Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0071_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0071_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0071_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0071_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AAGGATTAGAATGACG-P0071_2, GTTTCAGCACGTGCTG-P0071_2, TCGGTTACACAACAGG-P0071_2, GCTCATTGTCGACTAA-P0071_2, TAAGCCAGTTACTTGC-P0071_2 (top 5 of 3603 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
298,448,853
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 298448853
chr1 23859085
chr2 20244311
chr3 15023254
chr4 16708253
chr5 23394654
chr6 15623306
chr7 19012957
chr8 12103060
chr9 14902476
chr10 15651594
chr11 15611703
chr12 15206147
chr13 11701636
chr14 11366038
chr15 11473122
chr16 9435165
chr17 6992054
chr18 5633653
chr19 6231688
chr20 5585619
chr21 4434618
chr22 10505833
chrUn_NW_026528016v1 42
chrUn_NW_026528017v1 154
chrUn_NW_026528021v1 1130
chrUn_NW_026528026v1 917
chrUn_NW_026528029v1 778
chrUn_NW_026528038v1 872
chrUn_NW_026528039v1 1174
chrUn_NW_026528065v1 304
chrUn_NW_026528075v1 307
chrUn_NW_026528103v1 77
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 133
chrUn_NW_026528140v1 837
chrUn_NW_026528210v1 179
chrUn_NW_026528215v1 223
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 16
chrUn_NW_026528219v1 15
chrUn_NW_026528220v1 5
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 9
chrUn_NW_026528225v1 90
chrUn_NW_026528226v1 152
chrUn_NW_026528228v1 336
chrUn_NW_026528230v1 293
chrUn_NW_026528232v1 2943
chrUn_NW_026528259v1 10
chrUn_NW_026528278v1 1134
chrUn_NW_026528285v1 67
chrUn_NW_026528292v1 24
chrUn_NW_026528295v1 442
chrUn_NW_026528296v1 18307
chrUn_NW_026528310v1 198
chrUn_NW_026528320v1 34
chrUn_NW_026528327v1 17
chrUn_NW_026528332v1 49
chrUn_NW_026528335v1 17
chrUn_NW_026528338v1 71
chrUn_NW_026528339v1 52
chrUn_NW_026528345v1 59
chrUn_NW_026528347v1 11
chrUn_NW_026528350v1 27
chrUn_NW_026528353v1 47
chrUn_NW_026528356v1 25
chrUn_NW_026528358v1 8
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 366
chrUn_NW_026528370v1 201
chrUn_NW_026528371v1 1471
chrUn_NW_026528372v1 479
chrUn_NW_026528373v1 1437
chrUn_NW_026528378v1 12
chrUn_NW_026528380v1 11
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 9
chrUn_NW_026528384v1 22
chrUn_NW_026528385v1 53
chrUn_NW_026528390v1 37
chrUn_NW_026528393v1 15
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 29
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 13
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 11
chrUn_NW_026528409v1 9
chrUn_NW_026528412v1 27
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 8
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 99
chrUn_NW_026528431v1 479
chrUn_NW_026528432v1 707
chrUn_NW_026528433v1 5439
chrUn_NW_026528440v1 10
chrUn_NW_026528471v1 3
chrUn_NW_026528480v1 931
chrUn_NW_026528558v1 2787
chrUn_NW_026528559v1 99
chrUn_NW_026528561v1 6
chrUn_NW_026528588v1 14
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 1619
chrUn_NW_026528596v1 4254
chrUn_NW_026528609v1 40
chrUn_NW_026528611v1 16
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 404
chrUn_NW_026528631v1 170
chrUn_NW_026528634v1 302
chrUn_NW_026528635v1 10
chrUn_NW_026528644v1 14
chrUn_NW_026528650v1 22
chrUn_NW_026528656v1 7
chrUn_NW_026528661v1 60
chrUn_NW_026528668v1 22
chrUn_NW_026528670v1 5
chrUn_NW_026528677v1 27
chrUn_NW_026528708v1 16
chrUn_NW_026528719v1 925
chrUn_NW_026528737v1 46
chrUn_NW_026528739v1 7
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 25
chrUn_NW_026528748v1 8
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 23
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 16
chrUn_NW_026528755v1 175
chrUn_NW_026528772v1 22
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528777v1 13
chrUn_NW_026528784v1 17
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 30
chrUn_NW_026528788v1 16
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 225
chrUn_NW_026528795v1 174
chrUn_NW_026528796v1 516
chrUn_NW_026528797v1 6227
chrUn_NW_026528798v1 1613
chrUn_NW_026528799v1 402
chrUn_NW_026528880v1 34
chrUn_NW_026528882v1 19
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 15
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528887v1 96
chrUn_NW_026528888v1 29
chrUn_NW_026528889v1 18
chrUn_NW_026528891v1 55
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 594
chrUn_NW_026528896v1 7
chrUn_NW_026528899v1 29
chrUn_NW_026528900v1 168
chrUn_NW_026528902v1 191
chrUn_NW_026528903v1 2004
chrUn_NW_026528917v1 510
chrUn_NW_026528926v1 186
chrUn_NW_026528928v1 1607
chrUn_NW_026528937v1 86
chrUn_NW_026528938v1 11
chrUn_NW_026528950v1 25
chrUn_NW_026528952v1 17
chrUn_NW_026528957v1 1398
chrUn_NW_026528960v1 599
chrUn_NW_026528975v1 306
chrUn_NW_026528984v1 80
chrUn_NW_026528985v1 14
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 17
chrUn_NW_026528988v1 273
chrUn_NW_026528989v1 35
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 52
chrUn_NW_026529007v1 664
chrUn_NW_026529008v1 6386
chrUn_NW_026529013v1 130
chrUn_NW_026529015v1 220
chrUn_NW_026529016v1 1750
chrUn_NW_026529060v1 2441
chrUn_NW_026529081v1 435
chrUn_NW_026529085v1 1059
chrX 7592915
chrX_NW_026527892v1_random 776
chrX_NW_026527894v1_random 1388
chrX_NW_026527897v1_random 275
chrY 35683
chrY_NW_026527909v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 29
chrY_NW_026527913v1_random 104
chrY_NW_026527914v1_random 1043
chrY_NW_026527915v1_random 8
chrY_NW_026527919v1_random 40
chrY_NW_026527927v1_random 5
chrY_NW_026527932v1_random 9
chrY_NW_026527938v1_random 1069
chrY_NW_026527939v1_random 66
chrY_NW_026527942v1_random 8
chrY_NW_026527948v1_random 2
chrY_NW_026527949v1_random 3349
chrY_NW_026527950v1_random 1629
chrY_NW_026527951v1_random 192
chrY_NW_026527955v1_random 133
chrY_NW_026527956v1_random 3762
chrY_NW_026527958v1_random 1989
chrY_NW_026527960v1_random 118
chrY_NW_026527961v1_random 341
chrY_NW_026527966v1_random 14882
chrY_NW_026527967v1_random 450
chrY_NW_026527968v1_random 2677
chrY_NW_026527969v1_random 8
chrY_NW_026527980v1_random 157

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 298448853 1 5026 133.87 105
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0071_2.gz 2.74 GB 7f707f498e16dc3954992118d186d829
P0071_2.gz.tbi 1.2 MB 3c744350c7c8f4644361f39352010045
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 312e896eeb33123448cce580f4cc37a2
statistics/