Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0071_3.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0071_3.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0071_3.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0071_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCAACCAAGCCTGTGA-P0071_3, GCGGATACAGCATTAT-P0071_3, GAGCAAATCCTGGCTT-P0071_3, CGGAGTCTCCTGTTCA-P0071_3, AGTCGCATCTTGTCCA-P0071_3 (top 5 of 814 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
44,226,697
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 44226697
chr1 3561435
chr2 2985910
chr3 2177764
chr4 2371560
chr5 3535933
chr6 2306176
chr7 2838903
chr8 1789831
chr9 2214820
chr10 2288957
chr11 2319898
chr12 2250542
chr13 1737715
chr14 1653003
chr15 1733815
chr16 1360755
chr17 1028196
chr18 831815
chr19 926767
chr20 868461
chr21 667087
chr22 1640648
chrUn_NW_026528016v1 7
chrUn_NW_026528017v1 18
chrUn_NW_026528021v1 171
chrUn_NW_026528026v1 169
chrUn_NW_026528029v1 140
chrUn_NW_026528038v1 142
chrUn_NW_026528039v1 189
chrUn_NW_026528065v1 57
chrUn_NW_026528075v1 55
chrUn_NW_026528103v1 23
chrUn_NW_026528125v1 33
chrUn_NW_026528140v1 151
chrUn_NW_026528210v1 26
chrUn_NW_026528215v1 45
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 1
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 1
chrUn_NW_026528225v1 13
chrUn_NW_026528226v1 29
chrUn_NW_026528228v1 50
chrUn_NW_026528230v1 48
chrUn_NW_026528232v1 335
chrUn_NW_026528278v1 110
chrUn_NW_026528285v1 8
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 75
chrUn_NW_026528296v1 2602
chrUn_NW_026528310v1 22
chrUn_NW_026528320v1 6
chrUn_NW_026528327v1 4
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 6
chrUn_NW_026528338v1 9
chrUn_NW_026528339v1 9
chrUn_NW_026528345v1 16
chrUn_NW_026528347v1 3
chrUn_NW_026528350v1 8
chrUn_NW_026528353v1 8
chrUn_NW_026528356v1 11
chrUn_NW_026528363v1 62
chrUn_NW_026528370v1 34
chrUn_NW_026528371v1 231
chrUn_NW_026528372v1 79
chrUn_NW_026528373v1 314
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528384v1 4
chrUn_NW_026528385v1 7
chrUn_NW_026528390v1 1
chrUn_NW_026528393v1 3
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528403v1 8
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 2
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528423v1 6
chrUn_NW_026528431v1 71
chrUn_NW_026528432v1 110
chrUn_NW_026528433v1 729
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 149
chrUn_NW_026528558v1 636
chrUn_NW_026528559v1 11
chrUn_NW_026528561v1 2
chrUn_NW_026528588v1 5
chrUn_NW_026528589v1 1
chrUn_NW_026528590v1 345
chrUn_NW_026528596v1 611
chrUn_NW_026528609v1 9
chrUn_NW_026528611v1 7
chrUn_NW_026528615v1 5
chrUn_NW_026528621v1 84
chrUn_NW_026528631v1 23
chrUn_NW_026528634v1 33
chrUn_NW_026528635v1 5
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 8
chrUn_NW_026528661v1 5
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 4
chrUn_NW_026528719v1 229
chrUn_NW_026528737v1 9
chrUn_NW_026528745v1 1
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 7
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 27
chrUn_NW_026528772v1 2
chrUn_NW_026528775v1 2
chrUn_NW_026528777v1 1
chrUn_NW_026528784v1 2
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 6
chrUn_NW_026528793v1 20
chrUn_NW_026528795v1 20
chrUn_NW_026528796v1 67
chrUn_NW_026528797v1 848
chrUn_NW_026528798v1 296
chrUn_NW_026528799v1 54
chrUn_NW_026528880v1 3
chrUn_NW_026528882v1 3
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 12
chrUn_NW_026528888v1 11
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 7
chrUn_NW_026528894v1 78
chrUn_NW_026528899v1 2
chrUn_NW_026528900v1 29
chrUn_NW_026528902v1 29
chrUn_NW_026528903v1 176
chrUn_NW_026528917v1 80
chrUn_NW_026528926v1 42
chrUn_NW_026528928v1 364
chrUn_NW_026528937v1 16
chrUn_NW_026528938v1 3
chrUn_NW_026528950v1 10
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 351
chrUn_NW_026528960v1 65
chrUn_NW_026528975v1 86
chrUn_NW_026528984v1 11
chrUn_NW_026528985v1 5
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 32
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528996v1 4
chrUn_NW_026529007v1 101
chrUn_NW_026529008v1 992
chrUn_NW_026529013v1 31
chrUn_NW_026529015v1 49
chrUn_NW_026529016v1 440
chrUn_NW_026529060v1 342
chrUn_NW_026529081v1 58
chrUn_NW_026529085v1 123
chrX 1112402
chrX_NW_026527892v1_random 88
chrX_NW_026527894v1_random 208
chrX_NW_026527897v1_random 45
chrY 5165
chrY_NW_026527909v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 4
chrY_NW_026527913v1_random 10
chrY_NW_026527914v1_random 140
chrY_NW_026527919v1_random 10
chrY_NW_026527932v1_random 2
chrY_NW_026527938v1_random 218
chrY_NW_026527939v1_random 10
chrY_NW_026527942v1_random 2
chrY_NW_026527949v1_random 406
chrY_NW_026527950v1_random 271
chrY_NW_026527951v1_random 32
chrY_NW_026527955v1_random 15
chrY_NW_026527956v1_random 751
chrY_NW_026527958v1_random 364
chrY_NW_026527960v1_random 8
chrY_NW_026527961v1_random 43
chrY_NW_026527966v1_random 2771
chrY_NW_026527967v1_random 33
chrY_NW_026527968v1_random 260
chrY_NW_026527969v1_random 2
chrY_NW_026527980v1_random 18

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 44226697 1 5024 127 90
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0071_3.h5ad.gz 413.77 MB bf16807455943d1f815ca70caeca9815
P0071_3.h5ad.gz.tbi 589.41 KB e8dec36e9b5a001d3a36ab03beeca740
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 07d9095caaf63fa6ae8e2695f27a568b
statistics/