Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0071_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0071_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0071_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0071_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCTTGTTGTGCTCCGT-P0071_1, GGCTGAGAGATGCCTG-P0071_1, CTAATCCGTTTGTGGA-P0071_1, AACCTTGCAAGGCCAA-P0071_1, CCTACTGGTGCGCAAT-P0071_1 (top 5 of 3795 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
258,218,160
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 258218160
chr1 20488285
chr2 17377126
chr3 12972641
chr4 14215515
chr5 20335050
chr6 13532748
chr7 16495130
chr8 10418994
chr9 12893072
chr10 13596796
chr11 13526776
chr12 13222523
chr13 10136674
chr14 9905355
chr15 10061352
chr16 8020257
chr17 6009330
chr18 4893436
chr19 5402304
chr20 4820938
chr21 3872309
chr22 9301864
chrUn_NW_026528016v1 37
chrUn_NW_026528017v1 124
chrUn_NW_026528021v1 1022
chrUn_NW_026528026v1 824
chrUn_NW_026528029v1 669
chrUn_NW_026528038v1 782
chrUn_NW_026528039v1 978
chrUn_NW_026528065v1 271
chrUn_NW_026528075v1 282
chrUn_NW_026528103v1 89
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 110
chrUn_NW_026528140v1 680
chrUn_NW_026528210v1 160
chrUn_NW_026528215v1 211
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 14
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 100
chrUn_NW_026528226v1 119
chrUn_NW_026528228v1 293
chrUn_NW_026528230v1 265
chrUn_NW_026528232v1 2658
chrUn_NW_026528259v1 12
chrUn_NW_026528278v1 926
chrUn_NW_026528285v1 54
chrUn_NW_026528292v1 25
chrUn_NW_026528295v1 372
chrUn_NW_026528296v1 16141
chrUn_NW_026528310v1 177
chrUn_NW_026528320v1 41
chrUn_NW_026528327v1 16
chrUn_NW_026528332v1 49
chrUn_NW_026528335v1 17
chrUn_NW_026528338v1 70
chrUn_NW_026528339v1 38
chrUn_NW_026528345v1 35
chrUn_NW_026528347v1 15
chrUn_NW_026528350v1 36
chrUn_NW_026528353v1 57
chrUn_NW_026528356v1 32
chrUn_NW_026528358v1 6
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 386
chrUn_NW_026528370v1 152
chrUn_NW_026528371v1 1294
chrUn_NW_026528372v1 380
chrUn_NW_026528373v1 1134
chrUn_NW_026528378v1 2
chrUn_NW_026528380v1 12
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 33
chrUn_NW_026528385v1 49
chrUn_NW_026528390v1 25
chrUn_NW_026528393v1 18
chrUn_NW_026528396v1 7
chrUn_NW_026528397v1 33
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528404v1 3
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 10
chrUn_NW_026528412v1 20
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528416v1 9
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 6
chrUn_NW_026528423v1 79
chrUn_NW_026528431v1 402
chrUn_NW_026528432v1 670
chrUn_NW_026528433v1 4361
chrUn_NW_026528440v1 7
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 893
chrUn_NW_026528558v1 2608
chrUn_NW_026528559v1 88
chrUn_NW_026528561v1 4
chrUn_NW_026528588v1 8
chrUn_NW_026528589v1 18
chrUn_NW_026528590v1 1402
chrUn_NW_026528596v1 3670
chrUn_NW_026528609v1 48
chrUn_NW_026528611v1 10
chrUn_NW_026528615v1 19
chrUn_NW_026528621v1 344
chrUn_NW_026528631v1 187
chrUn_NW_026528634v1 285
chrUn_NW_026528635v1 9
chrUn_NW_026528644v1 9
chrUn_NW_026528650v1 30
chrUn_NW_026528656v1 7
chrUn_NW_026528661v1 48
chrUn_NW_026528668v1 12
chrUn_NW_026528670v1 5
chrUn_NW_026528677v1 21
chrUn_NW_026528708v1 14
chrUn_NW_026528719v1 971
chrUn_NW_026528737v1 41
chrUn_NW_026528739v1 5
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 23
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528750v1 18
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 15
chrUn_NW_026528755v1 171
chrUn_NW_026528772v1 21
chrUn_NW_026528775v1 10
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 13
chrUn_NW_026528785v1 14
chrUn_NW_026528786v1 24
chrUn_NW_026528788v1 11
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 192
chrUn_NW_026528795v1 176
chrUn_NW_026528796v1 439
chrUn_NW_026528797v1 5501
chrUn_NW_026528798v1 1408
chrUn_NW_026528799v1 310
chrUn_NW_026528880v1 45
chrUn_NW_026528882v1 14
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 7
chrUn_NW_026528887v1 75
chrUn_NW_026528888v1 22
chrUn_NW_026528889v1 12
chrUn_NW_026528891v1 67
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 461
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 17
chrUn_NW_026528900v1 171
chrUn_NW_026528902v1 167
chrUn_NW_026528903v1 1643
chrUn_NW_026528917v1 394
chrUn_NW_026528926v1 138
chrUn_NW_026528928v1 1382
chrUn_NW_026528937v1 94
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 27
chrUn_NW_026528952v1 17
chrUn_NW_026528957v1 1443
chrUn_NW_026528960v1 503
chrUn_NW_026528975v1 308
chrUn_NW_026528984v1 68
chrUn_NW_026528985v1 15
chrUn_NW_026528987v1 12
chrUn_NW_026528988v1 243
chrUn_NW_026528989v1 28
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 54
chrUn_NW_026529007v1 614
chrUn_NW_026529008v1 5669
chrUn_NW_026529013v1 103
chrUn_NW_026529015v1 244
chrUn_NW_026529016v1 1640
chrUn_NW_026529060v1 2089
chrUn_NW_026529081v1 346
chrUn_NW_026529085v1 951
chrX 6584813
chrX_NW_026527892v1_random 662
chrX_NW_026527894v1_random 1240
chrX_NW_026527897v1_random 267
chrY 31341
chrY_NW_026527909v1_random 3
chrY_NW_026527911v1_random 18
chrY_NW_026527913v1_random 103
chrY_NW_026527914v1_random 789
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527919v1_random 41
chrY_NW_026527927v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 11
chrY_NW_026527938v1_random 814
chrY_NW_026527939v1_random 60
chrY_NW_026527942v1_random 8
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 2751
chrY_NW_026527950v1_random 1300
chrY_NW_026527951v1_random 192
chrY_NW_026527955v1_random 123
chrY_NW_026527956v1_random 2878
chrY_NW_026527958v1_random 1449
chrY_NW_026527960v1_random 108
chrY_NW_026527961v1_random 327
chrY_NW_026527966v1_random 12145
chrY_NW_026527967v1_random 438
chrY_NW_026527968v1_random 2430
chrY_NW_026527969v1_random 16
chrY_NW_026527980v1_random 166

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 258218160 1 5037 133.14 99
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0071_1.gz 2.39 GB 64b8528697f27f78a98e12385623ed03
P0071_1.gz.tbi 1.12 MB 0feb8cfd747c30978a99b9e7ca725ecc
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB db45356bbd75529189d3685300a49fa6
statistics/