_026528347v1 15
chrUn_NW_026528350v1 21
chrUn_NW_026528353v1 40
chrUn_NW_026528356v1 16
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 273
chrUn_NW_026528370v1 156
chrUn_NW_026528371v1 824
chrUn_NW_026528372v1 267
chrUn_NW_026528373v1 686
chrUn_NW_026528378v1 9
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528382v1 8
chrUn_NW_026528384v1 43
chrUn_NW_026528385v1 67
chrUn_NW_026528390v1 55
chrUn_NW_026528393v1 17
chrUn_NW_026528396v1 6
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 14
chrUn_NW_026528409v1 5
chrUn_NW_026528412v1 9
chrUn_NW_026528413v1 11
chrUn_NW_026528416v1 5
chrUn_NW_026528419v1 4
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 49
chrUn_NW_026528431v1 338
chrUn_NW_026528432v1 842
chrUn_NW_026528433v1 2869
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 480
chrUn_NW_026528558v1 1508
chrUn_NW_026528559v1 116
chrUn_NW_026528561v1 422
chrUn_NW_026528588v1 24
chrUn_NW_026528589v1 27
chrUn_NW_026528590v1 1697
chrUn_NW_026528596v1 2447
chrUn_NW_026528609v1 35
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 26
chrUn_NW_026528621v1 53
chrUn_NW_026528631v1 268
chrUn_NW_026528634v1 237
chrUn_NW_026528644v1 15
chrUn_NW_026528650v1 28
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 9
chrUn_NW_026528668v1 15
chrUn_NW_026528670v1 6
chrUn_NW_026528677v1 22
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 406
chrUn_NW_026528737v1 101
chrUn_NW_026528739v1 53
chrUn_NW_026528745v1 21
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 8
chrUn_NW_026528752v1 15
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 130
chrUn_NW_026528772v1 27
chrUn_NW_026528775v1 16
chrUn_NW_026528777v1 15
chrUn_NW_026528784v1 21
chrUn_NW_026528785v1 13
chrUn_NW_026528786v1 38
chrUn_NW_026528788v1 9
chrUn_NW_026528791v1 5
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 121
chrUn_NW_026528795v1 77
chrUn_NW_026528796v1 195
chrUn_NW_026528797v1 2978
chrUn_NW_026528798v1 889
chrUn_NW_026528799v1 173
chrUn_NW_026528880v1 34
chrUn_NW_026528882v1 14
chrUn_NW_026528883v1 6
chrUn_NW_026528884v1 16
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 129
chrUn_NW_026528888v1 39
chrUn_NW_026528889v1 28
chrUn_NW_026528891v1 74
chrUn_NW_026528893v1 13
chrUn_NW_026528894v1 663
chrUn_NW_026528896v1 9
chrUn_NW_026528899v1 28
chrUn_NW_026528900v1 189
chrUn_NW_026528902v1 243
chrUn_NW_026528903v1 1104
chrUn_NW_026528917v1 340
chrUn_NW_026528926v1 82
chrUn_NW_026528928v1 739
chrUn_NW_026528937v1 78
chrUn_NW_026528938v1 19
chrUn_NW_026528950v1 23
chrUn_NW_026528952v1 13
chrUn_NW_026528957v1 978
chrUn_NW_026528960v1 253
chrUn_NW_026528975v1 147
chrUn_NW_026528984v1 80
chrUn_NW_026528985v1 5
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 14
chrUn_NW_026528988v1 132
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 26
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 46
chrUn_NW_026529007v1 421
chrUn_NW_026529008v1 4074
chrUn_NW_026529013v1 38
chrUn_NW_026529015v1 109
chrUn_NW_026529016v1 869
chrUn_NW_026529060v1 1583
chrUn_NW_026529081v1 653
chrUn_NW_026529085v1 1742
chrX 3484223
chrX_NW_026527892v1_random 320
chrX_NW_026527894v1_random 613
chrX_NW_026527897v1_random 108
chrY 69472
chrY_NW_026527906v1_random 18
chrY_NW_026527909v1_random 102
chrY_NW_026527911v1_random 244
chrY_NW_026527913v1_random 294
chrY_NW_026527914v1_random 316
chrY_NW_026527915v1_random 25
chrY_NW_026527916v1_random 146
chrY_NW_026527918v1_random 86
chrY_NW_026527919v1_random 204
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527928v1_random 6
chrY_NW_026527932v1_random 83
chrY_NW_026527938v1_random 418
chrY_NW_026527939v1_random 21
chrY_NW_026527942v1_random 634
chrY_NW_026527945v1_random 22
chrY_NW_026527948v1_random 96
chrY_NW_026527949v1_random 141
chrY_NW_026527950v1_random 1310
chrY_NW_026527951v1_random 167
chrY_NW_026527955v1_random 293
chrY_NW_026527956v1_random 3148
chrY_NW_026527958v1_random 1317
chrY_NW_026527960v1_random 94
chrY_NW_026527961v1_random 397
chrY_NW_026527966v1_random 18724
chrY_NW_026527967v1_random 311
chrY_NW_026527968v1_random 1923
chrY_NW_026527969v1_random 105
chrY_NW_026527974v1_random 85
chrY_NW_026527980v1_random 62

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 170131411 1 5040 141.29 109
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0068_4.gz 1.55 GB 4486fdd4b2dd67cedc5eb8b721803b15
P0068_4.gz.tbi 929.4 KB 41a670b98fb205431e48798d7e74a348
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 54dc7bf7f366dcdd1b2c347acb60358b
statistics/