Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0070_3content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0070_3
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0070_3
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0070_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGTCAATCAGGGAGCT-P0070_3, GACCTTTGTGGATTAT-P0070_3, GCCCGTTGTCATAGAT-P0070_3, TGGTCATAGGTCCGTA-P0070_3, TAGACCAGTGTCACGG-P0070_3 (top 5 of 1946 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
132,159,297
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 132159297
chr1 10542698
chr2 8967106
chr3 6844635
chr4 7374419
chr5 10431251
chr6 6955511
chr7 8431692
chr8 5422415
chr9 6512161
chr10 7001105
chr11 6913913
chr12 6805517
chr13 5268631
chr14 5136151
chr15 5028211
chr16 4166716
chr17 3113561
chr18 2459452
chr19 2639381
chr20 2614695
chr21 2017273
chr22 4594447
chrUn_NW_026528016v1 23
chrUn_NW_026528017v1 421
chrUn_NW_026528021v1 538
chrUn_NW_026528026v1 356
chrUn_NW_026528029v1 351
chrUn_NW_026528038v1 371
chrUn_NW_026528039v1 603
chrUn_NW_026528065v1 173
chrUn_NW_026528075v1 147
chrUn_NW_026528103v1 41
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 75
chrUn_NW_026528140v1 429
chrUn_NW_026528210v1 78
chrUn_NW_026528215v1 216
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 24
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 13
chrUn_NW_026528225v1 65
chrUn_NW_026528226v1 77
chrUn_NW_026528228v1 106
chrUn_NW_026528230v1 244
chrUn_NW_026528232v1 892
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 370
chrUn_NW_026528285v1 30
chrUn_NW_026528292v1 6
chrUn_NW_026528295v1 152
chrUn_NW_026528296v1 9694
chrUn_NW_026528310v1 104
chrUn_NW_026528320v1 25
chrUn_NW_026528327v1 26
chrUn_NW_026528332v1 11
chrUn_NW_026528335v1 29
chrUn_NW_026528338v1 27
chrUn_NW_026528339v1 31
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 16
chrUn_NW_026528350v1 22
chrUn_NW_026528353v1 33
chrUn_NW_026528356v1 22
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 185
chrUn_NW_026528370v1 123
chrUn_NW_026528371v1 627
chrUn_NW_026528372v1 254
chrUn_NW_026528373v1 702
chrUn_NW_026528378v1 8
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 22
chrUn_NW_026528385v1 35
chrUn_NW_026528390v1 36
chrUn_NW_026528393v1 13
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 9
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 8
chrUn_NW_026528409v1 5
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 6
chrUn_NW_026528419v1 5
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 44
chrUn_NW_026528431v1 247
chrUn_NW_026528432v1 550
chrUn_NW_026528433v1 2078
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528471v1 4
chrUn_NW_026528480v1 479
chrUn_NW_026528558v1 1579
chrUn_NW_026528559v1 96
chrUn_NW_026528561v1 416
chrUn_NW_026528588v1 25
chrUn_NW_026528589v1 25
chrUn_NW_026528590v1 1416
chrUn_NW_026528596v1 2503
chrUn_NW_026528609v1 22
chrUn_NW_026528611v1 9
chrUn_NW_026528615v1 27
chrUn_NW_026528621v1 31
chrUn_NW_026528631v1 152
chrUn_NW_026528634v1 170
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 21
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528677v1 21
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 455
chrUn_NW_026528737v1 102
chrUn_NW_026528739v1 37
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 13
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 17
chrUn_NW_026528754v1 6
chrUn_NW_026528755v1 117
chrUn_NW_026528772v1 16
chrUn_NW_026528775v1 20
chrUn_NW_026528777v1 9
chrUn_NW_026528784v1 13
chrUn_NW_026528785v1 9
chrUn_NW_026528786v1 30
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 5
chrUn_NW_026528793v1 91
chrUn_NW_026528795v1 94
chrUn_NW_026528796v1 182
chrUn_NW_026528797v1 2604
chrUn_NW_026528798v1 755
chrUn_NW_026528799v1 186
chrUn_NW_026528880v1 24
chrUn_NW_026528882v1 8
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 103
chrUn_NW_026528888v1 23
chrUn_NW_026528889v1 26
chrUn_NW_026528891v1 47
chrUn_NW_026528893v1 15
chrUn_NW_026528894v1 449
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 21
chrUn_NW_026528900v1 161
chrUn_NW_026528902v1 170
chrUn_NW_026528903v1 854
chrUn_NW_026528917v1 286
chrUn_NW_026528926v1 65
chrUn_NW_026528928v1 687
chrUn_NW_026528937v1 52
chrUn_NW_026528938v1 17
chrUn_NW_026528950v1 6
chrUn_NW_026528952v1 3
chrUn_NW_026528957v1 883
chrUn_NW_026528960v1 169
chrUn_NW_026528975v1 117
chrUn_NW_026528984v1 67
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528986v1 8
chrUn_NW_026528987v1 10
chrUn_NW_026528988v1 90
chrUn_NW_026528989v1 8
chrUn_NW_026528992v1 18
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528996v1 30
chrUn_NW_026529007v1 339
chrUn_NW_026529008v1 3628
chrUn_NW_026529013v1 55
chrUn_NW_026529015v1 115
chrUn_NW_026529016v1 947
chrUn_NW_026529060v1 1130
chrUn_NW_026529081v1 401
chrUn_NW_026529085v1 1112
chrX 2790246
chrX_NW_026527892v1_random 285
chrX_NW_026527894v1_random 618
chrX_NW_026527897v1_random 89
chrY 58311
chrY_NW_026527906v1_random 15
chrY_NW_026527909v1_random 64
chrY_NW_026527911v1_random 185
chrY_NW_026527913v1_random 311
chrY_NW_026527914v1_random 321
chrY_NW_026527915v1_random 23
chrY_NW_026527916v1_random 100
chrY_NW_026527918v1_random 60
chrY_NW_026527919v1_random 129
chrY_NW_026527927v1_random 57
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 92
chrY_NW_026527938v1_random 378
chrY_NW_026527939v1_random 9
chrY_NW_026527942v1_random 445
chrY_NW_026527945v1_random 22
chrY_NW_026527948v1_random 76
chrY_NW_026527949v1_random 78
chrY_NW_026527950v1_random 1031
chrY_NW_026527951v1_random 133
chrY_NW_026527955v1_random 159
chrY_NW_026527956v1_random 1958
chrY_NW_026527958v1_random 887
chrY_NW_026527960v1_random 92
chrY_NW_026527961v1_random 265
chrY_NW_026527966v1_random 14926
chrY_NW_026527967v1_random 251
chrY_NW_026527968v1_random 1615
chrY_NW_026527969v1_random 116
chrY_NW_026527974v1_random 84
chrY_NW_026527980v1_random 62

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 132159297 1 5038 165.83 143
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0070_3.gz 1.2 GB ce4fa343a80583ce245cc4a4274ea12d
P0070_3.gz.tbi 837.22 KB ef2d9b0dd3942a43ee11e422ac8529f2
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB c3625303e9bd7b62eae56e58228ea939
statistics/