Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0070_3.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0070_3.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0070_3.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0070_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCCCGTTGTCATAGAT-P0070_3, ACCCGGTAGACTAAGG-P0070_3, TTACACCGTGTGAGAG-P0070_3, CAGCCAATCATGACCG-P0070_3, CCCTCAGTCTAAGTGC-P0070_3 (top 5 of 606 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
25,532,197
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 25532197
chr1 1977348
chr2 1699942
chr3 1344539
chr4 1440790
chr5 2006002
chr6 1348695
chr7 1580685
chr8 1024544
chr9 1281070
chr10 1382330
chr11 1348360
chr12 1281664
chr13 1017070
chr14 1008951
chr15 949059
chr16 785634
chr17 585031
chr18 490318
chr19 503340
chr20 502933
chr21 401061
chr22 1013420
chrUn_NW_026528016v1 5
chrUn_NW_026528017v1 174
chrUn_NW_026528021v1 94
chrUn_NW_026528026v1 122
chrUn_NW_026528029v1 65
chrUn_NW_026528038v1 53
chrUn_NW_026528039v1 92
chrUn_NW_026528065v1 33
chrUn_NW_026528075v1 38
chrUn_NW_026528103v1 16
chrUn_NW_026528125v1 18
chrUn_NW_026528140v1 169
chrUn_NW_026528210v1 17
chrUn_NW_026528215v1 78
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 2
chrUn_NW_026528219v1 7
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 11
chrUn_NW_026528226v1 41
chrUn_NW_026528228v1 24
chrUn_NW_026528230v1 52
chrUn_NW_026528232v1 100
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 74
chrUn_NW_026528285v1 3
chrUn_NW_026528292v1 1
chrUn_NW_026528295v1 42
chrUn_NW_026528296v1 1695
chrUn_NW_026528310v1 26
chrUn_NW_026528320v1 5
chrUn_NW_026528327v1 6
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528335v1 12
chrUn_NW_026528338v1 6
chrUn_NW_026528339v1 7
chrUn_NW_026528345v1 2
chrUn_NW_026528347v1 3
chrUn_NW_026528350v1 12
chrUn_NW_026528353v1 15
chrUn_NW_026528356v1 7
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 61
chrUn_NW_026528370v1 26
chrUn_NW_026528371v1 170
chrUn_NW_026528372v1 25
chrUn_NW_026528373v1 125
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528384v1 9
chrUn_NW_026528385v1 12
chrUn_NW_026528390v1 6
chrUn_NW_026528393v1 5
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 4
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 15
chrUn_NW_026528431v1 63
chrUn_NW_026528432v1 142
chrUn_NW_026528433v1 709
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 178
chrUn_NW_026528558v1 517
chrUn_NW_026528559v1 34
chrUn_NW_026528561v1 47
chrUn_NW_026528588v1 13
chrUn_NW_026528589v1 13
chrUn_NW_026528590v1 543
chrUn_NW_026528596v1 750
chrUn_NW_026528609v1 4
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 5
chrUn_NW_026528631v1 17
chrUn_NW_026528634v1 54
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 9
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 1
chrUn_NW_026528677v1 8
chrUn_NW_026528719v1 104
chrUn_NW_026528737v1 31
chrUn_NW_026528739v1 15
chrUn_NW_026528745v1 2
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528750v1 1
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 36
chrUn_NW_026528772v1 4
chrUn_NW_026528775v1 5
chrUn_NW_026528784v1 3
chrUn_NW_026528785v1 4
chrUn_NW_026528786v1 9
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528793v1 21
chrUn_NW_026528795v1 16
chrUn_NW_026528796v1 32
chrUn_NW_026528797v1 570
chrUn_NW_026528798v1 162
chrUn_NW_026528799v1 29
chrUn_NW_026528880v1 8
chrUn_NW_026528882v1 3
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 21
chrUn_NW_026528888v1 11
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 10
chrUn_NW_026528893v1 1
chrUn_NW_026528894v1 171
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 7
chrUn_NW_026528900v1 25
chrUn_NW_026528902v1 31
chrUn_NW_026528903v1 220
chrUn_NW_026528917v1 124
chrUn_NW_026528926v1 26
chrUn_NW_026528928v1 219
chrUn_NW_026528937v1 21
chrUn_NW_026528938v1 11
chrUn_NW_026528950v1 2
chrUn_NW_026528957v1 283
chrUn_NW_026528960v1 32
chrUn_NW_026528975v1 31
chrUn_NW_026528984v1 16
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 2
chrUn_NW_026528988v1 29
chrUn_NW_026528989v1 1
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 8
chrUn_NW_026529007v1 65
chrUn_NW_026529008v1 779
chrUn_NW_026529013v1 13
chrUn_NW_026529015v1 37
chrUn_NW_026529016v1 352
chrUn_NW_026529060v1 178
chrUn_NW_026529081v1 93
chrUn_NW_026529085v1 222
chrX 528929
chrX_NW_026527892v1_random 30
chrX_NW_026527894v1_random 49
chrX_NW_026527897v1_random 17
chrY 12243
chrY_NW_026527906v1_random 4
chrY_NW_026527909v1_random 23
chrY_NW_026527911v1_random 40
chrY_NW_026527913v1_random 40
chrY_NW_026527914v1_random 70
chrY_NW_026527915v1_random 8
chrY_NW_026527916v1_random 32
chrY_NW_026527918v1_random 24
chrY_NW_026527919v1_random 24
chrY_NW_026527927v1_random 11
chrY_NW_026527932v1_random 11
chrY_NW_026527938v1_random 135
chrY_NW_026527939v1_random 4
chrY_NW_026527942v1_random 136
chrY_NW_026527945v1_random 6
chrY_NW_026527948v1_random 27
chrY_NW_026527949v1_random 12
chrY_NW_026527950v1_random 351
chrY_NW_026527951v1_random 32
chrY_NW_026527955v1_random 51
chrY_NW_026527956v1_random 819
chrY_NW_026527958v1_random 335
chrY_NW_026527960v1_random 25
chrY_NW_026527961v1_random 57
chrY_NW_026527966v1_random 4384
chrY_NW_026527967v1_random 69
chrY_NW_026527968v1_random 455
chrY_NW_026527969v1_random 15
chrY_NW_026527974v1_random 29
chrY_NW_026527980v1_random 29

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 25532197 1 5032 155.34 121
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0070_3.h5ad.gz 225.97 MB 0b7dae82c1ee47306e94f26d0932ca86
P0070_3.h5ad.gz.tbi 547.45 KB 41e61e3606e660998314a87dec8c703c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 856af7886630146b5d2f38c067e66f6f
statistics/