Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0070_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0070_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0070_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0070_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CGATCCTTCCAATTAG-P0070_2, AGAGATTAGGCGAATA-P0070_2, ATTACTGAGCCTGGTA-P0070_2, AATCCGTAGACTCGCA-P0070_2, TGAAGGATCTGTAAGC-P0070_2 (top 5 of 3702 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
241,184,103
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 241184103
chr1 19151630
chr2 16481004
chr3 12767693
chr4 13562045
chr5 18488146
chr6 12827174
chr7 15208782
chr8 9964493
chr9 11836155
chr10 12643619
chr11 12647764
chr12 12156525
chr13 9717274
chr14 9458763
chr15 9273981
chr16 7835220
chr17 5900535
chr18 4558511
chr19 4838032
chr20 4659099
chr21 3783730
chr22 8096106
chrUn_NW_026528016v1 51
chrUn_NW_026528017v1 752
chrUn_NW_026528021v1 986
chrUn_NW_026528026v1 681
chrUn_NW_026528029v1 627
chrUn_NW_026528038v1 660
chrUn_NW_026528039v1 1120
chrUn_NW_026528065v1 280
chrUn_NW_026528075v1 371
chrUn_NW_026528103v1 96
chrUn_NW_026528123v1 11
chrUn_NW_026528125v1 187
chrUn_NW_026528140v1 777
chrUn_NW_026528210v1 151
chrUn_NW_026528215v1 451
chrUn_NW_026528217v1 6
chrUn_NW_026528218v1 15
chrUn_NW_026528219v1 50
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 15
chrUn_NW_026528224v1 20
chrUn_NW_026528225v1 169
chrUn_NW_026528226v1 91
chrUn_NW_026528228v1 259
chrUn_NW_026528230v1 443
chrUn_NW_026528232v1 1558
chrUn_NW_026528259v1 12
chrUn_NW_026528278v1 710
chrUn_NW_026528285v1 55
chrUn_NW_026528292v1 16
chrUn_NW_026528295v1 382
chrUn_NW_026528296v1 15833
chrUn_NW_026528310v1 207
chrUn_NW_026528320v1 58
chrUn_NW_026528327v1 46
chrUn_NW_026528332v1 26
chrUn_NW_026528335v1 19
chrUn_NW_026528338v1 54
chrUn_NW_026528339v1 59
chrUn_NW_026528345v1 16
chrUn_NW_026528347v1 23
chrUn_NW_026528350v1 49
chrUn_NW_026528353v1 70
chrUn_NW_026528356v1 54
chrUn_NW_026528358v1 6
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 347
chrUn_NW_026528370v1 226
chrUn_NW_026528371v1 1112
chrUn_NW_026528372v1 451
chrUn_NW_026528373v1 1315
chrUn_NW_026528378v1 13
chrUn_NW_026528380v1 14
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 9
chrUn_NW_026528384v1 47
chrUn_NW_026528385v1 77
chrUn_NW_026528390v1 79
chrUn_NW_026528393v1 29
chrUn_NW_026528396v1 12
chrUn_NW_026528397v1 5
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 14
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 16
chrUn_NW_026528409v1 19
chrUn_NW_026528412v1 21
chrUn_NW_026528413v1 10
chrUn_NW_026528416v1 12
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 8
chrUn_NW_026528423v1 83
chrUn_NW_026528431v1 429
chrUn_NW_026528432v1 1050
chrUn_NW_026528433v1 4210
chrUn_NW_026528440v1 6
chrUn_NW_026528480v1 1072
chrUn_NW_026528558v1 3509
chrUn_NW_026528559v1 179
chrUn_NW_026528561v1 848
chrUn_NW_026528588v1 36
chrUn_NW_026528589v1 49
chrUn_NW_026528590v1 2703
chrUn_NW_026528596v1 6068
chrUn_NW_026528609v1 47
chrUn_NW_026528611v1 7
chrUn_NW_026528615v1 28
chrUn_NW_026528621v1 50
chrUn_NW_026528631v1 295
chrUn_NW_026528634v1 348
chrUn_NW_026528635v1 9
chrUn_NW_026528644v1 14
chrUn_NW_026528650v1 45
chrUn_NW_026528656v1 7
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 10
chrUn_NW_026528668v1 21
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 33
chrUn_NW_026528708v1 13
chrUn_NW_026528719v1 906
chrUn_NW_026528737v1 179
chrUn_NW_026528739v1 67
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 32
chrUn_NW_026528748v1 16
chrUn_NW_026528750v1 26
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 26
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 225
chrUn_NW_026528772v1 36
chrUn_NW_026528775v1 33
chrUn_NW_026528777v1 24
chrUn_NW_026528784v1 37
chrUn_NW_026528785v1 27
chrUn_NW_026528786v1 65
chrUn_NW_026528788v1 12
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 9
chrUn_NW_026528793v1 175
chrUn_NW_026528795v1 179
chrUn_NW_026528796v1 441
chrUn_NW_026528797v1 5798
chrUn_NW_026528798v1 1378
chrUn_NW_026528799v1 288
chrUn_NW_026528880v1 43
chrUn_NW_026528882v1 21
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 15
chrUn_NW_026528885v1 10
chrUn_NW_026528887v1 198
chrUn_NW_026528888v1 49
chrUn_NW_026528889v1 27
chrUn_NW_026528891v1 121
chrUn_NW_026528893v1 23
chrUn_NW_026528894v1 892
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 45
chrUn_NW_026528900v1 328
chrUn_NW_026528902v1 317
chrUn_NW_026528903v1 1593
chrUn_NW_026528917v1 466
chrUn_NW_026528926v1 141
chrUn_NW_026528928v1 1623
chrUn_NW_026528937v1 183
chrUn_NW_026528938v1 29
chrUn_NW_026528950v1 49
chrUn_NW_026528952v1 28
chrUn_NW_026528957v1 2041
chrUn_NW_026528960v1 291
chrUn_NW_026528975v1 265
chrUn_NW_026528984v1 160
chrUn_NW_026528985v1 12
chrUn_NW_026528986v1 8
chrUn_NW_026528987v1 13
chrUn_NW_026528988v1 227
chrUn_NW_026528989v1 14
chrUn_NW_026528992v1 37
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528996v1 60
chrUn_NW_026529007v1 640
chrUn_NW_026529008v1 5612
chrUn_NW_026529013v1 107
chrUn_NW_026529015v1 210
chrUn_NW_026529016v1 1840
chrUn_NW_026529060v1 2163
chrUn_NW_026529081v1 882
chrUn_NW_026529085v1 2138
chrX 5084644
chrX_NW_026527892v1_random 497
chrX_NW_026527894v1_random 1088
chrX_NW_026527897v1_random 208
chrY 105542
chrY_NW_026527906v1_random 34
chrY_NW_026527909v1_random 148
chrY_NW_026527911v1_random 330
chrY_NW_026527913v1_random 625
chrY_NW_026527914v1_random 567
chrY_NW_026527915v1_random 42
chrY_NW_026527916v1_random 182
chrY_NW_026527918v1_random 157
chrY_NW_026527919v1_random 247
chrY_NW_026527927v1_random 60
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 142
chrY_NW_026527938v1_random 782
chrY_NW_026527939v1_random 20
chrY_NW_026527942v1_random 981
chrY_NW_026527945v1_random 48
chrY_NW_026527948v1_random 177
chrY_NW_026527949v1_random 145
chrY_NW_026527950v1_random 1583
chrY_NW_026527951v1_random 240
chrY_NW_026527955v1_random 256
chrY_NW_026527956v1_random 4965
chrY_NW_026527958v1_random 2137
chrY_NW_026527960v1_random 186
chrY_NW_026527961v1_random 530
chrY_NW_026527966v1_random 31765
chrY_NW_026527967v1_random 483
chrY_NW_026527968v1_random 3101
chrY_NW_026527969v1_random 170
chrY_NW_026527974v1_random 159
chrY_NW_026527980v1_random 94

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 241184103 1 5039 138.87 109
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0070_2.gz 2.19 GB b8ee62b5c83b555b37d2232b593aaab9
P0070_2.gz.tbi 1.08 MB e83e13aa201b463271cb18be1eb5fc9b
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB db58f7496f24614345d25cf19f9e2bac
statistics/