Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0069_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0069_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0069_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0069_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTGCTTCTCGGCCATA-P0069_1, CAAGAACCAGTTGCGT-P0069_1, TAGTGTGGTGGAAACG-P0069_1, ACCAAGCGTTGGTTAG-P0069_1, TGCATTAAGGGATGAC-P0069_1 (top 5 of 297 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
9,192,097
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 9192097
chr1 766183
chr2 626307
chr3 443717
chr4 496805
chr5 725545
chr6 475147
chr7 570470
chr8 351675
chr9 464485
chr10 475223
chr11 492185
chr12 468318
chr13 347916
chr14 346157
chr15 353222
chr16 288247
chr17 213234
chr18 184009
chr19 206075
chr20 191081
chr21 137038
chr22 379311
chrUn_NW_026528016v1 3
chrUn_NW_026528017v1 32
chrUn_NW_026528021v1 45
chrUn_NW_026528026v1 19
chrUn_NW_026528029v1 25
chrUn_NW_026528038v1 21
chrUn_NW_026528039v1 22
chrUn_NW_026528065v1 10
chrUn_NW_026528075v1 6
chrUn_NW_026528103v1 2
chrUn_NW_026528125v1 6
chrUn_NW_026528140v1 40
chrUn_NW_026528210v1 4
chrUn_NW_026528215v1 14
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 2
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 6
chrUn_NW_026528226v1 9
chrUn_NW_026528228v1 4
chrUn_NW_026528230v1 12
chrUn_NW_026528232v1 42
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 33
chrUn_NW_026528285v1 3
chrUn_NW_026528292v1 1
chrUn_NW_026528295v1 17
chrUn_NW_026528296v1 582
chrUn_NW_026528310v1 7
chrUn_NW_026528320v1 2
chrUn_NW_026528332v1 2
chrUn_NW_026528338v1 1
chrUn_NW_026528339v1 2
chrUn_NW_026528345v1 1
chrUn_NW_026528347v1 1
chrUn_NW_026528350v1 1
chrUn_NW_026528353v1 3
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 7
chrUn_NW_026528370v1 15
chrUn_NW_026528371v1 34
chrUn_NW_026528372v1 13
chrUn_NW_026528373v1 67
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528384v1 1
chrUn_NW_026528385v1 1
chrUn_NW_026528390v1 2
chrUn_NW_026528393v1 1
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528408v1 1
chrUn_NW_026528409v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 3
chrUn_NW_026528431v1 26
chrUn_NW_026528432v1 43
chrUn_NW_026528433v1 281
chrUn_NW_026528480v1 36
chrUn_NW_026528558v1 107
chrUn_NW_026528559v1 3
chrUn_NW_026528561v1 11
chrUn_NW_026528588v1 2
chrUn_NW_026528589v1 2
chrUn_NW_026528590v1 102
chrUn_NW_026528596v1 183
chrUn_NW_026528609v1 4
chrUn_NW_026528621v1 1
chrUn_NW_026528631v1 15
chrUn_NW_026528634v1 17
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 1
chrUn_NW_026528719v1 33
chrUn_NW_026528737v1 14
chrUn_NW_026528739v1 3
chrUn_NW_026528745v1 3
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528755v1 8
chrUn_NW_026528772v1 1
chrUn_NW_026528775v1 1
chrUn_NW_026528786v1 1
chrUn_NW_026528793v1 11
chrUn_NW_026528795v1 5
chrUn_NW_026528796v1 13
chrUn_NW_026528797v1 184
chrUn_NW_026528798v1 58
chrUn_NW_026528799v1 8
chrUn_NW_026528884v1 1
chrUn_NW_026528887v1 8
chrUn_NW_026528888v1 1
chrUn_NW_026528889v1 1
chrUn_NW_026528891v1 6
chrUn_NW_026528894v1 49
chrUn_NW_026528899v1 2
chrUn_NW_026528900v1 11
chrUn_NW_026528902v1 11
chrUn_NW_026528903v1 48
chrUn_NW_026528917v1 19
chrUn_NW_026528926v1 2
chrUn_NW_026528928v1 45
chrUn_NW_026528937v1 3
chrUn_NW_026528957v1 52
chrUn_NW_026528960v1 12
chrUn_NW_026528975v1 4
chrUn_NW_026528984v1 7
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 7
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026529007v1 30
chrUn_NW_026529008v1 241
chrUn_NW_026529013v1 2
chrUn_NW_026529015v1 5
chrUn_NW_026529016v1 61
chrUn_NW_026529060v1 62
chrUn_NW_026529081v1 23
chrUn_NW_026529085v1 55
chrX 180730
chrX_NW_026527892v1_random 21
chrX_NW_026527894v1_random 16
chrX_NW_026527897v1_random 8
chrY 3546
chrY_NW_026527909v1_random 2
chrY_NW_026527911v1_random 10
chrY_NW_026527913v1_random 20
chrY_NW_026527914v1_random 9
chrY_NW_026527915v1_random 1
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527918v1_random 8
chrY_NW_026527919v1_random 14
chrY_NW_026527927v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 3
chrY_NW_026527938v1_random 30
chrY_NW_026527942v1_random 25
chrY_NW_026527945v1_random 7
chrY_NW_026527948v1_random 7
chrY_NW_026527949v1_random 5
chrY_NW_026527950v1_random 81
chrY_NW_026527951v1_random 11
chrY_NW_026527955v1_random 15
chrY_NW_026527956v1_random 335
chrY_NW_026527958v1_random 144
chrY_NW_026527960v1_random 4
chrY_NW_026527961v1_random 20
chrY_NW_026527966v1_random 1413
chrY_NW_026527967v1_random 37
chrY_NW_026527968v1_random 121
chrY_NW_026527969v1_random 2
chrY_NW_026527974v1_random 4
chrY_NW_026527980v1_random 6

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 9192097 1 4930 138.9 112
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0069_1.h5ad.gz 78.65 MB 3fa3cb2f01a48af0e96ece9e7db91906
P0069_1.h5ad.gz.tbi 689.98 KB 65aeb7297d62131e230805ef6b75da3b
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB b7d6ee9f04799a41e79936e1ef849a4a
statistics/