Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0070_4.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0070_4.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0070_4.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0070_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CAACTAGGTTTACTTG-P0070_4, CGGTTTCTCTTGGACG-P0070_4, TGACTTAAGCTCGCTT-P0070_4, ATCCTGACAGCTAATT-P0070_4, ATGACGAAGTAACTCA-P0070_4 (top 5 of 933 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
34,428,142
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 34428142
chr1 2741912
chr2 2309623
chr3 1728232
chr4 1952540
chr5 2629606
chr6 1813676
chr7 2128732
chr8 1351944
chr9 1706028
chr10 1800369
chr11 1853453
chr12 1790512
chr13 1330471
chr14 1349129
chr15 1285481
chr16 1066822
chr17 818152
chr18 676573
chr19 688266
chr20 698267
chr21 529549
chr22 1404751
chrUn_NW_026528016v1 11
chrUn_NW_026528017v1 214
chrUn_NW_026528021v1 118
chrUn_NW_026528026v1 144
chrUn_NW_026528029v1 93
chrUn_NW_026528038v1 48
chrUn_NW_026528039v1 100
chrUn_NW_026528065v1 50
chrUn_NW_026528075v1 60
chrUn_NW_026528103v1 9
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 25
chrUn_NW_026528140v1 166
chrUn_NW_026528210v1 22
chrUn_NW_026528215v1 66
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 8
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 5
chrUn_NW_026528225v1 21
chrUn_NW_026528226v1 67
chrUn_NW_026528228v1 31
chrUn_NW_026528230v1 87
chrUn_NW_026528232v1 135
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 107
chrUn_NW_026528285v1 3
chrUn_NW_026528292v1 3
chrUn_NW_026528295v1 61
chrUn_NW_026528296v1 2427
chrUn_NW_026528310v1 43
chrUn_NW_026528320v1 7
chrUn_NW_026528327v1 5
chrUn_NW_026528332v1 9
chrUn_NW_026528335v1 14
chrUn_NW_026528338v1 13
chrUn_NW_026528339v1 8
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 1
chrUn_NW_026528350v1 5
chrUn_NW_026528353v1 14
chrUn_NW_026528356v1 6
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 72
chrUn_NW_026528370v1 35
chrUn_NW_026528371v1 226
chrUn_NW_026528372v1 34
chrUn_NW_026528373v1 134
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 7
chrUn_NW_026528385v1 27
chrUn_NW_026528390v1 10
chrUn_NW_026528393v1 3
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528423v1 31
chrUn_NW_026528431v1 75
chrUn_NW_026528432v1 212
chrUn_NW_026528433v1 1117
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 233
chrUn_NW_026528558v1 563
chrUn_NW_026528559v1 65
chrUn_NW_026528561v1 66
chrUn_NW_026528588v1 7
chrUn_NW_026528589v1 6
chrUn_NW_026528590v1 557
chrUn_NW_026528596v1 1104
chrUn_NW_026528609v1 8
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 6
chrUn_NW_026528621v1 9
chrUn_NW_026528631v1 29
chrUn_NW_026528634v1 94
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 2
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528668v1 7
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 5
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 92
chrUn_NW_026528737v1 56
chrUn_NW_026528739v1 8
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 11
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 45
chrUn_NW_026528772v1 6
chrUn_NW_026528775v1 3
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 6
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 10
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528793v1 38
chrUn_NW_026528795v1 21
chrUn_NW_026528796v1 44
chrUn_NW_026528797v1 802
chrUn_NW_026528798v1 261
chrUn_NW_026528799v1 54
chrUn_NW_026528880v1 11
chrUn_NW_026528882v1 3
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 1
chrUn_NW_026528887v1 24
chrUn_NW_026528888v1 6
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 15
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 198
chrUn_NW_026528899v1 6
chrUn_NW_026528900v1 41
chrUn_NW_026528902v1 48
chrUn_NW_026528903v1 277
chrUn_NW_026528917v1 160
chrUn_NW_026528926v1 28
chrUn_NW_026528928v1 210
chrUn_NW_026528937v1 36
chrUn_NW_026528938v1 2
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528957v1 372
chrUn_NW_026528960v1 40
chrUn_NW_026528975v1 49
chrUn_NW_026528984v1 18
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 5
chrUn_NW_026528988v1 40
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528992v1 7
chrUn_NW_026528996v1 12
chrUn_NW_026529007v1 105
chrUn_NW_026529008v1 948
chrUn_NW_026529013v1 20
chrUn_NW_026529015v1 47
chrUn_NW_026529016v1 317
chrUn_NW_026529060v1 260
chrUn_NW_026529081v1 93
chrUn_NW_026529085v1 275
chrX 733443
chrX_NW_026527892v1_random 61
chrX_NW_026527894v1_random 91
chrX_NW_026527897v1_random 16
chrY 16518
chrY_NW_026527906v1_random 4
chrY_NW_026527909v1_random 19
chrY_NW_026527911v1_random 38
chrY_NW_026527913v1_random 41
chrY_NW_026527914v1_random 71
chrY_NW_026527915v1_random 6
chrY_NW_026527916v1_random 24
chrY_NW_026527918v1_random 21
chrY_NW_026527919v1_random 45
chrY_NW_026527927v1_random 5
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 23
chrY_NW_026527938v1_random 151
chrY_NW_026527939v1_random 7
chrY_NW_026527942v1_random 166
chrY_NW_026527945v1_random 5
chrY_NW_026527948v1_random 24
chrY_NW_026527949v1_random 14
chrY_NW_026527950v1_random 524
chrY_NW_026527951v1_random 48
chrY_NW_026527955v1_random 86
chrY_NW_026527956v1_random 1128
chrY_NW_026527958v1_random 412
chrY_NW_026527960v1_random 34
chrY_NW_026527961v1_random 76
chrY_NW_026527966v1_random 5951
chrY_NW_026527967v1_random 109
chrY_NW_026527968v1_random 627
chrY_NW_026527969v1_random 17
chrY_NW_026527974v1_random 31
chrY_NW_026527980v1_random 21

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 34428142 1 4991 133.01 98
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0070_4.h5ad.gz 316.23 MB 4d8e26d455f0fbb638a245258eea13b1
P0070_4.h5ad.gz.tbi 567.52 KB 53a0ae477a4ad6cdf7a4eb8b6c665a13
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 7513886ef6b5e332a7b84e71a3adb08b
statistics/