Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0070_4content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0070_4
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0070_4
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0070_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ACGGGAAGTTTAGTCC-P0070_4, AGCGGATAGACAACAG-P0070_4, AGGTCCGGTTTGGGTA-P0070_4, CTAACCCTCTTTAAGG-P0070_4, TGCTTGCTCCCTGGAA-P0070_4 (top 5 of 3804 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
235,426,568
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 235426568
chr1 18807901
chr2 16106926
chr3 12032553
chr4 13042197
chr5 18583735
chr6 12351797
chr7 14982558
chr8 9564566
chr9 11592618
chr10 12153595
chr11 12465782
chr12 12229761
chr13 9343239
chr14 9144507
chr15 9058997
chr16 7497448
chr17 5539591
chr18 4429103
chr19 4755998
chr20 4670195
chr21 3575655
chr22 8369235
chrUn_NW_026528016v1 39
chrUn_NW_026528017v1 797
chrUn_NW_026528021v1 980
chrUn_NW_026528026v1 528
chrUn_NW_026528029v1 688
chrUn_NW_026528038v1 578
chrUn_NW_026528039v1 1079
chrUn_NW_026528065v1 297
chrUn_NW_026528075v1 218
chrUn_NW_026528103v1 46
chrUn_NW_026528123v1 5
chrUn_NW_026528125v1 95
chrUn_NW_026528140v1 703
chrUn_NW_026528210v1 120
chrUn_NW_026528215v1 343
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 14
chrUn_NW_026528219v1 28
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 7
chrUn_NW_026528224v1 21
chrUn_NW_026528225v1 141
chrUn_NW_026528226v1 131
chrUn_NW_026528228v1 192
chrUn_NW_026528230v1 437
chrUn_NW_026528232v1 1526
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 807
chrUn_NW_026528285v1 61
chrUn_NW_026528292v1 18
chrUn_NW_026528295v1 243
chrUn_NW_026528296v1 16660
chrUn_NW_026528310v1 174
chrUn_NW_026528320v1 43
chrUn_NW_026528327v1 25
chrUn_NW_026528332v1 21
chrUn_NW_026528335v1 36
chrUn_NW_026528338v1 44
chrUn_NW_026528339v1 49
chrUn_NW_026528345v1 19
chrUn_NW_026528347v1 7
chrUn_NW_026528350v1 35
chrUn_NW_026528353v1 51
chrUn_NW_026528356v1 26
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 345
chrUn_NW_026528370v1 183
chrUn_NW_026528371v1 1198
chrUn_NW_026528372v1 420
chrUn_NW_026528373v1 1120
chrUn_NW_026528378v1 10
chrUn_NW_026528380v1 13
chrUn_NW_026528381v1 3
chrUn_NW_026528382v1 8
chrUn_NW_026528384v1 49
chrUn_NW_026528385v1 91
chrUn_NW_026528390v1 77
chrUn_NW_026528393v1 21
chrUn_NW_026528396v1 8
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 8
chrUn_NW_026528404v1 4
chrUn_NW_026528408v1 14
chrUn_NW_026528409v1 11
chrUn_NW_026528412v1 8
chrUn_NW_026528413v1 7
chrUn_NW_026528416v1 7
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 81
chrUn_NW_026528431v1 407
chrUn_NW_026528432v1 913
chrUn_NW_026528433v1 3639
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 887
chrUn_NW_026528558v1 2219
chrUn_NW_026528559v1 173
chrUn_NW_026528561v1 820
chrUn_NW_026528588v1 29
chrUn_NW_026528589v1 37
chrUn_NW_026528590v1 2095
chrUn_NW_026528596v1 4223
chrUn_NW_026528609v1 37
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 35
chrUn_NW_026528621v1 65
chrUn_NW_026528631v1 333
chrUn_NW_026528634v1 336
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 14
chrUn_NW_026528650v1 43
chrUn_NW_026528656v1 6
chrUn_NW_026528660v1 4
chrUn_NW_026528661v1 6
chrUn_NW_026528668v1 28
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 23
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 601
chrUn_NW_026528737v1 198
chrUn_NW_026528739v1 49
chrUn_NW_026528740v1 2
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 33
chrUn_NW_026528748v1 7
chrUn_NW_026528750v1 12
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 16
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 170
chrUn_NW_026528772v1 32
chrUn_NW_026528775v1 39
chrUn_NW_026528777v1 14
chrUn_NW_026528784v1 34
chrUn_NW_026528785v1 24
chrUn_NW_026528786v1 48
chrUn_NW_026528788v1 10
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 168
chrUn_NW_026528795v1 146
chrUn_NW_026528796v1 327
chrUn_NW_026528797v1 4335
chrUn_NW_026528798v1 1364
chrUn_NW_026528799v1 282
chrUn_NW_026528880v1 46
chrUn_NW_026528882v1 17
chrUn_NW_026528883v1 4
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 199
chrUn_NW_026528888v1 31
chrUn_NW_026528889v1 40
chrUn_NW_026528891v1 80
chrUn_NW_026528893v1 30
chrUn_NW_026528894v1 874
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 26
chrUn_NW_026528900v1 324
chrUn_NW_026528902v1 282
chrUn_NW_026528903v1 1509
chrUn_NW_026528917v1 457
chrUn_NW_026528926v1 95
chrUn_NW_026528928v1 998
chrUn_NW_026528937v1 124
chrUn_NW_026528938v1 20
chrUn_NW_026528950v1 31
chrUn_NW_026528952v1 8
chrUn_NW_026528957v1 1268
chrUn_NW_026528960v1 302
chrUn_NW_026528975v1 177
chrUn_NW_026528984v1 143
chrUn_NW_026528985v1 11
chrUn_NW_026528986v1 10
chrUn_NW_026528987v1 20
chrUn_NW_026528988v1 218
chrUn_NW_026528989v1 18
chrUn_NW_026528992v1 41
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 59
chrUn_NW_026529007v1 605
chrUn_NW_026529008v1 6325
chrUn_NW_026529013v1 72
chrUn_NW_026529015v1 160
chrUn_NW_026529016v1 1325
chrUn_NW_026529060v1 2157
chrUn_NW_026529081v1 658
chrUn_NW_026529085v1 1926
chrX 4903621
chrX_NW_026527892v1_random 501
chrX_NW_026527894v1_random 1135
chrX_NW_026527897v1_random 147
chrY 105449
chrY_NW_026527906v1_random 23
chrY_NW_026527909v1_random 119
chrY_NW_026527911v1_random 323
chrY_NW_026527913v1_random 569
chrY_NW_026527914v1_random 521
chrY_NW_026527915v1_random 32
chrY_NW_026527916v1_random 150
chrY_NW_026527918v1_random 119
chrY_NW_026527919v1_random 263
chrY_NW_026527927v1_random 73
chrY_NW_026527928v1_random 8
chrY_NW_026527932v1_random 159
chrY_NW_026527938v1_random 497
chrY_NW_026527939v1_random 26
chrY_NW_026527942v1_random 841
chrY_NW_026527945v1_random 33
chrY_NW_026527948v1_random 125
chrY_NW_026527949v1_random 131
chrY_NW_026527950v1_random 1823
chrY_NW_026527951v1_random 209
chrY_NW_026527955v1_random 308
chrY_NW_026527956v1_random 3515
chrY_NW_026527958v1_random 1386
chrY_NW_026527960v1_random 153
chrY_NW_026527961v1_random 521
chrY_NW_026527966v1_random 26128
chrY_NW_026527967v1_random 383
chrY_NW_026527968v1_random 2837
chrY_NW_026527969v1_random 196
chrY_NW_026527974v1_random 143
chrY_NW_026527980v1_random 79

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 235426568 1 5040 141.71 113
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0070_4.gz 2.18 GB 9ef282bf8940098d7d8752fe7f5c74b2
P0070_4.gz.tbi 1.08 MB 3b1df569df925742aea60e403d735e91
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB c6cdc499e94660240b3c3a8e5fbcf590
statistics/