Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0071_2.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0071_2.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0071_2.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0071_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TAGCAGGCAAGGAATC-P0071_2, TGTTGTTTCTTGATGA-P0071_2, CCTACTTCACAGAACG-P0071_2, TCAAGCTAGGCCTGGT-P0071_2, ACACTAATCGATAACC-P0071_2 (top 5 of 1784 values)
count	int	count			[1, 1]	n 120,778,988 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	120778988
chr1	9580548
chr2	8033787
chr3	5922900
chr4	6761980
chr5	9641562
chr6	6226474
chr7	7745326
chr8	4902666
chr9	6007593
chr10	6464846
chr11	6341301
chr12	6185126
chr13	4706226
chr14	4595608
chr15	4654484
chr16	3712772
chr17	2789132
chr18	2314998
chr19	2531107
chr20	2319640
chr21	1779114
chr22	4453129
chrUn_NW_026528016v1	21
chrUn_NW_026528017v1	68
chrUn_NW_026528021v1	450
chrUn_NW_026528026v1	427
chrUn_NW_026528029v1	327
chrUn_NW_026528038v1	344
chrUn_NW_026528039v1	447
chrUn_NW_026528065v1	113
chrUn_NW_026528075v1	139
chrUn_NW_026528103v1	35
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	77
chrUn_NW_026528140v1	286
chrUn_NW_026528210v1	55
chrUn_NW_026528215v1	106
chrUn_NW_026528218v1	5
chrUn_NW_026528219v1	8
chrUn_NW_026528220v1	3
chrUn_NW_026528222v1	2
chrUn_NW_026528224v1	3
chrUn_NW_026528225v1	33
chrUn_NW_026528226v1	69
chrUn_NW_026528228v1	116
chrUn_NW_026528230v1	90
chrUn_NW_026528232v1	1329
chrUn_NW_026528259v1	5
chrUn_NW_026528278v1	310
chrUn_NW_026528285v1	27
chrUn_NW_026528292v1	7
chrUn_NW_026528295v1	213
chrUn_NW_026528296v1	7305
chrUn_NW_026528310v1	82
chrUn_NW_026528320v1	15
chrUn_NW_026528327v1	10
chrUn_NW_026528332v1	15
chrUn_NW_026528335v1	7
chrUn_NW_026528338v1	36
chrUn_NW_026528339v1	19
chrUn_NW_026528345v1	31
chrUn_NW_026528347v1	4
chrUn_NW_026528350v1	9
chrUn_NW_026528353v1	16
chrUn_NW_026528356v1	10
chrUn_NW_026528358v1	4
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	125
chrUn_NW_026528370v1	107
chrUn_NW_026528371v1	649
chrUn_NW_026528372v1	173
chrUn_NW_026528373v1	681
chrUn_NW_026528378v1	3
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528382v1	5
chrUn_NW_026528384v1	9
chrUn_NW_026528385v1	23
chrUn_NW_026528390v1	12
chrUn_NW_026528393v1	2
chrUn_NW_026528396v1	3
chrUn_NW_026528397v1	12
chrUn_NW_026528402v1	2
chrUn_NW_026528403v1	3
chrUn_NW_026528408v1	4
chrUn_NW_026528409v1	4
chrUn_NW_026528412v1	12
chrUn_NW_026528416v1	2
chrUn_NW_026528420v1	3
chrUn_NW_026528423v1	26
chrUn_NW_026528431v1	187
chrUn_NW_026528432v1	289
chrUn_NW_026528433v1	2692
chrUn_NW_026528440v1	4
chrUn_NW_026528480v1	388
chrUn_NW_026528558v1	1438
chrUn_NW_026528559v1	36
chrUn_NW_026528561v1	3
chrUn_NW_026528588v1	5
chrUn_NW_026528589v1	9
chrUn_NW_026528590v1	580
chrUn_NW_026528596v1	1676
chrUn_NW_026528609v1	12
chrUn_NW_026528611v1	6
chrUn_NW_026528615v1	5
chrUn_NW_026528621v1	143
chrUn_NW_026528631v1	76
chrUn_NW_026528634v1	111
chrUn_NW_026528635v1	4
chrUn_NW_026528644v1	4
chrUn_NW_026528650v1	6
chrUn_NW_026528656v1	3
chrUn_NW_026528661v1	15
chrUn_NW_026528668v1	14
chrUn_NW_026528670v1	2
chrUn_NW_026528677v1	7
chrUn_NW_026528708v1	6
chrUn_NW_026528719v1	430
chrUn_NW_026528737v1	21
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	12
chrUn_NW_026528748v1	4
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	12
chrUn_NW_026528755v1	57
chrUn_NW_026528772v1	9
chrUn_NW_026528775v1	3
chrUn_NW_026528777v1	5
chrUn_NW_026528784v1	4
chrUn_NW_026528785v1	4
chrUn_NW_026528786v1	10
chrUn_NW_026528788v1	7
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	76
chrUn_NW_026528795v1	69
chrUn_NW_026528796v1	184
chrUn_NW_026528797v1	2196
chrUn_NW_026528798v1	777
chrUn_NW_026528799v1	233
chrUn_NW_026528880v1	11
chrUn_NW_026528882v1	5
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	5
chrUn_NW_026528887v1	39
chrUn_NW_026528888v1	12
chrUn_NW_026528889v1	4
chrUn_NW_026528891v1	11
chrUn_NW_026528893v1	2
chrUn_NW_026528894v1	230
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	10
chrUn_NW_026528900v1	57
chrUn_NW_026528902v1	66
chrUn_NW_026528903v1	604
chrUn_NW_026528917v1	223
chrUn_NW_026528926v1	68
chrUn_NW_026528928v1	690
chrUn_NW_026528937v1	50
chrUn_NW_026528938v1	4
chrUn_NW_026528950v1	11
chrUn_NW_026528952v1	8
chrUn_NW_026528957v1	709
chrUn_NW_026528960v1	321
chrUn_NW_026528975v1	136
chrUn_NW_026528984v1	20
chrUn_NW_026528985v1	3
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	6
chrUn_NW_026528988v1	88
chrUn_NW_026528989v1	8
chrUn_NW_026528994v1	1
chrUn_NW_026528996v1	16
chrUn_NW_026529007v1	294
chrUn_NW_026529008v1	2355
chrUn_NW_026529013v1	63
chrUn_NW_026529015v1	111
chrUn_NW_026529016v1	859
chrUn_NW_026529060v1	1076
chrUn_NW_026529081v1	152
chrUn_NW_026529085v1	278
chrX	3044480
chrX_NW_026527892v1_random	255
chrX_NW_026527894v1_random	533
chrX_NW_026527897v1_random	104
chrY	12980
chrY_NW_026527911v1_random	15
chrY_NW_026527913v1_random	32
chrY_NW_026527914v1_random	372
chrY_NW_026527915v1_random	2
chrY_NW_026527919v1_random	24
chrY_NW_026527927v1_random	1
chrY_NW_026527932v1_random	3
chrY_NW_026527938v1_random	523
chrY_NW_026527939v1_random	35
chrY_NW_026527942v1_random	3
chrY_NW_026527948v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	1283
chrY_NW_026527950v1_random	651
chrY_NW_026527951v1_random	87
chrY_NW_026527955v1_random	55
chrY_NW_026527956v1_random	2194
chrY_NW_026527958v1_random	1144
chrY_NW_026527960v1_random	48
chrY_NW_026527961v1_random	120
chrY_NW_026527966v1_random	7880
chrY_NW_026527967v1_random	80
chrY_NW_026527968v1_random	699
chrY_NW_026527969v1_random	3
chrY_NW_026527980v1_random	71

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	120778988	1	5025	130.69	99

Files

Filename	Size	md5
P0071_2.h5ad.gz	1.11 GB	a8ef7b237b897a933a328062d0849eb3
P0071_2.h5ad.gz.tbi	802.92 KB	8b3a41bb366da854de905301ff3050fc
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	f50234f0c5d17a8af08d212946df4e02
statistics/