Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0070_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0070_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0070_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0070_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATTACTGAGCCTGGTA-P0070_2, GGACCGAAGGGCCACT-P0070_2, ACAGGATCATATTGAC-P0070_2, ACTTCGCTCACCGGTA-P0070_2, GCTAAGAAGCTAAAGG-P0070_2 (top 5 of 995 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
41,441,804
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 41441804
chr1 3267309
chr2 2883377
chr3 2332705
chr4 2449763
chr5 2867912
chr6 2279258
chr7 2484231
chr8 1713239
chr9 2034199
chr10 2115894
chr11 2153000
chr12 1991716
chr13 1681258
chr14 1677943
chr15 1545704
chr16 1394940
chr17 1110798
chr18 789018
chr19 828634
chr20 797079
chr21 681429
chr22 1416913
chrUn_NW_026528016v1 17
chrUn_NW_026528017v1 316
chrUn_NW_026528021v1 131
chrUn_NW_026528026v1 233
chrUn_NW_026528029v1 104
chrUn_NW_026528038v1 62
chrUn_NW_026528039v1 124
chrUn_NW_026528065v1 51
chrUn_NW_026528075v1 116
chrUn_NW_026528103v1 31
chrUn_NW_026528125v1 70
chrUn_NW_026528140v1 196
chrUn_NW_026528210v1 35
chrUn_NW_026528215v1 107
chrUn_NW_026528218v1 3
chrUn_NW_026528219v1 14
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 49
chrUn_NW_026528226v1 36
chrUn_NW_026528228v1 45
chrUn_NW_026528230v1 113
chrUn_NW_026528232v1 161
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 102
chrUn_NW_026528285v1 3
chrUn_NW_026528292v1 3
chrUn_NW_026528295v1 143
chrUn_NW_026528296v1 2458
chrUn_NW_026528310v1 80
chrUn_NW_026528320v1 25
chrUn_NW_026528327v1 15
chrUn_NW_026528332v1 10
chrUn_NW_026528335v1 4
chrUn_NW_026528338v1 16
chrUn_NW_026528339v1 22
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 5
chrUn_NW_026528350v1 17
chrUn_NW_026528353v1 22
chrUn_NW_026528356v1 18
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 112
chrUn_NW_026528370v1 59
chrUn_NW_026528371v1 181
chrUn_NW_026528372v1 58
chrUn_NW_026528373v1 235
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 5
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 23
chrUn_NW_026528390v1 21
chrUn_NW_026528393v1 10
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 1
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 5
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 29
chrUn_NW_026528431v1 101
chrUn_NW_026528432v1 364
chrUn_NW_026528433v1 1426
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 382
chrUn_NW_026528558v1 1286
chrUn_NW_026528559v1 65
chrUn_NW_026528561v1 99
chrUn_NW_026528588v1 14
chrUn_NW_026528589v1 14
chrUn_NW_026528590v1 801
chrUn_NW_026528596v1 1851
chrUn_NW_026528609v1 17
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 8
chrUn_NW_026528621v1 5
chrUn_NW_026528631v1 17
chrUn_NW_026528634v1 110
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 5
chrUn_NW_026528650v1 14
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528677v1 6
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 211
chrUn_NW_026528737v1 27
chrUn_NW_026528739v1 21
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528750v1 6
chrUn_NW_026528752v1 11
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 76
chrUn_NW_026528772v1 9
chrUn_NW_026528775v1 7
chrUn_NW_026528777v1 9
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 18
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 41
chrUn_NW_026528795v1 32
chrUn_NW_026528796v1 77
chrUn_NW_026528797v1 1186
chrUn_NW_026528798v1 226
chrUn_NW_026528799v1 42
chrUn_NW_026528880v1 13
chrUn_NW_026528882v1 9
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 6
chrUn_NW_026528887v1 27
chrUn_NW_026528888v1 16
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 45
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 284
chrUn_NW_026528899v1 10
chrUn_NW_026528900v1 51
chrUn_NW_026528902v1 107
chrUn_NW_026528903v1 386
chrUn_NW_026528917v1 112
chrUn_NW_026528926v1 40
chrUn_NW_026528928v1 554
chrUn_NW_026528937v1 66
chrUn_NW_026528938v1 9
chrUn_NW_026528950v1 19
chrUn_NW_026528952v1 10
chrUn_NW_026528957v1 696
chrUn_NW_026528960v1 35
chrUn_NW_026528975v1 96
chrUn_NW_026528984v1 39
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 57
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528992v1 7
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 22
chrUn_NW_026529007v1 128
chrUn_NW_026529008v1 1093
chrUn_NW_026529013v1 28
chrUn_NW_026529015v1 70
chrUn_NW_026529016v1 612
chrUn_NW_026529060v1 244
chrUn_NW_026529081v1 223
chrUn_NW_026529085v1 483
chrX 889931
chrX_NW_026527892v1_random 67
chrX_NW_026527894v1_random 113
chrX_NW_026527897v1_random 35
chrY 20460
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 35
chrY_NW_026527911v1_random 68
chrY_NW_026527913v1_random 78
chrY_NW_026527914v1_random 108
chrY_NW_026527915v1_random 13
chrY_NW_026527916v1_random 55
chrY_NW_026527918v1_random 37
chrY_NW_026527919v1_random 49
chrY_NW_026527927v1_random 4
chrY_NW_026527932v1_random 14
chrY_NW_026527938v1_random 262
chrY_NW_026527939v1_random 5
chrY_NW_026527942v1_random 271
chrY_NW_026527945v1_random 10
chrY_NW_026527948v1_random 51
chrY_NW_026527949v1_random 18
chrY_NW_026527950v1_random 396
chrY_NW_026527951v1_random 86
chrY_NW_026527955v1_random 82
chrY_NW_026527956v1_random 1772
chrY_NW_026527958v1_random 795
chrY_NW_026527960v1_random 54
chrY_NW_026527961v1_random 153
chrY_NW_026527966v1_random 9242
chrY_NW_026527967v1_random 159
chrY_NW_026527968v1_random 897
chrY_NW_026527969v1_random 15
chrY_NW_026527974v1_random 63
chrY_NW_026527980v1_random 33

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 41441804 1 5032 130.31 97
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0070_2.h5ad.gz 373.56 MB ff9e42c3cae4a99e8d56815c1df2774b
P0070_2.h5ad.gz.tbi 581.28 KB 6187d26a9d7548ed70af3ff2f8349c04
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB fc26c3e8c6994bdb0d6aaaeb1fed7bb1
statistics/