Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0069_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0069_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0069_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0069_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AATTACCCAGTAATAG-P0069_1, GTACTTAAGCCGCAAC-P0069_1, TAAGGACCACCTGCTC-P0069_1, GGAACCACAGGCGATA-P0069_1, GGCCTCTGTGGATTAT-P0069_1 (top 5 of 1355 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
68,238,524
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 68238524
chr1 5520688
chr2 4601029
chr3 3353681
chr4 3667403
chr5 5529663
chr6 3528504
chr7 4430335
chr8 2710802
chr9 3410525
chr10 3612225
chr11 3660851
chr12 3551320
chr13 2652553
chr14 2609577
chr15 2647780
chr16 2133141
chr17 1571173
chr18 1295646
chr19 1416762
chr20 1322412
chr21 1035835
chr22 2571834
chrUn_NW_026528016v1 9
chrUn_NW_026528017v1 151
chrUn_NW_026528021v1 335
chrUn_NW_026528026v1 130
chrUn_NW_026528029v1 216
chrUn_NW_026528038v1 191
chrUn_NW_026528039v1 293
chrUn_NW_026528065v1 100
chrUn_NW_026528075v1 47
chrUn_NW_026528103v1 7
chrUn_NW_026528125v1 19
chrUn_NW_026528140v1 212
chrUn_NW_026528210v1 42
chrUn_NW_026528215v1 106
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 11
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528224v1 10
chrUn_NW_026528225v1 27
chrUn_NW_026528226v1 27
chrUn_NW_026528228v1 49
chrUn_NW_026528230v1 108
chrUn_NW_026528232v1 494
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 280
chrUn_NW_026528285v1 15
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 50
chrUn_NW_026528296v1 4908
chrUn_NW_026528310v1 42
chrUn_NW_026528320v1 7
chrUn_NW_026528327v1 6
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 6
chrUn_NW_026528338v1 10
chrUn_NW_026528339v1 10
chrUn_NW_026528345v1 1
chrUn_NW_026528347v1 3
chrUn_NW_026528350v1 5
chrUn_NW_026528353v1 10
chrUn_NW_026528356v1 4
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 69
chrUn_NW_026528370v1 55
chrUn_NW_026528371v1 306
chrUn_NW_026528372v1 127
chrUn_NW_026528373v1 317
chrUn_NW_026528378v1 2
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 9
chrUn_NW_026528385v1 26
chrUn_NW_026528390v1 23
chrUn_NW_026528393v1 10
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 6
chrUn_NW_026528409v1 5
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 20
chrUn_NW_026528431v1 125
chrUn_NW_026528432v1 189
chrUn_NW_026528433v1 1104
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 167
chrUn_NW_026528558v1 530
chrUn_NW_026528559v1 24
chrUn_NW_026528561v1 242
chrUn_NW_026528588v1 9
chrUn_NW_026528589v1 8
chrUn_NW_026528590v1 550
chrUn_NW_026528596v1 784
chrUn_NW_026528609v1 11
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 2
chrUn_NW_026528621v1 20
chrUn_NW_026528631v1 101
chrUn_NW_026528634v1 57
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 6
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 7
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 185
chrUn_NW_026528737v1 55
chrUn_NW_026528739v1 11
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 42
chrUn_NW_026528772v1 11
chrUn_NW_026528775v1 4
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 3
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 14
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 45
chrUn_NW_026528795v1 41
chrUn_NW_026528796v1 97
chrUn_NW_026528797v1 1286
chrUn_NW_026528798v1 448
chrUn_NW_026528799v1 78
chrUn_NW_026528880v1 6
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 2
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 66
chrUn_NW_026528888v1 13
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 21
chrUn_NW_026528893v1 4
chrUn_NW_026528894v1 209
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 14
chrUn_NW_026528900v1 88
chrUn_NW_026528902v1 72
chrUn_NW_026528903v1 384
chrUn_NW_026528917v1 103
chrUn_NW_026528926v1 23
chrUn_NW_026528928v1 232
chrUn_NW_026528937v1 17
chrUn_NW_026528938v1 4
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 277
chrUn_NW_026528960v1 101
chrUn_NW_026528975v1 26
chrUn_NW_026528984v1 46
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 3
chrUn_NW_026528988v1 73
chrUn_NW_026528989v1 8
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 14
chrUn_NW_026529007v1 173
chrUn_NW_026529008v1 1619
chrUn_NW_026529013v1 18
chrUn_NW_026529015v1 31
chrUn_NW_026529016v1 286
chrUn_NW_026529060v1 608
chrUn_NW_026529081v1 262
chrUn_NW_026529085v1 697
chrX 1346234
chrX_NW_026527892v1_random 130
chrX_NW_026527894v1_random 243
chrX_NW_026527897v1_random 34
chrY 27470
chrY_NW_026527906v1_random 10
chrY_NW_026527909v1_random 28
chrY_NW_026527911v1_random 98
chrY_NW_026527913v1_random 163
chrY_NW_026527914v1_random 154
chrY_NW_026527915v1_random 10
chrY_NW_026527916v1_random 46
chrY_NW_026527918v1_random 27
chrY_NW_026527919v1_random 96
chrY_NW_026527927v1_random 13
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 45
chrY_NW_026527938v1_random 110
chrY_NW_026527939v1_random 4
chrY_NW_026527942v1_random 169
chrY_NW_026527945v1_random 17
chrY_NW_026527948v1_random 33
chrY_NW_026527949v1_random 46
chrY_NW_026527950v1_random 400
chrY_NW_026527951v1_random 43
chrY_NW_026527955v1_random 86
chrY_NW_026527956v1_random 877
chrY_NW_026527958v1_random 408
chrY_NW_026527960v1_random 33
chrY_NW_026527961v1_random 141
chrY_NW_026527966v1_random 5824
chrY_NW_026527967v1_random 140
chrY_NW_026527968v1_random 749
chrY_NW_026527969v1_random 36
chrY_NW_026527974v1_random 35
chrY_NW_026527980v1_random 20

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 68238524 1 5025 144.8 127
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0069_1.gz 640.72 MB 0914b7ee5163775ab42208032357ad8e
P0069_1.gz.tbi 653.01 KB da0e6a3d6022710ebe7629df46058f61
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 85aca5f073763497a41caf5e7658e7d3
statistics/