Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0071_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0071_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0071_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0071_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GCTTGTTGTGCTCCGT-P0071_1, GGCTGAGAGATGCCTG-P0071_1, CAATGTGGTAGTTGGC-P0071_1, GAACCAGCACCAAAGG-P0071_1, CAGCCTAAGTGAGGGT-P0071_1 (top 5 of 1750 values)
count	int	count			[1, 1]	n 99,969,924 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	99969924
chr1	7838603
chr2	6563782
chr3	4962402
chr4	5529552
chr5	7956281
chr6	5118380
chr7	6421804
chr8	4021784
chr9	4984245
chr10	5394686
chr11	5251856
chr12	5166556
chr13	3947982
chr14	3815906
chr15	3932006
chr16	2989657
chr17	2269389
chr18	1925094
chr19	2119453
chr20	1910026
chr21	1470597
chr22	3764462
chrUn_NW_026528016v1	12
chrUn_NW_026528017v1	63
chrUn_NW_026528021v1	418
chrUn_NW_026528026v1	378
chrUn_NW_026528029v1	247
chrUn_NW_026528038v1	299
chrUn_NW_026528039v1	341
chrUn_NW_026528065v1	113
chrUn_NW_026528075v1	125
chrUn_NW_026528103v1	44
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	55
chrUn_NW_026528140v1	223
chrUn_NW_026528210v1	58
chrUn_NW_026528215v1	73
chrUn_NW_026528218v1	3
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528225v1	32
chrUn_NW_026528226v1	56
chrUn_NW_026528228v1	138
chrUn_NW_026528230v1	77
chrUn_NW_026528232v1	1223
chrUn_NW_026528259v1	5
chrUn_NW_026528278v1	274
chrUn_NW_026528285v1	20
chrUn_NW_026528292v1	8
chrUn_NW_026528295v1	183
chrUn_NW_026528296v1	6251
chrUn_NW_026528310v1	77
chrUn_NW_026528320v1	19
chrUn_NW_026528327v1	2
chrUn_NW_026528332v1	16
chrUn_NW_026528335v1	6
chrUn_NW_026528338v1	28
chrUn_NW_026528339v1	16
chrUn_NW_026528345v1	11
chrUn_NW_026528347v1	9
chrUn_NW_026528350v1	14
chrUn_NW_026528353v1	22
chrUn_NW_026528356v1	11
chrUn_NW_026528358v1	1
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	168
chrUn_NW_026528370v1	70
chrUn_NW_026528371v1	594
chrUn_NW_026528372v1	140
chrUn_NW_026528373v1	559
chrUn_NW_026528380v1	1
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	12
chrUn_NW_026528385v1	13
chrUn_NW_026528390v1	9
chrUn_NW_026528393v1	6
chrUn_NW_026528396v1	2
chrUn_NW_026528397v1	12
chrUn_NW_026528403v1	1
chrUn_NW_026528404v1	3
chrUn_NW_026528408v1	3
chrUn_NW_026528409v1	2
chrUn_NW_026528412v1	9
chrUn_NW_026528416v1	3
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528420v1	2
chrUn_NW_026528423v1	24
chrUn_NW_026528431v1	145
chrUn_NW_026528432v1	249
chrUn_NW_026528433v1	1976
chrUn_NW_026528440v1	2
chrUn_NW_026528480v1	361
chrUn_NW_026528558v1	1298
chrUn_NW_026528559v1	29
chrUn_NW_026528561v1	2
chrUn_NW_026528588v1	5
chrUn_NW_026528589v1	8
chrUn_NW_026528590v1	590
chrUn_NW_026528596v1	1463
chrUn_NW_026528609v1	11
chrUn_NW_026528611v1	6
chrUn_NW_026528615v1	5
chrUn_NW_026528621v1	130
chrUn_NW_026528631v1	73
chrUn_NW_026528634v1	95
chrUn_NW_026528635v1	4
chrUn_NW_026528644v1	1
chrUn_NW_026528650v1	11
chrUn_NW_026528656v1	3
chrUn_NW_026528661v1	13
chrUn_NW_026528668v1	7
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	6
chrUn_NW_026528708v1	6
chrUn_NW_026528719v1	461
chrUn_NW_026528737v1	14
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528745v1	7
chrUn_NW_026528748v1	1
chrUn_NW_026528750v1	4
chrUn_NW_026528754v1	6
chrUn_NW_026528755v1	57
chrUn_NW_026528772v1	7
chrUn_NW_026528775v1	1
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	3
chrUn_NW_026528785v1	8
chrUn_NW_026528786v1	13
chrUn_NW_026528788v1	4
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528793v1	69
chrUn_NW_026528795v1	71
chrUn_NW_026528796v1	148
chrUn_NW_026528797v1	1818
chrUn_NW_026528798v1	713
chrUn_NW_026528799v1	171
chrUn_NW_026528880v1	20
chrUn_NW_026528882v1	6
chrUn_NW_026528884v1	3
chrUn_NW_026528885v1	1
chrUn_NW_026528887v1	24
chrUn_NW_026528888v1	8
chrUn_NW_026528889v1	2
chrUn_NW_026528891v1	20
chrUn_NW_026528893v1	2
chrUn_NW_026528894v1	150
chrUn_NW_026528899v1	8
chrUn_NW_026528900v1	67
chrUn_NW_026528902v1	55
chrUn_NW_026528903v1	434
chrUn_NW_026528917v1	168
chrUn_NW_026528926v1	56
chrUn_NW_026528928v1	696
chrUn_NW_026528937v1	53
chrUn_NW_026528938v1	3
chrUn_NW_026528950v1	13
chrUn_NW_026528952v1	13
chrUn_NW_026528957v1	724
chrUn_NW_026528960v1	288
chrUn_NW_026528975v1	153
chrUn_NW_026528984v1	15
chrUn_NW_026528985v1	5
chrUn_NW_026528987v1	4
chrUn_NW_026528988v1	75
chrUn_NW_026528989v1	3
chrUn_NW_026528992v1	3
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	24
chrUn_NW_026529007v1	253
chrUn_NW_026529008v1	2017
chrUn_NW_026529013v1	57
chrUn_NW_026529015v1	130
chrUn_NW_026529016v1	817
chrUn_NW_026529060v1	848
chrUn_NW_026529081v1	105
chrUn_NW_026529085v1	245
chrX	2562196
chrX_NW_026527892v1_random	257
chrX_NW_026527894v1_random	459
chrX_NW_026527897v1_random	118
chrY	11048
chrY_NW_026527909v1_random	1
chrY_NW_026527911v1_random	9
chrY_NW_026527913v1_random	28
chrY_NW_026527914v1_random	275
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	18
chrY_NW_026527932v1_random	3
chrY_NW_026527938v1_random	366
chrY_NW_026527939v1_random	26
chrY_NW_026527942v1_random	2
chrY_NW_026527949v1_random	1051
chrY_NW_026527950v1_random	495
chrY_NW_026527951v1_random	71
chrY_NW_026527955v1_random	44
chrY_NW_026527956v1_random	1454
chrY_NW_026527958v1_random	749
chrY_NW_026527960v1_random	40
chrY_NW_026527961v1_random	104
chrY_NW_026527966v1_random	5565
chrY_NW_026527967v1_random	61
chrY_NW_026527968v1_random	663
chrY_NW_026527969v1_random	4
chrY_NW_026527980v1_random	71

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	99969924	1	5037	129.54	95

Files

Filename	Size	md5
P0071_1.h5ad.gz	944.09 MB	7cad2159801b13787f994abde3a1884c
P0071_1.h5ad.gz.tbi	741.32 KB	f268bf7870a72a4767f875ee183054ff
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	163a2381160055db73848500ccb90f98
statistics/