Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0069_4content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0069_4
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0069_4
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0069_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCAATATCAACTGGGA-P0069_4, TCTCAATTCCAACTGG-P0069_4, TAGCCTGAGGGATGAC-P0069_4, ATCATGTCAGTCTATG-P0069_4, CATAGCTAGGTACCGC-P0069_4 (top 5 of 752 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
38,744,509
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 38744509
chr1 3069279
chr2 2576048
chr3 2054965
chr4 2166586
chr5 2998603
chr6 2029880
chr7 2467926
chr8 1562320
chr9 1897363
chr10 1995143
chr11 2071878
chr12 2026454
chr13 1554605
chr14 1528268
chr15 1513481
chr16 1245943
chr17 950850
chr18 716081
chr19 768334
chr20 779983
chr21 598976
chr22 1322532
chrUn_NW_026528016v1 9
chrUn_NW_026528017v1 73
chrUn_NW_026528021v1 157
chrUn_NW_026528026v1 117
chrUn_NW_026528029v1 124
chrUn_NW_026528038v1 92
chrUn_NW_026528039v1 184
chrUn_NW_026528065v1 61
chrUn_NW_026528075v1 70
chrUn_NW_026528103v1 12
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 23
chrUn_NW_026528140v1 158
chrUn_NW_026528210v1 28
chrUn_NW_026528215v1 57
chrUn_NW_026528218v1 3
chrUn_NW_026528219v1 4
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528224v1 8
chrUn_NW_026528225v1 34
chrUn_NW_026528226v1 28
chrUn_NW_026528228v1 33
chrUn_NW_026528230v1 95
chrUn_NW_026528232v1 244
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 112
chrUn_NW_026528285v1 7
chrUn_NW_026528292v1 2
chrUn_NW_026528295v1 50
chrUn_NW_026528296v1 2654
chrUn_NW_026528310v1 26
chrUn_NW_026528320v1 10
chrUn_NW_026528327v1 2
chrUn_NW_026528332v1 1
chrUn_NW_026528335v1 6
chrUn_NW_026528338v1 7
chrUn_NW_026528339v1 8
chrUn_NW_026528345v1 2
chrUn_NW_026528347v1 2
chrUn_NW_026528350v1 7
chrUn_NW_026528353v1 4
chrUn_NW_026528356v1 7
chrUn_NW_026528363v1 36
chrUn_NW_026528370v1 34
chrUn_NW_026528371v1 212
chrUn_NW_026528372v1 79
chrUn_NW_026528373v1 253
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528384v1 8
chrUn_NW_026528385v1 20
chrUn_NW_026528390v1 16
chrUn_NW_026528393v1 6
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 5
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 17
chrUn_NW_026528431v1 76
chrUn_NW_026528432v1 192
chrUn_NW_026528433v1 759
chrUn_NW_026528480v1 160
chrUn_NW_026528558v1 543
chrUn_NW_026528559v1 23
chrUn_NW_026528561v1 142
chrUn_NW_026528588v1 3
chrUn_NW_026528589v1 4
chrUn_NW_026528590v1 370
chrUn_NW_026528596v1 764
chrUn_NW_026528609v1 16
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 9
chrUn_NW_026528631v1 48
chrUn_NW_026528634v1 62
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 4
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 8
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 139
chrUn_NW_026528737v1 23
chrUn_NW_026528739v1 8
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528745v1 11
chrUn_NW_026528750v1 7
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 45
chrUn_NW_026528772v1 10
chrUn_NW_026528775v1 9
chrUn_NW_026528777v1 9
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 6
chrUn_NW_026528786v1 8
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528793v1 37
chrUn_NW_026528795v1 37
chrUn_NW_026528796v1 63
chrUn_NW_026528797v1 814
chrUn_NW_026528798v1 220
chrUn_NW_026528799v1 45
chrUn_NW_026528880v1 7
chrUn_NW_026528882v1 2
chrUn_NW_026528883v1 5
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 25
chrUn_NW_026528888v1 6
chrUn_NW_026528889v1 7
chrUn_NW_026528891v1 27
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 124
chrUn_NW_026528899v1 7
chrUn_NW_026528900v1 62
chrUn_NW_026528902v1 52
chrUn_NW_026528903v1 316
chrUn_NW_026528917v1 61
chrUn_NW_026528926v1 26
chrUn_NW_026528928v1 181
chrUn_NW_026528937v1 20
chrUn_NW_026528938v1 3
chrUn_NW_026528950v1 5
chrUn_NW_026528952v1 2
chrUn_NW_026528957v1 327
chrUn_NW_026528960v1 52
chrUn_NW_026528975v1 27
chrUn_NW_026528984v1 26
chrUn_NW_026528985v1 6
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 2
chrUn_NW_026528988v1 49
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528992v1 12
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 16
chrUn_NW_026529007v1 78
chrUn_NW_026529008v1 992
chrUn_NW_026529013v1 12
chrUn_NW_026529015v1 40
chrUn_NW_026529016v1 285
chrUn_NW_026529060v1 418
chrUn_NW_026529081v1 161
chrUn_NW_026529085v1 413
chrX 810993
chrX_NW_026527892v1_random 77
chrX_NW_026527894v1_random 170
chrX_NW_026527897v1_random 29
chrY 17715
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 20
chrY_NW_026527911v1_random 63
chrY_NW_026527913v1_random 89
chrY_NW_026527914v1_random 96
chrY_NW_026527915v1_random 7
chrY_NW_026527916v1_random 33
chrY_NW_026527918v1_random 15
chrY_NW_026527919v1_random 47
chrY_NW_026527927v1_random 13
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 26
chrY_NW_026527938v1_random 139
chrY_NW_026527942v1_random 165
chrY_NW_026527945v1_random 13
chrY_NW_026527948v1_random 18
chrY_NW_026527949v1_random 32
chrY_NW_026527950v1_random 301
chrY_NW_026527951v1_random 28
chrY_NW_026527955v1_random 62
chrY_NW_026527956v1_random 488
chrY_NW_026527958v1_random 206
chrY_NW_026527960v1_random 30
chrY_NW_026527961v1_random 96
chrY_NW_026527966v1_random 3524
chrY_NW_026527967v1_random 92
chrY_NW_026527968v1_random 503
chrY_NW_026527969v1_random 25
chrY_NW_026527974v1_random 27
chrY_NW_026527980v1_random 28

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 38744509 1 5037 144.16 129
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0069_4.gz 351.31 MB 6e7f7fe7bcac4379056101ffee49bb62
P0069_4.gz.tbi 576.35 KB e3a5d7efdb49c39aeb340fa7370568f6
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB d0319317c654434dae3d74b37a9abdbd
statistics/