Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0068_5.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0068_5.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0068_5.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0068_5
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATGGTGCGTACAATGT-P0068_5, CACTTAAAGAGGCTAA-P0068_5, TCCACAACATAAGGAC-P0068_5, TGGCTATAGGCGCATC-P0068_5, AGCGGATAGGACAACA-P0068_5 (top 5 of 1991 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
66,965,993
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 66965993
chr1 5361457
chr2 4349830
chr3 3105751
chr4 3666971
chr5 5588681
chr6 3436146
chr7 4287019
chr8 2539089
chr9 3217802
chr10 3568507
chr11 3626829
chr12 3587058
chr13 2555570
chr14 2558714
chr15 2579977
chr16 1971249
chr17 1531696
chr18 1313868
chr19 1402827
chr20 1367702
chr21 970518
chr22 2976119
chrUn_NW_026528016v1 11
chrUn_NW_026528017v1 244
chrUn_NW_026528021v1 264
chrUn_NW_026528026v1 151
chrUn_NW_026528029v1 241
chrUn_NW_026528038v1 184
chrUn_NW_026528039v1 222
chrUn_NW_026528065v1 115
chrUn_NW_026528075v1 68
chrUn_NW_026528103v1 12
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 24
chrUn_NW_026528140v1 307
chrUn_NW_026528210v1 43
chrUn_NW_026528215v1 140
chrUn_NW_026528218v1 2
chrUn_NW_026528219v1 11
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 23
chrUn_NW_026528226v1 121
chrUn_NW_026528228v1 65
chrUn_NW_026528230v1 90
chrUn_NW_026528232v1 302
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 273
chrUn_NW_026528285v1 14
chrUn_NW_026528292v1 7
chrUn_NW_026528295v1 53
chrUn_NW_026528296v1 4702
chrUn_NW_026528310v1 52
chrUn_NW_026528320v1 16
chrUn_NW_026528327v1 10
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 24
chrUn_NW_026528338v1 11
chrUn_NW_026528339v1 15
chrUn_NW_026528345v1 7
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 11
chrUn_NW_026528353v1 23
chrUn_NW_026528356v1 13
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 105
chrUn_NW_026528370v1 77
chrUn_NW_026528371v1 410
chrUn_NW_026528372v1 99
chrUn_NW_026528373v1 284
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 5
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 15
chrUn_NW_026528385v1 14
chrUn_NW_026528390v1 16
chrUn_NW_026528393v1 14
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 5
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528423v1 32
chrUn_NW_026528431v1 122
chrUn_NW_026528432v1 312
chrUn_NW_026528433v1 2098
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 248
chrUn_NW_026528558v1 567
chrUn_NW_026528559v1 55
chrUn_NW_026528561v1 90
chrUn_NW_026528588v1 11
chrUn_NW_026528589v1 14
chrUn_NW_026528590v1 715
chrUn_NW_026528596v1 1073
chrUn_NW_026528609v1 12
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 14
chrUn_NW_026528621v1 19
chrUn_NW_026528631v1 77
chrUn_NW_026528634v1 109
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 5
chrUn_NW_026528650v1 10
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 5
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 10
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 142
chrUn_NW_026528737v1 65
chrUn_NW_026528739v1 21
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 5
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528752v1 4
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 44
chrUn_NW_026528772v1 9
chrUn_NW_026528775v1 7
chrUn_NW_026528777v1 7
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 7
chrUn_NW_026528786v1 22
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 49
chrUn_NW_026528795v1 32
chrUn_NW_026528796v1 62
chrUn_NW_026528797v1 1248
chrUn_NW_026528798v1 518
chrUn_NW_026528799v1 94
chrUn_NW_026528880v1 15
chrUn_NW_026528882v1 2
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528887v1 36
chrUn_NW_026528888v1 15
chrUn_NW_026528889v1 12
chrUn_NW_026528891v1 23
chrUn_NW_026528893v1 4
chrUn_NW_026528894v1 309
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 19
chrUn_NW_026528900v1 64
chrUn_NW_026528902v1 72
chrUn_NW_026528903v1 444
chrUn_NW_026528917v1 180
chrUn_NW_026528926v1 29
chrUn_NW_026528928v1 273
chrUn_NW_026528937v1 17
chrUn_NW_026528938v1 1
chrUn_NW_026528950v1 6
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 369
chrUn_NW_026528960v1 109
chrUn_NW_026528975v1 48
chrUn_NW_026528984v1 24
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 7
chrUn_NW_026528988v1 63
chrUn_NW_026528989v1 1
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528996v1 12
chrUn_NW_026529007v1 164
chrUn_NW_026529008v1 1818
chrUn_NW_026529013v1 12
chrUn_NW_026529015v1 41
chrUn_NW_026529016v1 347
chrUn_NW_026529060v1 545
chrUn_NW_026529081v1 150
chrUn_NW_026529085v1 424
chrX 1332985
chrX_NW_026527892v1_random 91
chrX_NW_026527894v1_random 168
chrX_NW_026527897v1_random 60
chrY 27921
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 24
chrY_NW_026527911v1_random 78
chrY_NW_026527913v1_random 102
chrY_NW_026527914v1_random 156
chrY_NW_026527915v1_random 11
chrY_NW_026527916v1_random 46
chrY_NW_026527918v1_random 29
chrY_NW_026527919v1_random 67
chrY_NW_026527927v1_random 10
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 23
chrY_NW_026527938v1_random 129
chrY_NW_026527939v1_random 10
chrY_NW_026527942v1_random 245
chrY_NW_026527945v1_random 4
chrY_NW_026527948v1_random 30
chrY_NW_026527949v1_random 30
chrY_NW_026527950v1_random 818
chrY_NW_026527951v1_random 71
chrY_NW_026527955v1_random 95
chrY_NW_026527956v1_random 2655
chrY_NW_026527958v1_random 1127
chrY_NW_026527960v1_random 45
chrY_NW_026527961v1_random 121
chrY_NW_026527966v1_random 11837
chrY_NW_026527967v1_random 117
chrY_NW_026527968v1_random 768
chrY_NW_026527969v1_random 34
chrY_NW_026527974v1_random 30
chrY_NW_026527980v1_random 27

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 66965993 1 5038 133.75 99
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0068_5.h5ad.gz 628.17 MB c20f1e2818852a22b3d63c649cb97fd4
P0068_5.h5ad.gz.tbi 649.07 KB 9b45453b324a2783835141f4bb05534e
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB f261397d34bb9015cea1b66fbeea0583
statistics/