Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0069_4.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0069_4.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0069_4.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0069_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TCTCAATTCCAACTGG-P0069_4, ATACCTGCACAGAACG-P0069_4, GTACTTCGTTATCGAG-P0069_4, GGTCTTTGTGCGCATG-P0069_4, CCCAAATAGAAAGCAT-P0069_4 (top 5 of 234 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
7,205,707
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 7205707
chr1 579392
chr2 458478
chr3 428811
chr4 399907
chr5 486133
chr6 353518
chr7 443755
chr8 309884
chr9 377789
chr10 350734
chr11 378990
chr12 360816
chr13 276170
chr14 313690
chr15 300351
chr16 244164
chr17 181223
chr18 132789
chr19 147962
chr20 156289
chr21 110463
chr22 260022
chrUn_NW_026528016v1 4
chrUn_NW_026528017v1 27
chrUn_NW_026528021v1 19
chrUn_NW_026528026v1 33
chrUn_NW_026528029v1 16
chrUn_NW_026528038v1 7
chrUn_NW_026528039v1 12
chrUn_NW_026528065v1 10
chrUn_NW_026528075v1 22
chrUn_NW_026528103v1 2
chrUn_NW_026528125v1 1
chrUn_NW_026528140v1 38
chrUn_NW_026528210v1 5
chrUn_NW_026528215v1 6
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 1
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 12
chrUn_NW_026528226v1 17
chrUn_NW_026528228v1 5
chrUn_NW_026528230v1 20
chrUn_NW_026528232v1 21
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 14
chrUn_NW_026528285v1 2
chrUn_NW_026528292v1 1
chrUn_NW_026528295v1 10
chrUn_NW_026528296v1 405
chrUn_NW_026528310v1 15
chrUn_NW_026528320v1 3
chrUn_NW_026528327v1 1
chrUn_NW_026528332v1 1
chrUn_NW_026528335v1 2
chrUn_NW_026528338v1 2
chrUn_NW_026528339v1 1
chrUn_NW_026528347v1 1
chrUn_NW_026528350v1 1
chrUn_NW_026528353v1 1
chrUn_NW_026528356v1 3
chrUn_NW_026528363v1 5
chrUn_NW_026528370v1 13
chrUn_NW_026528371v1 30
chrUn_NW_026528372v1 12
chrUn_NW_026528373v1 45
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528384v1 1
chrUn_NW_026528385v1 10
chrUn_NW_026528390v1 3
chrUn_NW_026528393v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 1
chrUn_NW_026528409v1 1
chrUn_NW_026528412v1 1
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 5
chrUn_NW_026528431v1 31
chrUn_NW_026528432v1 77
chrUn_NW_026528433v1 313
chrUn_NW_026528480v1 53
chrUn_NW_026528558v1 118
chrUn_NW_026528559v1 5
chrUn_NW_026528561v1 9
chrUn_NW_026528588v1 1
chrUn_NW_026528590v1 89
chrUn_NW_026528596v1 197
chrUn_NW_026528609v1 6
chrUn_NW_026528615v1 3
chrUn_NW_026528631v1 6
chrUn_NW_026528634v1 10
chrUn_NW_026528650v1 2
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 3
chrUn_NW_026528677v1 3
chrUn_NW_026528719v1 21
chrUn_NW_026528737v1 10
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528745v1 3
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 15
chrUn_NW_026528772v1 2
chrUn_NW_026528775v1 2
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528785v1 2
chrUn_NW_026528786v1 2
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528793v1 10
chrUn_NW_026528795v1 6
chrUn_NW_026528796v1 10
chrUn_NW_026528797v1 198
chrUn_NW_026528798v1 42
chrUn_NW_026528799v1 5
chrUn_NW_026528880v1 1
chrUn_NW_026528887v1 5
chrUn_NW_026528888v1 1
chrUn_NW_026528889v1 1
chrUn_NW_026528891v1 7
chrUn_NW_026528894v1 27
chrUn_NW_026528899v1 3
chrUn_NW_026528900v1 6
chrUn_NW_026528902v1 14
chrUn_NW_026528903v1 124
chrUn_NW_026528917v1 7
chrUn_NW_026528926v1 6
chrUn_NW_026528928v1 53
chrUn_NW_026528937v1 6
chrUn_NW_026528957v1 88
chrUn_NW_026528960v1 9
chrUn_NW_026528975v1 8
chrUn_NW_026528984v1 8
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528988v1 11
chrUn_NW_026528992v1 1
chrUn_NW_026528996v1 5
chrUn_NW_026529007v1 19
chrUn_NW_026529008v1 230
chrUn_NW_026529013v1 1
chrUn_NW_026529015v1 10
chrUn_NW_026529016v1 79
chrUn_NW_026529060v1 57
chrUn_NW_026529081v1 31
chrUn_NW_026529085v1 90
chrX 145599
chrX_NW_026527892v1_random 11
chrX_NW_026527894v1_random 13
chrX_NW_026527897v1_random 4
chrY 3349
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 5
chrY_NW_026527911v1_random 5
chrY_NW_026527913v1_random 15
chrY_NW_026527914v1_random 13
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527916v1_random 4
chrY_NW_026527918v1_random 7
chrY_NW_026527919v1_random 7
chrY_NW_026527927v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 1
chrY_NW_026527938v1_random 33
chrY_NW_026527942v1_random 51
chrY_NW_026527945v1_random 5
chrY_NW_026527948v1_random 7
chrY_NW_026527949v1_random 6
chrY_NW_026527950v1_random 86
chrY_NW_026527951v1_random 5
chrY_NW_026527955v1_random 15
chrY_NW_026527956v1_random 285
chrY_NW_026527958v1_random 127
chrY_NW_026527960v1_random 10
chrY_NW_026527961v1_random 27
chrY_NW_026527966v1_random 1403
chrY_NW_026527967v1_random 38
chrY_NW_026527968v1_random 161
chrY_NW_026527969v1_random 1
chrY_NW_026527974v1_random 10
chrY_NW_026527980v1_random 8

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 7205707 1 4669 133.01 104
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0069_4.h5ad.gz 59.94 MB 877c37152ce007bbafda9b106ccc5d0a
P0069_4.h5ad.gz.tbi 747.56 KB 4e35f0dabe457b83043b3b770707a75c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 38af1415123b1ddc2b90922b7d921c0e
statistics/