Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0069_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0069_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0069_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0069_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATTAGTGTCCCGAAG-P0069_2, CCTTGCGTCATGGCTG-P0069_2, CACATACAGCAAACCT-P0069_2, CGTTTGGAGCTTTGGG-P0069_2, TAAGTAGCATTGTGTG-P0069_2 (top 5 of 1267 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
66,341,311
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 66341311
chr1 5363123
chr2 4426258
chr3 3292108
chr4 3570822
chr5 5355395
chr6 3456415
chr7 4301948
chr8 2644524
chr9 3289559
chr10 3492533
chr11 3518511
chr12 3426564
chr13 2618754
chr14 2540904
chr15 2586891
chr16 2063820
chr17 1533536
chr18 1269150
chr19 1379937
chr20 1303998
chr21 1008540
chr22 2511249
chrUn_NW_026528016v1 11
chrUn_NW_026528017v1 112
chrUn_NW_026528021v1 269
chrUn_NW_026528026v1 129
chrUn_NW_026528029v1 190
chrUn_NW_026528038v1 181
chrUn_NW_026528039v1 278
chrUn_NW_026528065v1 84
chrUn_NW_026528075v1 70
chrUn_NW_026528103v1 10
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 33
chrUn_NW_026528140v1 212
chrUn_NW_026528210v1 40
chrUn_NW_026528215v1 102
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 9
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 5
chrUn_NW_026528225v1 35
chrUn_NW_026528226v1 26
chrUn_NW_026528228v1 55
chrUn_NW_026528230v1 93
chrUn_NW_026528232v1 486
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 261
chrUn_NW_026528285v1 19
chrUn_NW_026528292v1 12
chrUn_NW_026528295v1 39
chrUn_NW_026528296v1 4561
chrUn_NW_026528310v1 54
chrUn_NW_026528320v1 20
chrUn_NW_026528327v1 9
chrUn_NW_026528332v1 9
chrUn_NW_026528335v1 7
chrUn_NW_026528338v1 9
chrUn_NW_026528339v1 13
chrUn_NW_026528345v1 1
chrUn_NW_026528347v1 2
chrUn_NW_026528350v1 8
chrUn_NW_026528353v1 9
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528363v1 71
chrUn_NW_026528370v1 71
chrUn_NW_026528371v1 284
chrUn_NW_026528372v1 114
chrUn_NW_026528373v1 324
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 6
chrUn_NW_026528385v1 17
chrUn_NW_026528390v1 21
chrUn_NW_026528393v1 3
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 6
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 19
chrUn_NW_026528431v1 113
chrUn_NW_026528432v1 220
chrUn_NW_026528433v1 1140
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 190
chrUn_NW_026528558v1 551
chrUn_NW_026528559v1 36
chrUn_NW_026528561v1 199
chrUn_NW_026528588v1 11
chrUn_NW_026528589v1 6
chrUn_NW_026528590v1 523
chrUn_NW_026528596v1 915
chrUn_NW_026528609v1 8
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 10
chrUn_NW_026528621v1 20
chrUn_NW_026528631v1 79
chrUn_NW_026528634v1 107
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 8
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 1
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 5
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 150
chrUn_NW_026528737v1 43
chrUn_NW_026528739v1 9
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 11
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 10
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 49
chrUn_NW_026528772v1 6
chrUn_NW_026528775v1 7
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 4
chrUn_NW_026528786v1 18
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 59
chrUn_NW_026528795v1 52
chrUn_NW_026528796v1 97
chrUn_NW_026528797v1 1303
chrUn_NW_026528798v1 397
chrUn_NW_026528799v1 93
chrUn_NW_026528880v1 13
chrUn_NW_026528882v1 2
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 64
chrUn_NW_026528888v1 5
chrUn_NW_026528889v1 7
chrUn_NW_026528891v1 18
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 208
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 9
chrUn_NW_026528900v1 99
chrUn_NW_026528902v1 79
chrUn_NW_026528903v1 331
chrUn_NW_026528917v1 144
chrUn_NW_026528926v1 33
chrUn_NW_026528928v1 212
chrUn_NW_026528937v1 23
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 3
chrUn_NW_026528952v1 1
chrUn_NW_026528957v1 334
chrUn_NW_026528960v1 90
chrUn_NW_026528975v1 37
chrUn_NW_026528984v1 44
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 2
chrUn_NW_026528988v1 70
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 8
chrUn_NW_026528995v1 3
chrUn_NW_026528996v1 15
chrUn_NW_026529007v1 132
chrUn_NW_026529008v1 1558
chrUn_NW_026529013v1 18
chrUn_NW_026529015v1 40
chrUn_NW_026529016v1 307
chrUn_NW_026529060v1 691
chrUn_NW_026529081v1 207
chrUn_NW_026529085v1 669
chrX 1328104
chrX_NW_026527892v1_random 123
chrX_NW_026527894v1_random 314
chrX_NW_026527897v1_random 29
chrY 27829
chrY_NW_026527906v1_random 4
chrY_NW_026527909v1_random 30
chrY_NW_026527911v1_random 85
chrY_NW_026527913v1_random 155
chrY_NW_026527914v1_random 130
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 43
chrY_NW_026527918v1_random 32
chrY_NW_026527919v1_random 81
chrY_NW_026527927v1_random 15
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 50
chrY_NW_026527938v1_random 124
chrY_NW_026527939v1_random 10
chrY_NW_026527942v1_random 194
chrY_NW_026527945v1_random 11
chrY_NW_026527948v1_random 28
chrY_NW_026527949v1_random 42
chrY_NW_026527950v1_random 402
chrY_NW_026527951v1_random 45
chrY_NW_026527955v1_random 71
chrY_NW_026527956v1_random 837
chrY_NW_026527958v1_random 370
chrY_NW_026527960v1_random 36
chrY_NW_026527961v1_random 162
chrY_NW_026527966v1_random 5961
chrY_NW_026527967v1_random 111
chrY_NW_026527968v1_random 778
chrY_NW_026527969v1_random 34
chrY_NW_026527974v1_random 28
chrY_NW_026527980v1_random 21

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 66341311 1 5019 142.65 125
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0069_2.gz 620.65 MB 05641003d7344e6b051b75b390b18e6c
P0069_2.gz.tbi 646.28 KB c6ea9d79a37aba0356363f9f17f105ef
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB bf5c9a02e7f31d8634afe0fb7d8dce40
statistics/