Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0071_3content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0071_3
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0071_3 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0071_3 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TCTCAATTCGCGACAC-P0071_3, GGCTGTCAGTGAGCAA-P0071_3, TGTGATCAGGTGAGAC-P0071_3, TCTTGTCCACTAAATC-P0071_3, AAAGGTTAGCTTGCTC-P0071_3 (top 5 of 2407 values)
count	int	count			[1, 1]	n 149,899,015 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	149899015
chr1	11990398
chr2	10307157
chr3	7453899
chr4	8277525
chr5	11747219
chr6	7932832
chr7	9617759
chr8	6097058
chr9	7497630
chr10	7758134
chr11	7811958
chr12	7590249
chr13	5880548
chr14	5704956
chr15	5845594
chr16	4722899
chr17	3484492
chr18	2822574
chr19	3144672
chr20	2817035
chr21	2241307
chr22	5313722
chrUn_NW_026528016v1	25
chrUn_NW_026528017v1	48
chrUn_NW_026528021v1	622
chrUn_NW_026528026v1	428
chrUn_NW_026528029v1	427
chrUn_NW_026528038v1	425
chrUn_NW_026528039v1	605
chrUn_NW_026528065v1	173
chrUn_NW_026528075v1	140
chrUn_NW_026528103v1	36
chrUn_NW_026528123v1	1
chrUn_NW_026528125v1	62
chrUn_NW_026528140v1	460
chrUn_NW_026528210v1	115
chrUn_NW_026528215v1	150
chrUn_NW_026528217v1	2
chrUn_NW_026528218v1	9
chrUn_NW_026528219v1	4
chrUn_NW_026528221v1	2
chrUn_NW_026528222v1	4
chrUn_NW_026528224v1	2
chrUn_NW_026528225v1	41
chrUn_NW_026528226v1	96
chrUn_NW_026528228v1	147
chrUn_NW_026528230v1	174
chrUn_NW_026528232v1	1496
chrUn_NW_026528259v1	2
chrUn_NW_026528278v1	532
chrUn_NW_026528285v1	33
chrUn_NW_026528292v1	18
chrUn_NW_026528295v1	193
chrUn_NW_026528296v1	8939
chrUn_NW_026528310v1	96
chrUn_NW_026528320v1	17
chrUn_NW_026528327v1	9
chrUn_NW_026528332v1	15
chrUn_NW_026528335v1	10
chrUn_NW_026528338v1	24
chrUn_NW_026528339v1	32
chrUn_NW_026528345v1	37
chrUn_NW_026528347v1	4
chrUn_NW_026528350v1	20
chrUn_NW_026528353v1	22
chrUn_NW_026528356v1	27
chrUn_NW_026528358v1	2
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	180
chrUn_NW_026528370v1	87
chrUn_NW_026528371v1	651
chrUn_NW_026528372v1	251
chrUn_NW_026528373v1	740
chrUn_NW_026528378v1	3
chrUn_NW_026528380v1	3
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	16
chrUn_NW_026528385v1	22
chrUn_NW_026528390v1	9
chrUn_NW_026528393v1	8
chrUn_NW_026528397v1	13
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	11
chrUn_NW_026528404v1	3
chrUn_NW_026528408v1	7
chrUn_NW_026528409v1	4
chrUn_NW_026528412v1	7
chrUn_NW_026528413v1	1
chrUn_NW_026528420v1	2
chrUn_NW_026528423v1	37
chrUn_NW_026528431v1	221
chrUn_NW_026528432v1	378
chrUn_NW_026528433v1	2201
chrUn_NW_026528440v1	3
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	433
chrUn_NW_026528558v1	1466
chrUn_NW_026528559v1	42
chrUn_NW_026528561v1	5
chrUn_NW_026528588v1	9
chrUn_NW_026528589v1	11
chrUn_NW_026528590v1	919
chrUn_NW_026528596v1	1893
chrUn_NW_026528609v1	43
chrUn_NW_026528611v1	11
chrUn_NW_026528615v1	17
chrUn_NW_026528621v1	203
chrUn_NW_026528631v1	67
chrUn_NW_026528634v1	165
chrUn_NW_026528635v1	7
chrUn_NW_026528644v1	3
chrUn_NW_026528650v1	17
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	27
chrUn_NW_026528668v1	11
chrUn_NW_026528670v1	2
chrUn_NW_026528677v1	14
chrUn_NW_026528708v1	3
chrUn_NW_026528719v1	542
chrUn_NW_026528737v1	20
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528741v1	2
chrUn_NW_026528745v1	6
chrUn_NW_026528748v1	4
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	12
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528754v1	9
chrUn_NW_026528755v1	78
chrUn_NW_026528772v1	12
chrUn_NW_026528775v1	7
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	12
chrUn_NW_026528785v1	8
chrUn_NW_026528786v1	18
chrUn_NW_026528788v1	4
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	111
chrUn_NW_026528795v1	76
chrUn_NW_026528796v1	241
chrUn_NW_026528797v1	3207
chrUn_NW_026528798v1	735
chrUn_NW_026528799v1	144
chrUn_NW_026528880v1	8
chrUn_NW_026528882v1	11
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	7
chrUn_NW_026528885v1	5
chrUn_NW_026528887v1	53
chrUn_NW_026528888v1	17
chrUn_NW_026528889v1	12
chrUn_NW_026528891v1	27
chrUn_NW_026528893v1	5
chrUn_NW_026528894v1	289
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	19
chrUn_NW_026528900v1	102
chrUn_NW_026528902v1	108
chrUn_NW_026528903v1	872
chrUn_NW_026528917v1	261
chrUn_NW_026528926v1	91
chrUn_NW_026528928v1	866
chrUn_NW_026528937v1	39
chrUn_NW_026528938v1	5
chrUn_NW_026528950v1	17
chrUn_NW_026528952v1	14
chrUn_NW_026528957v1	779
chrUn_NW_026528960v1	221
chrUn_NW_026528975v1	176
chrUn_NW_026528984v1	40
chrUn_NW_026528985v1	9
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	8
chrUn_NW_026528988v1	112
chrUn_NW_026528989v1	12
chrUn_NW_026528992v1	1
chrUn_NW_026528995v1	2
chrUn_NW_026528996v1	27
chrUn_NW_026529007v1	367
chrUn_NW_026529008v1	3599
chrUn_NW_026529013v1	56
chrUn_NW_026529015v1	107
chrUn_NW_026529016v1	970
chrUn_NW_026529060v1	1116
chrUn_NW_026529081v1	193
chrUn_NW_026529085v1	577
chrX	3762232
chrX_NW_026527892v1_random	364
chrX_NW_026527894v1_random	740
chrX_NW_026527897v1_random	145
chrY	19178
chrY_NW_026527909v1_random	1
chrY_NW_026527911v1_random	13
chrY_NW_026527913v1_random	70
chrY_NW_026527914v1_random	497
chrY_NW_026527915v1_random	2
chrY_NW_026527919v1_random	29
chrY_NW_026527927v1_random	5
chrY_NW_026527932v1_random	10
chrY_NW_026527938v1_random	524
chrY_NW_026527939v1_random	23
chrY_NW_026527942v1_random	4
chrY_NW_026527949v1_random	1531
chrY_NW_026527950v1_random	878
chrY_NW_026527951v1_random	117
chrY_NW_026527955v1_random	72
chrY_NW_026527956v1_random	1565
chrY_NW_026527958v1_random	744
chrY_NW_026527960v1_random	50
chrY_NW_026527961v1_random	168
chrY_NW_026527966v1_random	6517
chrY_NW_026527967v1_random	222
chrY_NW_026527968v1_random	1203
chrY_NW_026527969v1_random	11
chrY_NW_026527980v1_random	66

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	149899015	1	5024	133.11	98

Files

Filename	Size	md5
P0071_3.gz	1.41 GB	77efd49e9c82ace665e2d740be1d2207
P0071_3.gz.tbi	896.95 KB	8381aca42990c390c4cd803fff86573e
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	e0b2c26451bae6fa70c9257aebd4c9fd
statistics/