Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0068_5content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0068_5
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0068_5
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0068_5
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCCGTTGTCGGTTCCT-P0068_5, ATGTTTGAGGACTTAC-P0068_5, ATGGTGCGTACAATGT-P0068_5, CACTTAAAGAGGCTAA-P0068_5, TAACCGGTCGCTATAA-P0068_5 (top 5 of 6301 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
301,401,105
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 301401105
chr1 24295554
chr2 19980218
chr3 14315286
chr4 16136115
chr5 24879573
chr6 15450905
chr7 19787532
chr8 11840601
chr9 14869061
chr10 15889103
chr11 16083308
chr12 15928071
chr13 11759260
chr14 11511793
chr15 11671792
chr16 9051477
chr17 6799289
chr18 5733795
chr19 6485423
chr20 5851025
chr21 4518697
chr22 12321935
chrUn_NW_026528016v1 35
chrUn_NW_026528017v1 730
chrUn_NW_026528021v1 1747
chrUn_NW_026528026v1 553
chrUn_NW_026528029v1 909
chrUn_NW_026528038v1 831
chrUn_NW_026528039v1 1169
chrUn_NW_026528065v1 480
chrUn_NW_026528075v1 216
chrUn_NW_026528103v1 54
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 86
chrUn_NW_026528140v1 934
chrUn_NW_026528210v1 185
chrUn_NW_026528215v1 656
chrUn_NW_026528217v1 5
chrUn_NW_026528218v1 13
chrUn_NW_026528219v1 51
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 7
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 18
chrUn_NW_026528225v1 154
chrUn_NW_026528226v1 262
chrUn_NW_026528228v1 198
chrUn_NW_026528230v1 480
chrUn_NW_026528232v1 2304
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 1500
chrUn_NW_026528285v1 78
chrUn_NW_026528292v1 29
chrUn_NW_026528295v1 204
chrUn_NW_026528296v1 20994
chrUn_NW_026528310v1 189
chrUn_NW_026528320v1 72
chrUn_NW_026528327v1 33
chrUn_NW_026528332v1 23
chrUn_NW_026528335v1 47
chrUn_NW_026528338v1 58
chrUn_NW_026528339v1 57
chrUn_NW_026528345v1 20
chrUn_NW_026528347v1 16
chrUn_NW_026528350v1 41
chrUn_NW_026528353v1 65
chrUn_NW_026528356v1 44
chrUn_NW_026528360v1 5
chrUn_NW_026528363v1 358
chrUn_NW_026528370v1 254
chrUn_NW_026528371v1 1426
chrUn_NW_026528372v1 416
chrUn_NW_026528373v1 1085
chrUn_NW_026528378v1 13
chrUn_NW_026528380v1 16
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 87
chrUn_NW_026528385v1 68
chrUn_NW_026528390v1 99
chrUn_NW_026528393v1 43
chrUn_NW_026528396v1 12
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 8
chrUn_NW_026528403v1 25
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 12
chrUn_NW_026528409v1 15
chrUn_NW_026528412v1 19
chrUn_NW_026528413v1 14
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528419v1 4
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 79
chrUn_NW_026528431v1 535
chrUn_NW_026528432v1 1266
chrUn_NW_026528433v1 5052
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528471v1 3
chrUn_NW_026528480v1 764
chrUn_NW_026528558v1 1865
chrUn_NW_026528559v1 190
chrUn_NW_026528561v1 681
chrUn_NW_026528588v1 45
chrUn_NW_026528589v1 36
chrUn_NW_026528590v1 2704
chrUn_NW_026528596v1 3562
chrUn_NW_026528609v1 51
chrUn_NW_026528611v1 11
chrUn_NW_026528615v1 46
chrUn_NW_026528621v1 87
chrUn_NW_026528631v1 545
chrUn_NW_026528634v1 379
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 19
chrUn_NW_026528650v1 57
chrUn_NW_026528656v1 7
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 6
chrUn_NW_026528668v1 18
chrUn_NW_026528670v1 7
chrUn_NW_026528677v1 31
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 584
chrUn_NW_026528737v1 177
chrUn_NW_026528739v1 62
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 4
chrUn_NW_026528745v1 35
chrUn_NW_026528748v1 8
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 10
chrUn_NW_026528752v1 22
chrUn_NW_026528754v1 13
chrUn_NW_026528755v1 196
chrUn_NW_026528772v1 36
chrUn_NW_026528775v1 33
chrUn_NW_026528777v1 18
chrUn_NW_026528784v1 31
chrUn_NW_026528785v1 22
chrUn_NW_026528786v1 70
chrUn_NW_026528788v1 16
chrUn_NW_026528791v1 6
chrUn_NW_026528792v1 12
chrUn_NW_026528793v1 221
chrUn_NW_026528795v1 148
chrUn_NW_026528796v1 308
chrUn_NW_026528797v1 4785
chrUn_NW_026528798v1 1611
chrUn_NW_026528799v1 330
chrUn_NW_026528880v1 78
chrUn_NW_026528882v1 18
chrUn_NW_026528883v1 6
chrUn_NW_026528884v1 20
chrUn_NW_026528885v1 15
chrUn_NW_026528887v1 217
chrUn_NW_026528888v1 52
chrUn_NW_026528889v1 29
chrUn_NW_026528891v1 97
chrUn_NW_026528893v1 13
chrUn_NW_026528894v1 981
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 47
chrUn_NW_026528900v1 395
chrUn_NW_026528902v1 320
chrUn_NW_026528903v1 1900
chrUn_NW_026528917v1 497
chrUn_NW_026528926v1 101
chrUn_NW_026528928v1 898
chrUn_NW_026528937v1 71
chrUn_NW_026528938v1 13
chrUn_NW_026528950v1 18
chrUn_NW_026528952v1 13
chrUn_NW_026528957v1 1153
chrUn_NW_026528960v1 533
chrUn_NW_026528975v1 156
chrUn_NW_026528984v1 124
chrUn_NW_026528985v1 12
chrUn_NW_026528986v1 12
chrUn_NW_026528987v1 25
chrUn_NW_026528988v1 210
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528990v1 3
chrUn_NW_026528992v1 59
chrUn_NW_026528994v1 11
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 68
chrUn_NW_026529007v1 763
chrUn_NW_026529008v1 7095
chrUn_NW_026529013v1 51
chrUn_NW_026529015v1 136
chrUn_NW_026529016v1 1216
chrUn_NW_026529060v1 2800
chrUn_NW_026529081v1 1037
chrUn_NW_026529085v1 3221
chrX 5978881
chrX_NW_026527892v1_random 441
chrX_NW_026527894v1_random 1163
chrX_NW_026527897v1_random 186
chrY 117864
chrY_NW_026527906v1_random 35
chrY_NW_026527909v1_random 146
chrY_NW_026527911v1_random 433
chrY_NW_026527913v1_random 456
chrY_NW_026527914v1_random 581
chrY_NW_026527915v1_random 46
chrY_NW_026527916v1_random 218
chrY_NW_026527918v1_random 135
chrY_NW_026527919v1_random 403
chrY_NW_026527927v1_random 51
chrY_NW_026527928v1_random 6
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 134
chrY_NW_026527938v1_random 443
chrY_NW_026527939v1_random 24
chrY_NW_026527942v1_random 1163
chrY_NW_026527945v1_random 47
chrY_NW_026527948v1_random 172
chrY_NW_026527949v1_random 203
chrY_NW_026527950v1_random 2182
chrY_NW_026527951v1_random 298
chrY_NW_026527955v1_random 474
chrY_NW_026527956v1_random 5509
chrY_NW_026527958v1_random 2336
chrY_NW_026527960v1_random 151
chrY_NW_026527961v1_random 711
chrY_NW_026527966v1_random 31330
chrY_NW_026527967v1_random 557
chrY_NW_026527968v1_random 3187
chrY_NW_026527969v1_random 187
chrY_NW_026527974v1_random 159
chrY_NW_026527980v1_random 94

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 301401105 1 5039 137.48 106
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0068_5.gz 2.76 GB 741d606108eb2e8bf2b211c540d1479c
P0068_5.gz.tbi 1.2 MB 4aee2d2ff13b5ba217925cf528f17b74
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB f1200f77336479804db0e78ee18cdf98
statistics/