Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0069_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0069_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0069_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0069_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCTTGCGTCATGGCTG-P0069_2, TCTGGCTTCCCTCATA-P0069_2, AAAGGTTAGCATGTCG-P0069_2, GGGTCAACAGGAATCG-P0069_2, ACAGGAATCTTTGACT-P0069_2 (top 5 of 285 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
8,912,948
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 8912948
chr1 726171
chr2 587057
chr3 433991
chr4 504580
chr5 725465
chr6 467530
chr7 564783
chr8 344782
chr9 428755
chr10 472753
chr11 476552
chr12 462412
chr13 357682
chr14 329560
chr15 344012
chr16 272315
chr17 194987
chr18 169274
chr19 187018
chr20 178895
chr21 135242
chr22 367065
chrUn_NW_026528016v1 2
chrUn_NW_026528017v1 20
chrUn_NW_026528021v1 46
chrUn_NW_026528026v1 22
chrUn_NW_026528029v1 12
chrUn_NW_026528038v1 20
chrUn_NW_026528039v1 38
chrUn_NW_026528065v1 9
chrUn_NW_026528075v1 23
chrUn_NW_026528103v1 2
chrUn_NW_026528125v1 4
chrUn_NW_026528140v1 42
chrUn_NW_026528210v1 5
chrUn_NW_026528215v1 13
chrUn_NW_026528225v1 1
chrUn_NW_026528226v1 8
chrUn_NW_026528228v1 12
chrUn_NW_026528230v1 6
chrUn_NW_026528232v1 45
chrUn_NW_026528278v1 31
chrUn_NW_026528285v1 2
chrUn_NW_026528292v1 1
chrUn_NW_026528295v1 14
chrUn_NW_026528296v1 647
chrUn_NW_026528310v1 11
chrUn_NW_026528320v1 5
chrUn_NW_026528327v1 1
chrUn_NW_026528332v1 1
chrUn_NW_026528335v1 2
chrUn_NW_026528338v1 1
chrUn_NW_026528339v1 1
chrUn_NW_026528350v1 2
chrUn_NW_026528363v1 9
chrUn_NW_026528370v1 9
chrUn_NW_026528371v1 38
chrUn_NW_026528372v1 11
chrUn_NW_026528373v1 63
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528385v1 2
chrUn_NW_026528390v1 1
chrUn_NW_026528393v1 1
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528412v1 1
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528423v1 2
chrUn_NW_026528431v1 17
chrUn_NW_026528432v1 30
chrUn_NW_026528433v1 286
chrUn_NW_026528480v1 43
chrUn_NW_026528558v1 146
chrUn_NW_026528559v1 6
chrUn_NW_026528561v1 17
chrUn_NW_026528588v1 5
chrUn_NW_026528589v1 1
chrUn_NW_026528590v1 111
chrUn_NW_026528596v1 120
chrUn_NW_026528615v1 3
chrUn_NW_026528621v1 3
chrUn_NW_026528631v1 6
chrUn_NW_026528634v1 16
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 22
chrUn_NW_026528737v1 4
chrUn_NW_026528739v1 2
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 2
chrUn_NW_026528752v1 2
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 6
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 7
chrUn_NW_026528795v1 9
chrUn_NW_026528796v1 16
chrUn_NW_026528797v1 181
chrUn_NW_026528798v1 64
chrUn_NW_026528799v1 11
chrUn_NW_026528880v1 5
chrUn_NW_026528887v1 11
chrUn_NW_026528893v1 1
chrUn_NW_026528894v1 28
chrUn_NW_026528899v1 1
chrUn_NW_026528900v1 9
chrUn_NW_026528902v1 4
chrUn_NW_026528903v1 43
chrUn_NW_026528917v1 39
chrUn_NW_026528926v1 5
chrUn_NW_026528928v1 55
chrUn_NW_026528937v1 2
chrUn_NW_026528938v1 2
chrUn_NW_026528957v1 90
chrUn_NW_026528960v1 13
chrUn_NW_026528975v1 13
chrUn_NW_026528984v1 1
chrUn_NW_026528988v1 6
chrUn_NW_026528992v1 1
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 1
chrUn_NW_026529007v1 17
chrUn_NW_026529008v1 199
chrUn_NW_026529013v1 5
chrUn_NW_026529015v1 11
chrUn_NW_026529016v1 55
chrUn_NW_026529060v1 41
chrUn_NW_026529081v1 20
chrUn_NW_026529085v1 56
chrX 173073
chrX_NW_026527892v1_random 6
chrX_NW_026527894v1_random 32
chrX_NW_026527897v1_random 6
chrY 3769
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 7
chrY_NW_026527911v1_random 9
chrY_NW_026527913v1_random 14
chrY_NW_026527914v1_random 16
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527916v1_random 7
chrY_NW_026527918v1_random 4
chrY_NW_026527919v1_random 12
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 3
chrY_NW_026527938v1_random 37
chrY_NW_026527942v1_random 16
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 4
chrY_NW_026527949v1_random 4
chrY_NW_026527950v1_random 90
chrY_NW_026527951v1_random 14
chrY_NW_026527955v1_random 14
chrY_NW_026527956v1_random 300
chrY_NW_026527958v1_random 117
chrY_NW_026527960v1_random 3
chrY_NW_026527961v1_random 15
chrY_NW_026527966v1_random 1308
chrY_NW_026527967v1_random 11
chrY_NW_026527968v1_random 88
chrY_NW_026527969v1_random 1
chrY_NW_026527974v1_random 3
chrY_NW_026527980v1_random 2

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 8912948 1 5019 136.17 108
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0069_2.h5ad.gz 76.44 MB 7abe1059960b4c17a7baec6c94b58b50
P0069_2.h5ad.gz.tbi 703.44 KB a3beea2ce53e0ac3348dd96a9f0571f7
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 7f74f7c9f7da872e147ba0452df0584a
statistics/